2010-2011年恩施和武汉柯萨奇病毒A16型VP1基因特征分析

目的了解恩施和武汉地区手足口病(HFMD)的分子流行病学特征和病原体柯萨奇病毒A16型(CA16)VP1的基因特征。方法收集2010年4月至2011年8月来自于恩施和武汉地区的189例HFMD患儿咽拭子标本,接种病毒易感Vero细胞,对产生明显细胞病变效应的标本进行初筛和PCR鉴定;对阳性毒株VP1基因序列进行扩增,构建pMD18-T-VP1重组克隆,然后测定其VP1全长序列,通过MEGA5软件构建系统进化树进行系统进化分析,通过DNAstar软件对VP1保守表位的氨基酸序列保守性进行分析。结果手足口病患者以≤5岁婴幼儿为主,男性多于女性。从189例手足口病患儿咽拭子标本中分离到7株CA16,VP1序列进化分析显示均属于B1亚型。对VP1基因上的6个抗原表位进行分析,其中的3个区域呈现高度保守性,这些保守区可被用于疫苗研究。结论 CA16是2010-2011年恩施和武汉地区手足口病的重要病原体之一,属于B1基因型。