HPCL2基因表达的选择性剪切分析

2 羟基植烷酸辅酶A裂解酶 (2 hydroxypanthyl CoAlyase ,HPCL2 )是 3 甲基脂肪酸α 氧化途径中的关键酶 .采用鸟枪法测序技术 ,得到了HPCL2基因的基因组序列 .结果显示 ,HPCL2基因组大小为 40 82 9bp ,共有 17个外显子 ,16个内含子 .外显子平均大小为 116bp ,内含子平均大小为 2 42 9bp ,属于结构紧凑基因 .从dbEST数据库中筛选与HPCL2基因的mRNA (GenBankAcc .:AJ13 1753 )相互重叠表达序列标签 (EST)共有2 13个 ,分别来自 2 9个不同的组织 .将EST与基因组序列进行Blast分析 ,共检测 17个EST具有选择性剪切 ,其中 14例属外显子遗漏 (exonskipping) ,2例外显子增加 (exoninclusion)和 1例剪切位点改变 (splicingsiteshift) .外显子遗漏主要发生在 5′端的第 3到第 8个外显子 .结果表明 。

家猪百日胚胎胸腺的基因表达谱

目的 :构建家猪 1 0 0d胚胎胸腺基因表达谱 ,为研究胸腺的发育和分化机制奠定基础 .方法 :随机挑取家猪1 0 0d胸腺cDNA文库 (FTY)的 1 1 71 2个克隆 ,进行单向全自动大规模测序 ,去污染后共获得 70 71个高质量的表达序列标签 (EST)用于基因表达分析 .结果 :对 70 71个高质量EST的聚类分析结果获得 95 9个多拷贝基因和 30 74个单拷贝基因 .与非冗余的核酸数据库、Swiss Prot数据库及人、牛和鼠的U nigene数据库进行BLAST ,发现 80 6个多拷贝基因和 1 6 6 9个单拷贝基因 (共计 5 4 4 2个ESTs)与已知序列有同源性 ,1 6 2 9个EST没有发现同源序列被认为是新基因 .根据功能将已知基因归为 7类 ,其中基因表达相关基因占 36 .99% ,胸腺特异的防御功能相关基因有一定程度表达 (占 7.5 5 % ) ,这与人婴儿胸腺基因表达谱相类似而不同于成年人胸腺组织 .将 1 0 9个既发现有ORF又具有PolyA的多拷贝新基因与人类基因组框架序列进行BLAST ,发现其中 5 8个有同源序列 .结论 :EST技术是发现新基因的有效手段之一 ;此期家猪胸腺仍处于发育阶段 .

新生儿常见聋病易感基因携带情况研究

目的了解新生儿常见聋病易感基因携带情况,为预防遗传性耳聋提供依据。方法应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术,对绍兴市新生儿在听力筛查的同时进行GJB2、GJB3、线粒体12srRNA、SLC26A4等4个常见聋病易感基因的筛查,检测位点包含以上基因的20个突变位点。结果 4 025名新生儿中检出聋病易感基因231人,阳性率5.74%,其中致病突变7人(235del C纯合突变1人、235del C杂合突变加299_300del AT杂合突变1人、线粒体12S rRNA纯合突变5人),总致病突变检出率1.74‰。单个位点杂合突变携带223人,阳性率5.54%;检出突变位点14个,突变频率最高的是GJB2 235del C位点109人,阳性率2.71%,占总突变检出率的47.19%,其次是IVS7-2A→G杂合突变50人,阳性率1.24%,占总突变检出率的21.65%。结论新生儿中聋病易感基因检出率较高,扩大筛查位点可提高聋病基因检出率。

新生儿听力和常见耳聋基因联合筛查的临床实践

目的探讨新生儿听力与耳聋易感基因联合筛查的必要性和重要性。方法应用飞行时间质谱技术(MALDITOF)对2725名新生儿在进行听力筛查的同时进行耳聋基因筛查,基因检测位点包括GJB2、GJB3、线粒体12Sr RNA、SLC26A44个常见耳聋易感基因的20个热点突变位点;以听力与基因联合筛查为实验组,以听力筛查结果作为对照。结果 2725例新生儿经听力筛查确诊听力损失8例,疾病阳性率为2.94‰。通过听力与基因联合筛查,共筛出突变/听力损失157例,总阳性率为57.61‰。其中致病/听力损失23例,疾病阳性率为8.44‰:包括有8例确诊为听力损失(2.94‰,有4例基因检测阳性,分别为GJB2 235del C纯合突变、GJB2 235del C杂合突变、GJB2 176-191del16杂合突变和GJB3 538C→T杂合突变);有15例致病突变通过了听力筛查(5.50‰,分别为GJB3 538C→T杂合突变和547 G→A杂合突变各6例,线粒体12Sr RNA1555A→G纯合突变3例);另有杂合突变132例(48.44‰,有2例确诊为听力损失,分别为GJB2 235del C杂合突变和GJB2176-191del16杂合突变)。听力与基因联合筛查的致病阳性率高于听力筛查,差异极显著(χ2=7.300,P<0.01)。结论新生儿听力与耳聋易感基因的联合筛查,进一步提高了耳聋疾病的检出率,尤其可以早期发现与遗传相关的迟发性耳聋和药物性中毒聋。应倡导新生儿进行听力与聋病易感基因的联合筛查。

听力初筛未通过新生儿常见聋病易感基因检测结果分析

目的对听力初筛未通过的新生儿进行聋病易感基因筛查,探讨新生儿听力联合基因筛查的意义。方法应用飞行时间质谱技术,对622例听力初筛未通过新生儿进行GJB2、GJB3、线粒体12SrRNA、SLC26A4 4种常见耳聋易感基因的检测,检测位点包含了以上基因的20个热点突变位点。结果 622例听力初筛未通过新生儿中,检出耳聋基因突变48例,阳性率7.72%。其中GJB2突变32例,占总检出率的66.67%,SLC26A4突变11例,占22.91%,GJB3突变5例,占10.42%,GJB2基因突变检出率明显高于SLC26A4突变和GJB3突变(χ2=25.767,P<0.01),未检测到线粒体DNA基因1494C>T和1555A>G突变。确诊听力损失7例,其中3例耳聋基因检测阳性,分别为GJB2 235delC纯合突变、GJB2 235delC杂合突变和GJB3 538C→T杂合突变。结论听力初筛未通过新生儿聋病基因阳性率较高,可作为目标人群进行耳聋易感基因筛查,新生儿听力联合耳聋易感基因筛查,有助早期发现听力损失病因,早期确诊并干预。

2396例新生儿听力和聋病易感基因联合筛查结果分析

目的探讨新生儿听力与耳聋易感基因联合的必要性。方法应用飞行时间质谱技术,对2396名新生儿在听力筛查的同时,进行GJB2、GJB3、线粒体rRNA、SLC26A4 4个常见耳聋易感基因20个热点突变位点的检测。结果 2396例新生儿中,检出耳聋基因突变113例,阳性率47.16‰,其中致病突变14例,阳性率5.84‰,分别为GJB2 235delC纯合突变1例,GJB3 38C→T杂合突变6例和547 G→A杂合突变4例,线粒体rRNA 1555A→G纯合突变3例;杂合突变99例,阳性率41.32‰。确诊听力损失7例,其中3例耳聋基因检测阳性,分别为GJB2 235delC纯合突变、GJB2 235delC杂合突变和GJB3538C→T杂合突变。结论新生儿听力和耳聋易感基因联合筛查,有助早期发现与遗传相关的迟发性耳聋,预防药物性耳聋,应倡导新生儿听力与聋病易感基因联合筛查。