狮头鹅17β-HSD2基因SNPs位点的筛查及生物信息学分析

为筛选狮头鹅17β-羟基类固醇脱氢酶Ⅱ基因(17β-HSD2)的SNPs位点并进行生物信息学分析,采用直接测序法检测17β-HSD2基因外显子5区域的SNPs位点,并利用生物信息学软件分析突变前后mRNA二级结构的变化。结果表明,在狮头鹅群体中共发现6个SNPs,仅Exon5-351 G>A为错义突变。17β-HSD2基因突变前后mRNA最小自由能(MFE)、质心二级、含有假结的mRNA二级与折叠结构,均发生变化,且MFE自由能上升,结构稳定性变弱。结果可为后续探究17β-HSD2基因对狮头鹅繁殖性状的影响机制提供基础数据。

狮头鹅ASTN2基因SNPs位点筛选及生物信息学分析

为探究狮头鹅的星形肌动蛋白2(ASTN2)基因单核苷酸多态性(SNPs)位点的蛋白和mRNA二级结构及生物学特性,以在同一环境下饲养的200只500日龄正处于繁殖期的健康狮头鹅为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序技术对该基因进行单核苷酸多态性(SNPs)筛查,利用生物信息学方法从分子水平对狮头鹅ASTN2蛋白和ASTN2基因的mRNA结构进行功能预测。结果显示,在狮头鹅群体中共筛选出3个SNPs位点,分别位于外显子Exon2的71、104和146处,其中g.3682861 G>A偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。狮头鹅ASTN2基因编码区序列全长3 939 bp,编码1 312个氨基酸,突变位点均未改变编码区氨基酸的编码,理论等电点为5.58,是一种酸性不稳定亲水性跨膜分泌蛋白,有信号肽存在。亚细胞定位结果显示,其分布概率为质膜(39.1%)、内质网(26.1%)、细胞核(13%)、细胞质(8.7%)、细胞壁(4.3%)和细胞架(4.3%),主要在质膜发挥生物学作用;3种特殊结构(EGF_like、MACPF、FN3),蛋白二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成。ASTN2基因突变前后mRNA二级最小自由能(MFE)、质心、含假结结构及折叠发生改变,且突变后自由能上升,结构稳定性变弱。本试验成功筛选出狮头鹅ASTN2基因的多态位点,为进一步筛选狮头鹅产蛋量候选基因的分子遗传标记奠定理论基础。