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新疆野扁桃自交不亲和基因SSK1的克隆及生物信息学分析 被引量:6
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作者 夏江宏 曾斌 +4 位作者 李伟阳 田嘉 李疆 刘梦雯 阿卜都赛麦提.艾则孜 《中国农学通报》 2015年第25期107-112,共6页
为了获得新疆野扁桃居群中自交不亲和花粉特异性表达的SSK1基因全长,以新疆野扁桃植物叶片及花粉为试验材料通过rt-PCR技术以及生物测序等技术,克隆得到了一个新的SSK1基因全长c DNA,Pet SSK1。Pet SSK1全长为602 bp,开放阅读框为534 bp... 为了获得新疆野扁桃居群中自交不亲和花粉特异性表达的SSK1基因全长,以新疆野扁桃植物叶片及花粉为试验材料通过rt-PCR技术以及生物测序等技术,克隆得到了一个新的SSK1基因全长c DNA,Pet SSK1。Pet SSK1全长为602 bp,开放阅读框为534 bp,共编码了177个氨基酸,经生物信息学分析,Pet SSK1蛋白的分子式为C910H1421N233O295S6,相对分子质量为20538.0,理论推导半衰期为30 h,等电点为4.52,不稳定指数为41.48,平均疏水指数为-0.567,Pet SSK1蛋白属于水溶性不稳定蛋白。首次从新疆野扁桃植株中克隆得到了SSK1基因全长。通过对该基因的克隆及序列分析,为今后的表达分析以及有效利用该基因获得自交亲和植株奠定了基础。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 自交不亲和 PetSSK1基因 克隆
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新疆野扁桃自交不亲和相关基因PetSSK1转“梦幻”矮牵牛的研究 被引量:2
2
作者 夏江宏 曾斌 +3 位作者 王建友 李伟阳 田嘉 李疆 《北方园艺》 CAS 北大核心 2016年第12期96-100,共5页
以新疆野扁桃(Prunus tenella)花粉为试材,构建其自交不亲和性相关基因PetSSK1的植物表达载体pCAMBIA1303-PetSSK1,采用根癌农杆菌介导法,将该基因导入矮牵牛,并研究了不同种类及浓度抗生素对矮牵牛再生的影响。结果表明:该试验成功获... 以新疆野扁桃(Prunus tenella)花粉为试材,构建其自交不亲和性相关基因PetSSK1的植物表达载体pCAMBIA1303-PetSSK1,采用根癌农杆菌介导法,将该基因导入矮牵牛,并研究了不同种类及浓度抗生素对矮牵牛再生的影响。结果表明:该试验成功获得了转化新疆野扁桃自交不亲和相关基因PetSSK1的矮牵牛植株,并筛选出矮牵牛的卡那霉素(Kan)和头孢霉素(Cef)的敏感浓度分别为25、300mg·L^(-1),并进一步通过PCR分子检测确认其为转基因阳性植株。 展开更多
关键词 野扁桃 PetSSK1 植物表达载体 根癌农杆菌介导 矮牵牛
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新疆野扁桃自交不亲和花粉SFB基因的克隆及生物信息学分析 被引量:2
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作者 曾斌 刘楠楠 +3 位作者 夏江宏 刘梦雯 王建友 王波 《中国农学通报》 2017年第25期22-30,共9页
旨在克隆获得新疆野扁桃自交不亲和花粉SFB新基因,以新疆野扁桃花药为试材,应用分子同源克隆及RT-PCR等技术,并进一步采用在线软件分析SFB基因的蛋白质理化性质,实验成功克隆到了PtSFB5与PtSFB6 2个新SFB基因的cDNA全长,2个基因的cDNA... 旨在克隆获得新疆野扁桃自交不亲和花粉SFB新基因,以新疆野扁桃花药为试材,应用分子同源克隆及RT-PCR等技术,并进一步采用在线软件分析SFB基因的蛋白质理化性质,实验成功克隆到了PtSFB5与PtSFB6 2个新SFB基因的cDNA全长,2个基因的cDNA全长分别为1124 bp和1072 bp,分别编码了374和348个氨基酸,2个基因都具有F-Box基因结构,属于F-Box基因家族,预测的相对分子量分别为30787.26和44037.74,等电点为5.93和5.43,均属于水溶性不稳定蛋白。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 自交不亲和 SFB基因 克隆 生物信息学
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新疆野扁桃自交不亲和基因Cullin1的克隆及生物信息学分析 被引量:3
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作者 王波 余镇藩 +2 位作者 曾斌 夏江宏 马鑫鑫 《中国农学通报》 2017年第34期63-68,共6页
旨在为今后研究新疆野扁桃的分子调控奠定良好基础。通过利用Rt-PCR技术及生物测序等方法,从新疆野扁桃的幼嫩叶片中,克隆得到了一个全新的新疆野扁桃Cullin1基因全长c DNA,命名为Pet Cullin1。并进一步的利用在线软件分析发现:Petcull... 旨在为今后研究新疆野扁桃的分子调控奠定良好基础。通过利用Rt-PCR技术及生物测序等方法,从新疆野扁桃的幼嫩叶片中,克隆得到了一个全新的新疆野扁桃Cullin1基因全长c DNA,命名为Pet Cullin1。并进一步的利用在线软件分析发现:Petcullin1基因全长为2677 bp,其开放阅读框2217 bp,该基因的氨基酸共有738个编码,预测得出Petcullin1蛋白的分子式为C3887H6064N1028O1133S34,原子总数为12096,相对分子质量为85814.61,理论推导出其半衰期为30 h,带正负电荷的残留的总数分别是108和113,不稳定指数和平均疏水指数分别为40.19、-0.452,该蛋白属于水溶性不稳定蛋白。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 自交不亲和 Cullin1基因 克隆 生物信息学
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新疆野扁桃自交不亲和SFB与S-RNase蛋白间相互作用的研究
5
作者 曾斌 关鹏 +2 位作者 夏江宏 刘梦雯 王波 《中国农学通报》 2017年第14期33-38,共6页
利用酵母双杂交系统研究新疆野扁桃自交不亲和性花粉SFB蛋白与花柱S-RNase蛋白间的相互作用。以野扁桃花药为实验材料,根据实验要求和基因的结构特点,利用已克隆到的SFB和S-RNase基因,有针对性的截短,构建酵母双杂交载体。研究结果显示... 利用酵母双杂交系统研究新疆野扁桃自交不亲和性花粉SFB蛋白与花柱S-RNase蛋白间的相互作用。以野扁桃花药为实验材料,根据实验要求和基因的结构特点,利用已克隆到的SFB和S-RNase基因,有针对性的截短,构建酵母双杂交载体。研究结果显示,成功构建了酵母双杂交重组表达载体,PtSFB17、PtS16-RNase和PtS17-RNase各蛋白之间并没有发现存在相互作用,据此推测PtS16-RNase蛋白和PtS17-RNase蛋白不在PtSFB17蛋白的识别谱中,协同非我识别模型在新疆野扁桃中同样存在。新疆野扁桃自交不亲和性PtSFB17、PtS16-RNase和PtS17-RNase各蛋白间并无相互作用。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 SFB蛋白 S-RNase蛋白 酵母双杂交 相互作用
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新疆野扁桃TP-M13-SSR的引物开发研究
6
作者 刘梦雯 曾斌 +2 位作者 王建友 夏江宏 关鹏 《中国农学通报》 2017年第27期55-60,共6页
该试验自主设计新疆野扁桃TP-M13-SSR引物,从中筛选多态性最佳的引物以供后续研究使用。从该植物的5个居群中分别挑选2份叶片提取基因组DNA,扩增后的产物使用毛细管电泳荧光检测并分析。经分析可得出12对新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的期... 该试验自主设计新疆野扁桃TP-M13-SSR引物,从中筛选多态性最佳的引物以供后续研究使用。从该植物的5个居群中分别挑选2份叶片提取基因组DNA,扩增后的产物使用毛细管电泳荧光检测并分析。经分析可得出12对新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的期望杂合值(He)、观测杂合值(Ho)、等位基因数目(Na)、香农指数(I)、固定指数(F)、多态性信息含量指数(PIC)的范围分别为0.656~0.859、0~0.281、3.796~9.580、4~8、1.213~2.014、-0.164~1、0.605~0.843。在所有以上引物中,引物PT-6除固定指数外的所有信息数据均为最高。共筛选出12对多态性信息丰富的TP-M13-SSR引物,扩增片段大小在100~300 bp之间,多为两碱基重复。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 TP-M13-SSR引物 毛细管电泳荧光检测 多态性 全基因组重测序
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新疆核桃8个天然群体遗传多样性的SSR评价 被引量:14
7
作者 曾斌 田嘉 李疆 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2180-2188,共9页
【目的】为进一步建立新疆核桃种质资源的分子指纹鉴定体系奠定基础,为制定新疆核桃资源的有效保育和利用策略提供科学依据,并为深入研究新疆栽培与野生核桃资源间的系统关系提供实验数据。【方法】应用12对稳定、适用性好的SSR引物对... 【目的】为进一步建立新疆核桃种质资源的分子指纹鉴定体系奠定基础,为制定新疆核桃资源的有效保育和利用策略提供科学依据,并为深入研究新疆栽培与野生核桃资源间的系统关系提供实验数据。【方法】应用12对稳定、适用性好的SSR引物对新疆南北疆核桃的8个栽培及野生群体的230份样品进行扩增,研究其遗传多样性。【结果】12对SSR标记揭示了新疆核桃丰富的遗传多样性:等位基因93个,平均多态性带比率96.77%,平均Nei多样性指数(H)0.3151,平均Shannon多样性指数(I)0.382 0。8个新疆核桃群体的变异主要来源于群体内,群体间分化较小,遗传分化系数仅为0.172 0。估测的群体间基因流(Nm)为1.712 6,表明新疆8个核桃群体之间存在适度的基因交流,种子的传播或人为实生选种以及杂交育种可能是基因交流的主要原因。对新疆核桃8个群体的Nei多样性指数(H)与Shannon多样性指数(I)及多态位点百分比进行分析,表明和田实生核桃的遗传多样性最高,伊犁霍城野生核桃的遗传多样性最低。采用UPGMA方法进行供试核桃的遗传距离聚类分析,8个群体被聚为两大类:和田、叶城及温宿等3个群体聚为一大类;而巩留、霍城、吐鲁番、哈密、鄯善等5个群体聚为另一大类,Mantel检测与UPGMA聚类均表明群体间的遗传距离与群体的地理距离之间具有较高的相关性。【结论】新疆核桃有着较高的遗传多样性水平,同时揭示了新疆核桃属植物的遗传变异、群体扩散及其地理系统发育进化等方面的规律,在此基础上,认为在进行遗传多样性保护和种质资源的保存时,应充分重视群体内不同类型个体的保存,同时也要在分布区不同区域内保存不同的群体。 展开更多
关键词 新疆核桃 新疆野生核桃 种质资源 遗传多样性 SSR分子标记
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新疆蔷薇科扁桃类植物自交不亲和性的分子机制 被引量:3
8
作者 曾斌 刘梦雯 +1 位作者 王建友 王波 《北方园艺》 CAS 北大核心 2017年第9期174-178,共5页
蔷薇科扁桃类植物是具有重要经济、研究价值的园艺果树类植物,该类果树植物家族均为自交不亲和性,自花授粉并不能正常结实,在其生长和生产过程中都需要进行异花授粉。扁桃类果树植物的自交不亲和属于配子型自交不亲和类型,是由花粉配子... 蔷薇科扁桃类植物是具有重要经济、研究价值的园艺果树类植物,该类果树植物家族均为自交不亲和性,自花授粉并不能正常结实,在其生长和生产过程中都需要进行异花授粉。扁桃类果树植物的自交不亲和属于配子型自交不亲和类型,是由花粉配子体核基因决定花粉与雄蕊的不亲和反应,即当花粉中的一个S等位基因与花柱中的一个等位基因相同时即表现不亲和。不亲和反应的细胞学特征是花粉管生长在花柱中受阻。该文对植物自交不亲和性方面的分子机制在蔷薇科扁桃类果树作物上的反映研究进展进行了综述,并着重阐述了新疆分布的独特的栽培扁桃和野生扁桃自交不亲和性S-位点基因的研究进展,以期为今后更深入的研究提供了重要的基础。 展开更多
关键词 蔷薇科 扁桃类植物 自交不亲和性 分子机制
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新疆野扁桃五个自然分布居群S基因型的鉴定及发生频率分析 被引量:1
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作者 曾斌 刘梦雯 +1 位作者 王建友 王波 《北方园艺》 CAS 北大核心 2017年第10期87-92,共6页
以新疆野扁桃5个自然分布居群的150个株系为试材,采用生物统计学的方法,研究了新疆野扁桃5个自然分布居群的S基因类型及其发生频率。旨在为新疆野扁桃资源的有效保护与合理利用及该物种自交不亲和性进化机理提供科学依据。结果表明:在... 以新疆野扁桃5个自然分布居群的150个株系为试材,采用生物统计学的方法,研究了新疆野扁桃5个自然分布居群的S基因类型及其发生频率。旨在为新疆野扁桃资源的有效保护与合理利用及该物种自交不亲和性进化机理提供科学依据。结果表明:在受试株系中共鉴定出6个S-RNase基因,S基因型有11种类型,各基因型组成在不同居群中的存在比率是不均等的,有占主导地位的S基因型;还有一些S基因型是某个居群特有的;也有一些S基因型出现的比率很低,变化差异较大;表明S-RNase基因经历了一定的进化历程。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 自交不亲和性 S基因型 频率
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新疆野扁桃的TP-M13-SSR荧光标记引物的筛选 被引量:3
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作者 曾斌 马鑫鑫 +1 位作者 余镇藩 阿布都卡尤木·阿依麦提 《中国农学通报》 2019年第1期45-49,共5页
为对毛细管荧光电泳检测过程中出现的非特异性峰进行观察,探讨其形态及发生原因,笔者从新疆野扁桃的5个居群中分别挑选2份叶片提取基因组DNA,PCR产物使用毛细管电泳荧光检测。结果表明:在毛细管电泳荧光检测中,共选用4种荧光引物,其中... 为对毛细管荧光电泳检测过程中出现的非特异性峰进行观察,探讨其形态及发生原因,笔者从新疆野扁桃的5个居群中分别挑选2份叶片提取基因组DNA,PCR产物使用毛细管电泳荧光检测。结果表明:在毛细管电泳荧光检测中,共选用4种荧光引物,其中荧光引物FAM峰型最为正常且特异峰清晰,不常发生非特异性峰。与之相反,荧光引物ROX的非特异峰种类数量最多,且特异峰不易辨认。在6种异常情况中,N+1峰出现次数最多,高低峰出现次数最少。荧光引物FAM更适合于新疆野扁桃进行扩增。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 毛细管荧光电泳 TP-M13-SSR
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新疆野扁桃六个新S-RNase基因的克隆和序列分析
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作者 曾斌 刘梦雯 +1 位作者 王建友 王波 《北方园艺》 CAS 北大核心 2017年第7期105-115,共11页
以我国闻名于世的珍稀野生果树新疆野扁桃为试材,利用蔷薇科果树自交不亲和性通用引物组合,采用S-RNase等位基因PCR扩增,RT-PCR和RACE等技术方法,克隆了新疆野扁桃不同株系的S-RNase基因,以期为新疆野扁桃自交不亲和分子机理的进一步研... 以我国闻名于世的珍稀野生果树新疆野扁桃为试材,利用蔷薇科果树自交不亲和性通用引物组合,采用S-RNase等位基因PCR扩增,RT-PCR和RACE等技术方法,克隆了新疆野扁桃不同株系的S-RNase基因,以期为新疆野扁桃自交不亲和分子机理的进一步研究提供基本的资料。结果表明:从新疆野扁桃不同株系中克隆鉴定出了6个新的S-RNase基因,分别命名为PteS_(10)(GeneBank登陆号:KJ755352),PteS_(11)(GeneBank登陆号:KJ755353),PteS_(12)(GeneBank登陆号:KJ755354),PteS_(13)(GeneBank登陆号:KJ755355),PteS_(14)(GeneBank登陆号:KJ755356)和PteS_(15)(GeneBank登陆号:KJ755357);并对这6个新基因进行了序列生物信息学分析,为基于新疆野扁桃自交不亲和特性的遗传改良以及分子调控模式奠定试验基础。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 自然居群 自交不亲和性 S-RNASE基因 克隆鉴定
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新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的多态性分析
12
作者 刘梦雯 曾斌 +1 位作者 王波 王建友 《北方园艺》 CAS 北大核心 2018年第2期46-51,共6页
以来自5个居群的96份新疆野扁桃叶片为试材,采用TP-M13-SSR技术和毛细管荧光电泳检测的方法,分析新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的多态性,以期为该珍稀植物的保育工作提供参考依据。结果表明:新疆野扁桃TP-M13-SSR引物库中包含23 627条序列,... 以来自5个居群的96份新疆野扁桃叶片为试材,采用TP-M13-SSR技术和毛细管荧光电泳检测的方法,分析新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的多态性,以期为该珍稀植物的保育工作提供参考依据。结果表明:新疆野扁桃TP-M13-SSR引物库中包含23 627条序列,共有5类重复类型,以二核苷酸类型数量最多,五、六核苷酸数量极少。将12对核心引物与96份样品一同扩增后,等位基因数(No.of allele)均为2个,有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、固定指数(F)、香农指数(I)、特异等位基因(Na)、多态性信息含量指数(PIC)、标记指数(MI)、Nei′s多样性指数、遗传相似性系数(Gst)、基因流(Nm)的范围分别为:3.531 0~9.000 0、0~0.666 7、0.72~0.89、0.25~1.00、1.48~2.44、8~18、0.669 0~0.879 0、5.35~15.82、0.219 5~0.430 8、0.002 0~0.042 6、34.756 0~252.196 4。这12对引物中,引物PT-9的多态性最好,引物PT-1多态性最差。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 TP-M13-SSR引物 毛细管荧光电泳检测 SSR位点特征
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梨几丁质酶基因克隆及其生物信息学分析 被引量:3
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作者 李伟阳 曾斌 +3 位作者 李疆 田嘉 李秀根 王苏珂 《中国农学通报》 2015年第9期184-193,共10页
对克隆获得的梨几丁质酶基因Lchi1进行生物信息学分析,从而为该基因的功能鉴定提供理论基础,以期为梨的抗病育种提供基因来源。根据Genbank中已克隆得到的几丁质酶基因保守区,在梨基因组数据库中进行Blast比对,调取DNA序列,从而设计引物... 对克隆获得的梨几丁质酶基因Lchi1进行生物信息学分析,从而为该基因的功能鉴定提供理论基础,以期为梨的抗病育种提供基因来源。根据Genbank中已克隆得到的几丁质酶基因保守区,在梨基因组数据库中进行Blast比对,调取DNA序列,从而设计引物,以高抗腐烂病品种‘小香水’(Pyrus ussuriensis cv.Xiaoxiangshui)为研究材料,克隆获得梨几丁质酶Lchi1基因c DNA全长,并对其进行初步的生物信息学分析。梨基因组数据库中调取的DNA序列2535 bp,含有3个外显子区、2个内含子区。Lchi1基因全长1300 bp,编码322个氨基酸,其蛋白的分子式为C1607H2407N415O468S17,分子量为35573.3 Da,理论等电点为7.10。二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构具有高度保守性。Lchi1编码蛋白为可溶性胞外蛋白,存在少量的潜在磷酸化位点,属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽,但是缺乏几丁质结合区。Lchi1基因属于CLASSⅡ几丁质酶基因,与其他科属植物的几丁质酶基因相似性均较高。 展开更多
关键词 几丁质酶 Lchi1基因 生物信息学
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转Lchi1烟草T_2代对梨腐烂病菌的抗性研究
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作者 李伟阳 曾斌 +3 位作者 蒋萍 李疆 李秀根 王苏珂 《中国农学通报》 2015年第22期184-190,共7页
获得转化梨几丁质酶基因Lchi1的烟草,检测组成型表达Lchi1基因烟草是否能提高对梨腐烂病菌(Valsa ceratosperma)的抗性,从而初步确定Lchi1基因的功能,为进一步开展梨抗腐烂病分子育种工作提供参考。构建梨几丁质酶基因Lchi1的植物表达载... 获得转化梨几丁质酶基因Lchi1的烟草,检测组成型表达Lchi1基因烟草是否能提高对梨腐烂病菌(Valsa ceratosperma)的抗性,从而初步确定Lchi1基因的功能,为进一步开展梨抗腐烂病分子育种工作提供参考。构建梨几丁质酶基因Lchi1的植物表达载体,通过农杆菌介导的叶盘法转化烟草,进而对转化的烟草T2代进行PCR及RT-PCR检测。利用离体叶片接种法,更直观地验证转基因烟草对梨腐烂病菌的抗性。Lchi1基因已经整合到烟草基因组中,并在烟草T2代中有效表达,在接种腐烂病菌后转基因烟草较未转基因烟草的抗腐烂病菌能力明显增强。梨几丁质酶基因Lchi1与腐烂病抗性相关联,可作为今后梨的抗腐烂病分子育种研究重要的基因来源。 展开更多
关键词 几丁质酶 抗腐烂病 转基因 烟草
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2个野扁桃自交不亲和SFB基因全长的克隆与序列分析 被引量:4
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作者 曾斌 关鹏 +4 位作者 李疆 罗淑萍 李伟阳 田嘉 李鹏 《经济林研究》 北大核心 2017年第2期1-9,共9页
为给野扁桃的遗传改良和自交不亲和机制的进一步研究提供理论依据,以新疆野扁桃花药为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆野扁桃自交不亲和性花粉特异性决定因子编码基因SFB全长序列。采用BLAST进行序列比对,ORF Finder寻找开放阅读框,CDD... 为给野扁桃的遗传改良和自交不亲和机制的进一步研究提供理论依据,以新疆野扁桃花药为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆野扁桃自交不亲和性花粉特异性决定因子编码基因SFB全长序列。采用BLAST进行序列比对,ORF Finder寻找开放阅读框,CDD分析蛋白保守结构域,Prot Param分析蛋白理化性质,TMHMM预测蛋白跨膜区,Signal P预测蛋白信号肽,Sub Loc预测蛋白亚细胞定位,SOPMA分析蛋白二级结构,DANMAN进行氨基酸多序列比对,MEGA6进行系统进化分析,Prot Fun预测蛋白功能。结果表明:克隆到的Pt SFB16基因和Pt SFB17基因属于F-box基因家族,与其它多种植物的SLF/SFB基因的序列相似度为88%,推导的氨基酸序列均具有F-box蛋白典型结构;Pt SFB16基因ORF长1 146 bp,编码381个氨基酸,Pt SFB17基因ORF长1 131 bp,编码376个氨基酸;预测2个SFB蛋白均为略显亲水性、不稳定的细胞质蛋白,二级结构均以α-螺旋,延伸链和无规则卷曲为主,SFB/SLF蛋白在蔷薇科李属植物中具有较高的系统进化一致性,种间同源性可能大于种内同源性,SFB蛋白可能的功能主要有辅助因子生物合成、能量代谢和裂合酶。 展开更多
关键词 新疆野扁桃 自交不亲和性 SFB基因 生物信息学 RACE
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2个野扁桃自交不亲和S-RNase基因全长的克隆与序列分析 被引量:3
16
作者 关鹏 曾斌 +5 位作者 李疆 罗淑萍 王建友 李伟阳 田嘉 李鹏 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期905-916,共12页
【目的】克隆新疆野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht.)自交不亲和性花柱特异性决定因子编码基因SRNase全长序列,为自交不亲和性的分子调控奠定基础。【方法】以新疆野扁桃花柱为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆S-RNase基因全长,采... 【目的】克隆新疆野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht.)自交不亲和性花柱特异性决定因子编码基因SRNase全长序列,为自交不亲和性的分子调控奠定基础。【方法】以新疆野扁桃花柱为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆S-RNase基因全长,采用BLAST和ORF Finder对核酸序列进行分析,利用CDD、Prot Param、Tmpred、Signal P、Target P、SOPMA、DANMAN、MEGA6和Prot Fun对推导的氨基酸序列进行分析。【结果】克隆到Pt S16-RNase基因和Pt S17-RNase基因,2者均属于RNase T2基因家族,与其他多种植物的S-RNase基因的序列相似度为83%~98%,序列均具有S-RNas蛋白典型结构。Pt S16-RNase基因ORF长690 bp,编码229个氨基酸,Pt S17-RNase基因ORF长678 bp,编码225个氨基酸。预测2个S-RNase蛋白均为亲水性、不稳定的分泌蛋白,二级结构均以α-螺旋、延伸链和无规卷曲为主,在蔷薇科李属植物中具有较高的系统进化一致性,可能的主要功能为水解酶和激素。【结论】获得2个新疆野扁桃自交不亲和性花柱特异性决定因子编码基因S-RNase全长序列。 展开更多
关键词 野扁桃 自交不亲和性 S-RNASE基因 生物信息学 RACE
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