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基于高通量转录组测序的斑重唇鱼SSR分布及序列特征分析
1
作者
葛锐
强壮
+2 位作者
聂竹兰
李丽
魏杰
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期806-814,共9页
【目的】基于高通量转录组测序分析斑重唇鱼SSR分布及序列特征,为斑重唇鱼SSR分子标记开发、遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子辅助育种提供理论数据。【方法】使用Illumina NovaSeq高通量测序平台对斑重唇鱼皮肤组织进行...
【目的】基于高通量转录组测序分析斑重唇鱼SSR分布及序列特征,为斑重唇鱼SSR分子标记开发、遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子辅助育种提供理论数据。【方法】使用Illumina NovaSeq高通量测序平台对斑重唇鱼皮肤组织进行转录组测序,利用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,再用MISA对筛选得到的1 kb以上的Unigenes进行SSR分布及序列特征分析。【结果】斑重唇鱼转录组共获得244.42 Gb Cleandata,组装后获得55182条Unigenes,其中8903条Unigenes含有SSR位点,含有SSR的Unigenes比例为16.13%,共含有12899个SSR位点,从中除去616个复合型SSR位点,共获得12283个完美型SSR位点,存在单核苷酸~六核苷酸6种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元数目最多,为6654个,占比为54.17%,二核苷酸~六核苷酸随着核苷酸重复数的增多依次减少,分别是32.30%、12.04%、1.38%、0.07%和0.03%。斑重唇转录组中共有348种不同重复基元,其中最丰富、种类最多的是三核苷酸重复基元,共有145种;单核苷酸是数量最多重复基元类型,其重复基元数量最多的是(A)10型。SSR的长度范围较大,为10~75 bp,总长度为157088 bp,SSR相对丰度为0.19%,其中长度为10 bp的SSR数量最多,有3232个,占比为26.31%;其次是12、11和14 bp,占比分别为21.73%、12.02%和10.06%。【结论】斑重唇鱼转录组中SSR位点数量多,出现频率较高,多态性较好,可用来开发斑重唇鱼类分子标记,且不同核苷酸重复基元类型数量差异较大,且分布特征差异明显。
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关键词
斑重唇鱼
转录组测序
SSR
序列特征
重复基元
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职称材料
题名
基于高通量转录组测序的斑重唇鱼SSR分布及序列特征分析
1
作者
葛锐
强壮
聂竹兰
李丽
魏杰
机构
塔里木
大学生命科学与技术学院
新疆生产建设兵团
塔里木
畜牧科技
重点
实验室
新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室--省部共建国家重点实验室培育基地
塔里木
珍稀鱼类研究中心
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期806-814,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31860729)
兵团中青年领军人才计划项目(2018CB033)
+1 种基金
塔里木大学校长基金创新研究团队项目(TDZKCX202204)
中国海洋大学-塔里木大学联合基金项目(ZHYLH201902)。
文摘
【目的】基于高通量转录组测序分析斑重唇鱼SSR分布及序列特征,为斑重唇鱼SSR分子标记开发、遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子辅助育种提供理论数据。【方法】使用Illumina NovaSeq高通量测序平台对斑重唇鱼皮肤组织进行转录组测序,利用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,再用MISA对筛选得到的1 kb以上的Unigenes进行SSR分布及序列特征分析。【结果】斑重唇鱼转录组共获得244.42 Gb Cleandata,组装后获得55182条Unigenes,其中8903条Unigenes含有SSR位点,含有SSR的Unigenes比例为16.13%,共含有12899个SSR位点,从中除去616个复合型SSR位点,共获得12283个完美型SSR位点,存在单核苷酸~六核苷酸6种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元数目最多,为6654个,占比为54.17%,二核苷酸~六核苷酸随着核苷酸重复数的增多依次减少,分别是32.30%、12.04%、1.38%、0.07%和0.03%。斑重唇转录组中共有348种不同重复基元,其中最丰富、种类最多的是三核苷酸重复基元,共有145种;单核苷酸是数量最多重复基元类型,其重复基元数量最多的是(A)10型。SSR的长度范围较大,为10~75 bp,总长度为157088 bp,SSR相对丰度为0.19%,其中长度为10 bp的SSR数量最多,有3232个,占比为26.31%;其次是12、11和14 bp,占比分别为21.73%、12.02%和10.06%。【结论】斑重唇鱼转录组中SSR位点数量多,出现频率较高,多态性较好,可用来开发斑重唇鱼类分子标记,且不同核苷酸重复基元类型数量差异较大,且分布特征差异明显。
关键词
斑重唇鱼
转录组测序
SSR
序列特征
重复基元
Keywords
Diptychus maculates
transcriptome sequencing
SSR
sequence characteristics
repeat motifs
分类号
S51 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于高通量转录组测序的斑重唇鱼SSR分布及序列特征分析
葛锐
强壮
聂竹兰
李丽
魏杰
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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