背景:骨肉瘤是源于间充质细胞的恶性肿瘤,起病隐匿,好发于青少年,早期症状仅表现为关节肿胀和疼痛,且进展迅速,出现远处转移时其生存率大幅降低。为了筛选骨肉瘤发生发展的潜在基因,本研究从GEO数据库中获得GSE99671和GSE197158进行生...背景:骨肉瘤是源于间充质细胞的恶性肿瘤,起病隐匿,好发于青少年,早期症状仅表现为关节肿胀和疼痛,且进展迅速,出现远处转移时其生存率大幅降低。为了筛选骨肉瘤发生发展的潜在基因,本研究从GEO数据库中获得GSE99671和GSE197158进行生物信息学分析。方法:首先,利用R包进行去批次处理,再利用R包“limma”识别差异表达基因(DEGs),通过GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析对差异表达基因(DEGs)进行功能注释。利用STRING工具构建蛋白–蛋白相互作用(PPI)网络,挖掘出最重要的模块和核心基因。结果:共鉴定出275个差异表达基因。差异表达基因的定位主要集中在细胞外基质和细胞外骨架中,主要定位于细胞外基质胶原纤维中和分泌小泡内,功能变化主要集中在细胞识别,细胞膜、骨架等结构形成和多种酶或转运体如糖胺聚糖结合和无机阳离子跨膜转运体活性等方面。CTSG、MPO、ELANE、DEFA4、CAMP、LTF、PRTN3、MMP8、LCN2、BPI基因被鉴定为核心基因。结论:综上所述,本研究中发现的差异表达基因和核心基因有可能成为潜在的诊断和治疗靶点。展开更多
文摘背景:骨肉瘤是源于间充质细胞的恶性肿瘤,起病隐匿,好发于青少年,早期症状仅表现为关节肿胀和疼痛,且进展迅速,出现远处转移时其生存率大幅降低。为了筛选骨肉瘤发生发展的潜在基因,本研究从GEO数据库中获得GSE99671和GSE197158进行生物信息学分析。方法:首先,利用R包进行去批次处理,再利用R包“limma”识别差异表达基因(DEGs),通过GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析对差异表达基因(DEGs)进行功能注释。利用STRING工具构建蛋白–蛋白相互作用(PPI)网络,挖掘出最重要的模块和核心基因。结果:共鉴定出275个差异表达基因。差异表达基因的定位主要集中在细胞外基质和细胞外骨架中,主要定位于细胞外基质胶原纤维中和分泌小泡内,功能变化主要集中在细胞识别,细胞膜、骨架等结构形成和多种酶或转运体如糖胺聚糖结合和无机阳离子跨膜转运体活性等方面。CTSG、MPO、ELANE、DEFA4、CAMP、LTF、PRTN3、MMP8、LCN2、BPI基因被鉴定为核心基因。结论:综上所述,本研究中发现的差异表达基因和核心基因有可能成为潜在的诊断和治疗靶点。