结直肠癌中CD44和上皮细胞黏附分子相关基因与通路的生物信息学研究

目的寻找结肠癌干细胞表面标志物CD44和上皮细胞黏附分子（EpCAM）表达密切相关的基因及其参与的生物过程。方法通过生物信息学方法，利用基因表达精选集（GEO）数据库中结直肠癌基因芯片数据，结合R2平台，筛选出与CD44和EpCAM表达显著相关的基因，分析相关基因在不同性别、肿瘤家族史、是否饮酒、Dukes分期中的表达差异，并对比相关基因在其他肿瘤及正常人体组织中的表达情况。同时，利用基因本体及京都基因和基因组百科全书（KEGG）工具对与CD44和EpCAM表达显著相关基因进行基因本体和KEGG通路分析。利用R2平台内嵌统计学工具，采用单因素方差分析和连续校正的四格表卡方检验等进行统计学分析。结果在此数据集315份结直肠癌标本中均检测出CD44和EpCAM表达，分别筛选出与CD44和EpCAM表达显著相关基因888个和6316个。CD44与EpCAM共同正相关，且在全部315份样本中均有表达的5个基因的表达与不同性别、肿瘤家族史、是否饮酒、Dukes分期均无明显关系（P均〉0．05）。通过与其他肿瘤及正常人体组织中的表达情况进一步对比发现，溶质载体家族12成员2（SLC12A2）、中心粒1蛋白组中心粒蛋白B（POC1B）2个基因在结直肠癌中的表达较其他肿瘤明显增高（F=289．422、128．456，P均〈0．01），并在结直肠癌中的表达较正常人体组织明显增高（F=349．519、128．456，P均〈0．01）。对基因本体分析后发现，CD44和EpCAM表达均相关的基因共同涉及15条基因本体语义。对与CD44和EpCAM均相关的基因进行KEGG通路分析后发现，分别有7条和10条通路，差异均有统计学意义（P均〈0．01）。结论CD44和EpCAM在结直肠癌中普遍表达，与CD44和EpCAM表达相关的基因参与了多种肿瘤生物过程。