2018年云南省手足口病与疱疹性咽峡炎柯萨奇病毒A6型全基因组比较分析

目的分析2018年云南省17株引起手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)与疱疹性咽峡炎(herpangina,HA)的柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CVA6)全基因组特征,了解不同致病CVA6之间的基因差异。方法随机抽取昆明市儿童医院2018年临床诊断为HFMD与HA的1909份粪便样本,使用肠道病毒A组通用引物进行检测并筛选CVA6阳性样本。用CVA6全基因组引物进行序列扩增,经BioEdit软件拼接后获得CVA6全基因序列,应用BioEdit、MEGA 7.0、Simplot、Heml 1.0及Phyre2等软件分析CVA6全基因组特征。结果筛选出CVA6阳性样本929份,获得CVA6全基因序列17株(其中9株临床诊断为HFMD,8株临床诊断为HA);17株CVA6在全基因系统进化树上均处于Ⅳ型分支;HA、HFMD代表株未发生明显重组,但在非结构蛋白3D区发生变异;HFMD、HA代表株在VP1的S597T、Q705L和Q663L位点存在差异,在线预测分析发现其VP1二级结构与CVA6原型株一致,未发生改变。结论引起HFMD与HA的17株CVA6之间具有较高的基因组同源性,同时也存在核苷酸及氨基酸差异,这种变化可能对CVA6的复制及适应性产生影响。

分离自手足口病和疱疹性咽峡炎患者的柯萨奇病毒A组10型病毒的基因特征及差异分析

目的比较2株分离自手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)和疱疹性咽峡炎(herpangina,HA)患者粪便样品中的柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CA10)全基因组差异及基因特征,探讨基因突变可能导致的临床症状差异。方法收集昆明市儿童医院经实时荧光定量PCR检测结果为CA10阳性的HFMD及HA患者粪便样品,在敏感细胞人横纹肌瘤细胞(rhabdomyoma,RD)上培养并分离出CA10。设计特异性引物扩增获得CA10全基因序列,通过BioEdit软件比较分离自HFMD及HA患者的CA10基因序列核苷酸与编码氨基酸之间的差异。从NCBI基因库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)中下载CA10 VP1基因序列作为参考序列,系统进化树分析分离获得的昆明CA10流行株的进化情况及来源。结果分离自HFMD和HA患者的CA10-HFMD和CA10-HA的VP1区域核苷酸同源性为99.1%,氨基酸同源性为99.8%,且存在2个非同义突变位点;全基因序列核苷酸同源性为98.9%,编码区氨基酸同源性为99.5%,且存在12个非同义突变位点。系统进化分析表明2个昆明CA10分离株均位于G基因谱系,且与KF999765(北京)和JX473455(深圳)株亲缘关系最近。结论来源于HFMD和HA患者的CA10分离株在核苷酸和氨基酸水平上相似性较高,且属于同一基因谱系。基因突变导致的氨基酸变异可能影响病毒的毒力从而导致患者症状的差异。