基于GEO数据挖掘分析恶性胸膜间皮瘤相关枢纽基因及其通路

基于GEO数据挖掘分析恶性胸膜间皮瘤(MPM)相关枢纽基因及其信号通路。从GEO数据库下载GSE51024数据集矩阵数据,应用R软件limma包筛选差异表达基因(DEGs),应用ggplot 2和pheatmap包对差异基因进行可视化展示,应用DAVID在线数据库对DEGs进行GO分析和KEGG通路分析,运用STRING和Cytoscape软件构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络并筛选出枢纽基因。通过GEPIA数据库对枢纽基因的表达进行验证,Kaplan-Meier法分析各枢纽基因的预后价值。获得了1259个DEGs,包括351个上调基因及908个下调基因。GO分析和KEGG通路富集分析表明,DEGs主要参与PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、补体系统、细胞外基质受体相互作用、细胞周期、蛋白质消化和吸收、白细胞跨内皮迁移以及病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用、细胞黏附分子。利用Cytoscape筛选出与MPM相关的10个枢纽基因,分别是KIF20A、DLGAP5、NCAPG、CCNB1、KIF23、KIF11、BUB1B、MAD2L1、CCNB2、TTK。枢纽基因高表达的MPM患者OS均显著低于低表达的患者,表明这些基因的高表达患者预后不良。本研究获得的10个枢纽基因可能是MPM潜在的诊断和预后标志物。