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利用转录组信息揭示刺芹侧耳单核和双核菌丝中小RNA的表达差异
被引量:
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作者
尚俊军
汪滢
+8 位作者
龚明
杨瑞恒
唐利华
万佳宁
李焱
茅文俊
本田与一
鲍大鹏
李燕
《食用菌学报》
CSCD
北大核心
2020年第2期17-23,共7页
利用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)双核菌株‘杏韩’及其原生质体单核化菌株‘181’和‘183’菌丝的小RNA文库进行测序分析。将测序获得的高质量reads与Rfam数据库和刺芹侧耳基因组测序数据进行比对...
利用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)双核菌株‘杏韩’及其原生质体单核化菌株‘181’和‘183’菌丝的小RNA文库进行测序分析。将测序获得的高质量reads与Rfam数据库和刺芹侧耳基因组测序数据进行比对,发现来源于rRNA、tRNA、snRNA和snoRNA等非编码RNA的reads占47.4%,来源于mRNA降解的reads占15.5%。将剩余的37.1%reads与miRBase数据库比对,发现946条小RNA匹配数据库中其他物种的成熟miRNA。进一步对这些小RNA在单核菌株和双核菌株中的表达量进行比较,发现双核菌株中高表达量的小RNA比单核菌株中多19.4%。单核和双核菌株差异表达小RNA分析结果显示,单核菌株中只有39条小RNA表达量上调,而双核菌株中有196条小RNA表达量上调。
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关键词
刺芹侧耳
转录组测序
小RNA
下载PDF
职称材料
题名
利用转录组信息揭示刺芹侧耳单核和双核菌丝中小RNA的表达差异
被引量:
1
1
作者
尚俊军
汪滢
龚明
杨瑞恒
唐利华
万佳宁
李焱
茅文俊
本田与一
鲍大鹏
李燕
机构
上海市
农业
科学
院
食用菌
研究
所
日本京都大学农业研究生院环境科学与技术系森林生物化学实验室
出处
《食用菌学报》
CSCD
北大核心
2020年第2期17-23,共7页
基金
上海市科技兴农重点攻关项目[沪农科攻字(2015)第6-2-1号]
上海食用菌工程技术研究中心(19DZ2281200)
海市农业科学院2020年度农业科技创新支撑领域研究专项。
文摘
利用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)双核菌株‘杏韩’及其原生质体单核化菌株‘181’和‘183’菌丝的小RNA文库进行测序分析。将测序获得的高质量reads与Rfam数据库和刺芹侧耳基因组测序数据进行比对,发现来源于rRNA、tRNA、snRNA和snoRNA等非编码RNA的reads占47.4%,来源于mRNA降解的reads占15.5%。将剩余的37.1%reads与miRBase数据库比对,发现946条小RNA匹配数据库中其他物种的成熟miRNA。进一步对这些小RNA在单核菌株和双核菌株中的表达量进行比较,发现双核菌株中高表达量的小RNA比单核菌株中多19.4%。单核和双核菌株差异表达小RNA分析结果显示,单核菌株中只有39条小RNA表达量上调,而双核菌株中有196条小RNA表达量上调。
关键词
刺芹侧耳
转录组测序
小RNA
Keywords
Pleurotus eryngii
transcriptome sequencing
small RNA
分类号
S646.14 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用转录组信息揭示刺芹侧耳单核和双核菌丝中小RNA的表达差异
尚俊军
汪滢
龚明
杨瑞恒
唐利华
万佳宁
李焱
茅文俊
本田与一
鲍大鹏
李燕
《食用菌学报》
CSCD
北大核心
2020
1
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