海岛棉生长调控因子GRF基因家族的全基因组及表达分析

本研究利用生物信息学方法,从海岛棉(Gossypium barbadense)基因组中鉴定获得35个海岛棉生长调控因子(GbGRF)转录因子家族成员,并对其理化性质进行分析。结果表明,GbGRF家族成员编码的肽链平均为424个氨基酸,分子量26.36~65.64kDa,等电点在5.89~9.63,GbGRF家族成员都为不稳定蛋白(蛋白不稳定指数>40),均表现为亲水性,且均具有完整的特征结构域QLQ(Gln、Leu、Gln)和WRC(Trp、Arg、Cys)。GbGRF家族成员含有3~5个外显子,基于系统进化关系将GbGRF家族分为4组,且与拟南芥(Arabidopsis thaliana)GRF家族的亲缘关系更为接近。不同组织转录组数据分析结果表明,该家族在胚珠(开花当天)发育中显著表达,实时荧光定量结果显示,GbGRF32在开花当天及开花后第5天的相对表达量显著高于其他纤维发育时期,结果与表达图谱结果基本一致,推测该基因可能在纤维发育起始阶段起重要作用。