甘薯近缘野生种Ipomoea Littoralis全基因组Survey分析

Ipomoea littoralis是甘薯的近缘野生种之一,对其全基因组的研究可为甘薯种质资源的创新提供参考,同时为全基因组精细图谱的绘制打下基础。本研究通过二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2500),测序深度约为60,经过滤后得到22.45 G数据,结合生物信息学手段估算基因组大小、杂合率、重复序列和GC含量等基因组特征。预估基因组大小经修正后为676.27 Mb。K-mer分析结果得出I.littoralis基因组中重复序列所占比率为60.98%,杂合率为0.81%;初步组装结果,contigs N50为0.684 kb,总读长为0.538 Gb,scaffolds N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb;GC平均深度及含量分布出现分层现象。本研究首次报道I.littoralis的基因组特征信息,为进一步全基因组深度测序提供参考。

甘薯近缘野生种马鞍藤对盐胁迫的生理生化响应特征

马鞍藤[Ipomoea pes-caprae(L.) R. Brown]是甘薯[Dioscorea esculenta(Lour.) Burkill]的近缘野生种之一,自然分布于海南、广州等沿海滩涂地区,目前关于其耐盐方面的研究较少。分析甘薯近缘野生种马鞍藤根部和叶片在不同盐浓度胁迫下生理生化指标的变化规律,将为其耐盐基因挖掘和甘薯种质创新提供依据和参考。采用沙培法,通过300、600、900 mmol/L NaCl溶液灌溉模拟盐胁迫,分别测定叶片和根部在胁迫后0、1、3、5、7 d的脯氨酸、丙二醛、可溶性糖、总蛋白含量及净光合速率。结果表明,随着盐胁迫时间的延长,根部和叶片中的脯氨酸含量逐渐增加;丙二醛、可溶性糖含量以及净光合速率在不同浓度盐处理下均呈先上升后下降的趋势,并在前3 d内达到峰值;而总蛋白含量在根部呈现出先上升后下降的趋势,在叶片中则呈持续上升的趋势。随着盐胁迫浓度的增加,脯氨酸、丙二醛和可溶性糖含量所达到的峰值也随之增加。研究进一步证实马鞍藤具有较强的耐盐性,其根部和叶片可分别通过一系列的生理生化变化抵御盐胁迫;研究还发现脯氨酸、丙二醛、可溶性糖、总蛋白含量和净光合速率可作为马鞍藤耐盐胁迫的生理指标,其中丙二醛、可溶性糖含量在处理后3 d达到峰值,为下一步转录组测序取样时间提供了参考,也为挖掘甘薯近缘种耐盐基因打下了基础。