江西省3个地方鸡种遗传多样性分析

为探究江西省3个地方鸡种的遗传多样性,为江西省家禽群体遗传资源的合理利用和种质资源保护提供依据,利用飞行质谱分型技术对宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡3个群体(463只个体)1号染色体上的25个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因型分型,计算每个SNP位点的等位基因频率、表观杂合度、期望杂合度、多态信息含量及群体间Nei氏标准遗传距离。结果显示,所有位点在3个群体中的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量分别为1.636、0.367和0.291,其中白耳黄鸡的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高(1.684、0.387和0.303),安义瓦灰鸡最低(1.562、0.328和0.262)。遗传距离和系统聚类结果显示,3个群体的遗传相似性都比较高,安义瓦灰鸡和白耳黄鸡2个群体聚为一类,宁都黄鸡单独聚为一类。

生长激素基因SNPs与康乐黄鸡产蛋性状的关联分析

为探索生长激素(Growth hormone,GH)基因部分序列单核苷酸多态性(Single nu⁃cleotide polymorphism,SNP)位点与康乐黄鸡母鸡产蛋性状的相关性,寻找地方鸡种产蛋性状选育的分子标记,试验选取294只康乐黄鸡母鸡为研究材料,测量并记录3个产蛋性状指标,包括开产日龄、初产体重和182日龄产蛋数。采用PCR直接测序法筛选GH基因内含子1区域SNPs,利用SAS分析产蛋性状关联的SNPs。结果显示:共发现30个SNP位点,其中共有5个SNP位点与康乐黄鸡母鸡产蛋性状显著关联,其中位于内含子1区域的位点T1270451C与康乐黄鸡母鸡182日龄产蛋数,位点C1271148T与开产日龄、初产体重,位点A1271168G与开产日龄,位点G1271198A与初产体重均显著相关,位于内含子2区域的位点T1270070A与初产体重显著相关。研究表明,GH基因内含子1区域的4个位点T1270451C、C1271148T、A1271168G、G1271198A,内含子2区域T1270070A位点可作为康乐黄鸡产蛋性状选育的候选分子标记。

鸡青黄脚和白色羽性状分子选育研究

【目的】鸡的胫色和羽色作为品种的特征性状是新品种选育的重要性状。通过分子生物学手段对鸡育种生产中的青黄脚和白色羽性状进行分析,探究其形成机制并建立相关的分子标记辅助选择方案。【方法】采用候选基因的方法,将BCO2基因作为鸡青黄脚形成的候选基因,以青黄脚、青脚和黄脚个体为材料,通过测序对BCO2基因上的目的位点进行分型,分析该位点与不同性状间的关系。分别将编码扩展基因座e、显性白基因座I和隐性白基因座C的MC1R、PMEL17和TYR基因作为白色羽相关候选基因,以隐性白羽洛克鸡、快大型白羽肉鸡、合成隐性白品系和杂交后代白羽个体为试验材料,通过测序和PCR检测对相关候选突变进行分型,分析相关基因多态性与性状的关系。【结果】(1)青黄脚性状是由真皮层黑色素和胫部黄色鳞片相互作用的结果,BCO2基因突变是青黄脚性状形成的关键,342 bp处的突变位点可用于相关性状的分子标记辅助选择,淘汰CT基因型个体即可达到纯化目的;(2)合成隐性白品系的隐性白基因座为cc,后代白色羽不是因隐性白突变所致;(3)杂交白羽后代均携带PMEL17基因编码的显性白等位基因I,全部为杂合子基因型Ii;(4)杂交白羽后代均携带MC1R基因编码的E和E^(R)等位基因;(5)显性白突变等位基因I、E和ER均来自快大型白羽肉鸡。【结论】青黄脚性状是由控制表皮颜色的BCO2基因上的突变导致,342 bp位点可用于针对该性状的分子标记辅助选择;白色羽形成与隐性白突变无关,主要是由编码显性白等位基因I的PMEL17突变导致。

宁都黄鸡GH基因SNP与鸡冠性状的关联分析

【目的】研究宁都黄鸡GH基因(Growth hormone,GH)5’-侧翼和内含子1区域单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)与鸡冠性状的关联性,以期筛选地方鸡种鸡冠性状的早期选育分子标记。【方法】以499只宁都黄鸡公鸡为研究对象,测定7个不同周龄的冠高、冠长、冠厚、肉垂长、肉垂厚以及冠齿数指标,利用SAS(Statistical analysis system)分析GH基因部分序列SNP与鸡冠性状的关联性。【结果】有13个SNP与冠高性状指标显著关联(P<0.05),即C1272225T、G1272611A、C1271211T、C1270902T、A1270769G、G1270640C、T1270578C、G1270503C、T1270451C、C1270032T,其中A1270769G与7个周龄冠高指标均显著关联;G1272611A与5个周龄冠高指标显著关联;有10个SNP与冠长性状显著关联(P<0.05),即C1272225T、G1272611A、C1271211T、C1270902T、A1270769G、G1270640C、T1270578C、G1270503C、T1270451C、C1270032T,其中C1271211T与6个周龄冠长指标显著关联,G1272611A与5个周龄冠长指标显著关联。G1272611A位点与5个连续周龄冠长或冠高性状指标均显著关联,该位点在该群体中对应GG和GA 2种基因型,GG基因型个体的5个连续周龄冠高或冠长均显著高于GA基因型个体。【结论】G1272611A位点可作为宁都黄鸡冠高和冠长性状选育重要候选分子标记。

GH基因SNPs与宁都黄鸡睾丸性状的关联分析

为探索生长激素基因(Growth hormone,GH)部分序列单核苷酸多态位点及其单倍型对宁都黄公鸡睾丸性状的影响,寻找地方鸡种睾丸性状选育的分子标记,试验选取499只16周龄宁都黄公鸡为研究材料,采用PCR直接测序法筛选GH基因5′-flanking和内含子1区域的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,利用SAS(Statistical analysis system)分析睾丸性状关联的SNP位点,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析,并使用在线软件对关联位点的转录因子结合类型进行预测。结果显示:GH基因上游序列存在6个多态性位点,即T1272755C、G1272611A、C1272225T、C1271211T、C1271025A和A1271024C,均对睾丸性状的影响达到显著水平(P<0.05);与睾丸性状相关的优势基因组合为TGCCAC/TGCTAC;转录因子预测结果显示在一些转录因子的结合位点会随着等位基因变异而发生特异性变化,如AR(Androgen receptor)、PR(Progesterone receptor)、Sox2(sex determining region Y-box 2)、SRY(Sex determining region Y)、HNF-3beta(Hepatocyte nuclear factor 3-beta)等。研究表明C1271211T为宁都黄鸡睾丸性状的关键候选分子标记,CC基因型个体的睾丸性状显著高于TT型,推测原因为上述5种转录因子之间相互作用,调控GH表达,共同影响睾丸性状。

康乐黄公鸡体尺与屠宰性状的相关性分析

为开展康乐黄公鸡屠宰性状的间接选育工作,该研究对102只154日龄的康乐黄公鸡的8个体尺性状指标(胫围、胫长、体斜长、胸深、胸围、胸宽、胸骨长、背宽)和7个屠宰性状(活重、屠体重、全净膛重、半净膛重、腹脂重、单侧胸肌重、单侧腿重)进行测定,探究体尺性状与屠宰性状指标的相关性。结果表明:胫围与活重、屠体重、全净膛重呈极显著正相关(P<0.01),胫长、体斜长、胸围、胸宽、胸骨长、背宽与活重、屠体重、全净膛重呈极显著正相关(P<0.01)。可见,通过测定体尺性状指标,可以对其屠宰性状进行间接选育,其中体斜长、胸围可作为重要观测指标。

鸡增殖型与肥大型软骨细胞差异表达基因筛选

为研究家禽软骨细胞分化过程中的差异基因,寻找家禽胫骨软骨发育不良发生的相关基因和通路,研究基于GEO数据库下载家禽软骨细胞分化的基因表达谱芯片数据进行生物信息学分析。结果显示:共筛选出292个差异基因,其中40个上调,252个下调;差异基因的GO富集主要在细胞成分活动的调节、趋化性、细胞间黏附和细胞黏附分子结合等过程,KEGG信号通路分析主要在ECM受体相互作用、黏着斑等通路富集;PPI网络分析筛选出APP、SPP1、TF和LAMB14个核心基因,并结合RT-PCR技术对核心基因进行表达谱验证,与预测的结果一致,均表现在增殖型软骨细胞中表达下调。研究表明,从GEO18568数据中分析筛选出的4个核心基因,在增殖型软骨细胞分化为肥大型软骨细胞过程中均发挥正向调控作用。

宁都黄公鸡睾丸质量与不同周龄第二性征的回归与主成分分析

为了研究宁都黄公鸡睾丸质量与不同周龄第二性征指标的内在关联性,以宁都黄公鸡为研究对象,测定了16周龄的睾丸总质量和7个不同周龄的第二性征指标,分析了各性状间的相关系数,并对16周龄睾丸总质量与不同周龄第二性征指标进行了回归分析和主成分分析。结果表明,在所测的指标中16周龄睾丸总质量的变异系数最大,为85.89%,冠长、冠高、冠厚、肉垂长、肉垂厚等第二性征性状的变异系数在15.40%~37.90%,胫的变异系数最小,在5.13%~11.77%;除了与16周龄胫直径不相关外,宁都黄公鸡16周龄睾丸总质量与不同周龄鸡冠、肉垂、胫等性状的各指标间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)正相关,与16周龄冠长的相关系数最大(0.688);逐步回归分析结果表明,从12周龄开始,冠长对16周龄睾丸总质量的影响最大,其次是肉垂长;由主成分分析结果可知,从12周龄开始,16周龄睾丸总质量与冠长、冠高、冠厚和肉垂长度可归为同一主成分。以上结果提示,可以通过选择12周龄的冠长与肉垂长这2个指标对宁都黄公鸡16周龄睾丸总质量进行间接选育。

蚕沙的营养特征、处理工艺及其在动物生产中的应用研究进展

蚕沙是桑蚕产业的副产物,具有产量丰富和价格低廉,富含粗蛋白质、粗纤维、粗脂肪等常规营养成分及钙、磷、铜、铁、锌、锰等矿物元素,同时含有黄酮、多酚、维生素、生物碱等活性成分的特点,可作为一种优质的非常规饲料原料。然而,蚕沙中含有大量微生物、纤维素、亚硝酸盐、单宁、果胶、植酸等有毒有害或抗营养物质,直接饲喂会对动物健康产生消极影响,这严重限制了蚕沙的饲料化利用。采用一些技术手段,特别是微生物发酵技术不仅可降解蚕沙中的果胶、纤维素、亚硝酸盐、木质素、植酸、单宁等抗营养物质,抑制有害微生物的繁殖,而且还能提高其粗蛋白质、粗脂肪等营养物质含量,进而改善蚕沙的营养结构和营养价值,这对推进蚕沙的饲料化利用和缓解中国饲料资源紧缺等问题意义重大。在动物生产中,饲粮中适宜的蚕沙添加或替代水平具有提高动物生产性能、改善动物产品品质、调控机体免疫和代谢等作用,在畜牧领域具有广泛的发展应用前景。作者就蚕沙的营养特点和组成成分、处理工艺,以及蚕沙在动物生产中的应用进行归纳总结,以期为蚕沙的饲料化利用提供参考。

宁都黄公鸡生长、体尺与屠宰性状的典型相关分析

本研究对495只宁都黄公鸡生长、体尺、屠宰的3组数据共20个指标进行了简单相关分析和典型相关分析。结果表明:宁都黄公鸡的体尺性状和屠宰性能各指标间均达到极显著正相关,典型相关分析表明生长性状与体尺性状、生长性状与屠宰性状、体尺性状与屠宰性状3组性状间第一典型相关系数分别为0.844、0.967和0.875,均达到极显著水平,其贡献率分别为87.45%、99.74%和94.52%。典型相关分析比简单相关分析能更准确、全面地反映宁都黄公鸡3组性状间的相关关系,其中,起主要作用的性状有16周龄体重、体斜长、胸围、全净膛重、屠体重。

白耳黄鸡冠齿数性状全基因组关联分析

试验采用全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)寻找与白耳黄鸡冠齿数性状相关的候选基因。以82只白耳黄鸡为试验材料,采集血液提取DNA,然后用Illumina鸡60 K芯片进行基因型分型,利用PLINK 1.90对分型结果进行质控后,采用GEMMA软件对SNPs(Single nucleotide polymorphisins)与性状做GWAS分析,定位出显著位点。结果显示:与冠齿数相关的SNP位点有7个,位于白耳黄鸡1、2、4号染色体上。通过基因功能注释,预测WNT9A基因可作为白耳黄鸡冠齿数的重要候选基因。研究结果将为白耳黄鸡冠齿数的选择提供候选分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。

宁都黄鸡粪便基因组DNA提取方法比较及盲肠微生物组成分析

要获得高质量的测序结果,一个重要的前提是提供高质量的DNA样品。该研究旨在比较4种样本预处理方法和目前国内通用的3种试剂盒对于盲肠内容物基因组DNA提取的质量,并通过扩增子测序结果分析宁都黄鸡盲肠菌群组成及其多样性,为进一步探索肠道微生物在宁都黄鸡生长中的作用,乃至未来禽微生态制剂的研发奠定基础。结果表明:QIAGEN、BioTeke或BIOMIGA公司试剂盒提取的基因组DNA用于扩增子测序,所得肠道微生物菌群Beta多样性分析结果无显著差异(P>0.05),而Shannon指数和Simpson指数组间差异显著(P<0.05),提示采用不同试剂盒可能对高通量测序分析结果产生影响。宁都黄鸡肠道微生物组成丰富,共检测到21个门、50个纲、80个目、134个科、268个属,相对丰度较高的菌群是拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)和变形菌门(Proteobacteria),相对丰度较高的前3个属分别是甲烷杆菌属(Methanobrevibacter)、理研菌科RC9肠菌群(Rikenellaceae RC9 gut group)和拟杆菌属(Bacteroides)。宁都黄鸡盲肠菌群组成特征再次证明了宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到的重要影响作用。

生化指标值与宁都黄鸡饲养方式的相关性研究

为探索饲养方式对宁都黄鸡生长的影响,采集笼养和散养2种不同饲养方式下宁都黄鸡的血清和盲肠内容物,对多项血清生化指标值以及盲肠消化酶活性进行检测,并使用SPSS软件对检测指标值与饲养方式进行双变量相关性分析。结果表明:血清中的葡萄糖含量、总胆固醇含量及肠道胰蛋白酶活性与饲养方式间均有极显著相关性;血清中白蛋白含量与饲养方式间有显著相关性。散养组血清白蛋白和肠道胰蛋白酶活性均极显著(P<0.01)高于笼养组;而血清中的总胆固醇和葡萄糖含量均极显著(P<0.01)低于笼养组。可见,与笼养饲养方式相比,散养条件更能促进宁都黄鸡对蛋白质、葡萄糖和脂类的吸收和代谢。

宁都黄公鸡不同冠型组织学及BMP2表达定位研究

为了研究成熟期鸡冠不同表型与骨形态发生蛋白2(Bone Morphogenetic Protein 2,BMP2)之间的关系,实验选取16周龄不同冠型的宁都黄鸡公鸡,量取鸡冠性状指标,利用苏木素伊红染色(Hematoxylin-Eosin staining,HE)观察不同冠型组织学差异,通过免疫组织化学方法观察BMP2在不同冠型中的表达。结果表明:宁都黄鸡公鸡细齿冠的冠高、冠长、冠厚的指标均显著低于其他冠型,外周真皮层的血管均比其他冠型少,且外周层与中间层较为致密,而肥厚冠、三叉冠和双叉冠的外周层中小静脉呈扩大状态,可形成窦状血管网,中间层较为松散;BMP2在细齿冠中的表达量极显著高于其他冠型,在生发层的表达是由深层向浅层逐渐降低,且BMP2可在鸡冠血管内皮细胞中表达。说明BMP2对鸡冠的分化发育具有负调控作用,对鸡冠血管的分化具有一定影响。

文昌鸡白麻羽性状与SLC45A2多态性关系

【目的】研究文昌鸡白麻羽性状的遗传规律,鉴定与白麻羽性状相关的基因变异,为文昌鸡白麻羽群体的利用以及白麻羽性状的分子标记辅助选择提供参考。【方法】利用正反交试验探索白麻羽性状的遗传规律;根据白麻羽性状的特点结合前人研究结果,选取SLC45A2基因为候选基因,利用重测序的方法筛选外显子区域内的变异;并重点验证外显子区域的错义突变和无义突变与白麻羽性状的关系。【结果】黄麻羽个体与白麻羽个体正反交试验结果表明,白麻羽性状相对于黄麻羽呈伴性隐性遗传。试验以白麻羽和黄麻个体为DNA模板,扩增了SLC45A2上的7个外显子区域,结果共筛选到5个SNP,其中3个位于外显子上,2个为错义突变(c.a74g和c.g1154c),1个为同义突变(c.c561t)。以文昌鸡白麻羽群体的文昌鸡和非白麻羽性状的文昌鸡、霸王山鸡、清远麻鸡、杏花鸡、红色原鸡为材料,验证上述错义突变,结果显示c.g1154c位点与白麻羽性状完全连锁。【结论】白麻羽性状呈现伴性隐性遗传,c.g1154c可能是白麻羽性状的致因突变。

鹌鹑羽色性状分子遗传机制研究进展

鹌鹑羽色表型变异丰富,繁殖周期短且产蛋率高,是遗传学上难得的研究材料。在鹌鹑羽色性状的分子遗传机制研究方面,国内外已开展大量研究,并取得丰硕成果。本文综合了鹌鹑羽色性状分子遗传机制研究进展,分析了相关研究结果对其它脊椎动物尤其是鸟类的毛色研究的参考指导意义,为下一步产业中对鹌鹑羽色性状开展分子育种(比如羽色自别雌雄配套系的分子选育)提供参考材料。

白耳黄鸡三叉冠性状分析

【目的】对白耳黄鸡三叉冠性状进行分析,以期寻找与三叉冠性状相关的候选单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms, SNP)位点。【方法】60只白耳黄鸡用于杂交试验,120只白耳黄鸡用于受精率试验。对82只白耳黄鸡采集血样抽提DNA,用Illumina鸡60 k芯片进行基因型分型,利用PLINK 1.90对分型结果进行质控后,采用GEMMA软件对SNP与性状进行全基因组关联分析(Genome-wide Association Analysis,GWAS),寻找与白耳黄鸡三叉冠性状显著相关的SNP位点。【结果】白耳黄鸡三叉冠呈现常染色体遗传,其种蛋受精率与单冠的白耳黄鸡差异不显著。由82只白耳黄鸡群体得到55 023个有效SNP,群体内不存在明显的群体分层。与三叉冠相关的SNP位点有10个,分别位于第1、2、3、4、5、12、14号染色体上,邻近或座落于SPRY2、NDFIP2、ITGA9、EMC2、TMEM17、EHBP1、SCAF8、TIAM2、HTT、STON2、PRKCD、RBBP6、TNRC6A、MAPK8IP3基因上。【结论】通过GWAS分析发现10个SNP位点可能与白耳黄鸡三叉冠性状相关。研究结果将为白耳黄鸡的育种提供候选分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。

宁都黄鸡生化指标与体重的相关性研究

[目的]以宁都黄鸡为试验对象,分析宁都黄鸡血清营养物质含量和血清免疫活性物质及盲肠消化酶活性与体重的相关性。[方法]选取健康状态良好的雄性宁都黄鸡150羽,散养条件下饲养至72日龄,按照体重由高到低分为较重组、中等组和较轻组。每组随机抽取样本10只,当日屠宰取血、静置并离心取血清,解剖后无菌取盲肠段内容物,以上样品置于-70℃冰箱中保存。血清总蛋白含量采用双缩脲常规法检测;血清白蛋白含量采用溴甲酚绿法检测;血清葡萄糖含量采用邻甲苯胺法检测,血清总胆固醇和甘油三酯含量采用GPO-PAP法测定;血清超氧化物歧化酶活性采用羟胺法测定;过氧化氢酶活性采用钼酸铵法测定;血清谷胱甘肽过氧化物酶和盲肠脂肪酶、胰蛋白酶活性均采用比色法测定;盲肠α淀粉酶活性采用淀粉-碘显色法测定。[结果]各体重组甘油三酯含量以及过氧化氢酶、总超氧化物歧化酶、胰蛋白酶和α淀粉酶活性均无显著差异,各生化指标与体重无相关性;各体重组总胆固醇含量和脂肪酶活性无显著差异,但与体重分别呈极显著正相关(P<0.01)和显著负相关(P<0.05);各体重组谷胱甘肽过氧化物酶活性存在极显著差异(P<0.01),且与体重呈极显著负相关。[结论]该研究结果对宁都黄鸡饲料中营养的合理配比及外源性消化酶的适时添加具有一定的指导作用。

低浓度阿奇霉素对猪链球菌2型蛋白表达、荚膜多糖与药物敏感性的影响

本研究通过探索低浓度阿奇霉素对猪链球菌2型蛋白表达、荚膜多糖与药物敏感性的影响,为进一步研究环境中低浓度抗生素对微生物的影响奠定基础。用低浓度阿奇霉素处理猪链球菌2型,利用蛋白质组学iTRAQ技术,筛选关键差异表达蛋白。同时测定猪链球菌2型的荚膜多糖含量和药物敏感性。结果显示,共鉴定到差异表达蛋白174个,占总鉴定蛋白的11.6%,多数差异表达蛋白参与催化和代谢过程,属于膜蛋白,其中,3个荚膜多糖蛋白、9个ABC转运蛋白、1个50 S核糖体蛋白、1个核糖体RNA甲基转移酶、1个DNA回旋酶上调表达;8个荚膜多糖蛋白、4个50S核糖体蛋白、4个30S核糖体蛋白、1个核糖体RNA甲基转移酶、1个DNA聚合酶IV下调表达。用低浓度阿奇霉素处理猪链球菌2型,发现其对多种抗生素的敏感性降低,存活下来的菌株,恢复正常培养后,药物敏感性恢复。用低浓度阿奇霉素处理猪链球菌2型,荚膜多糖含量也未发生大幅度变化。猪链球菌2型通过改变自身蛋白质组的表达量,以适应低浓度阿奇霉素的选择压力。与低浓度阿奇霉素共存时,猪链球菌2型开启外排泵系统,会增加细菌产生多重耐药的风险。

LAMP方法鉴定玫瑰冠基因型研究

为了建立快捷的玫瑰冠等位基因分型方法,试验基于LAMP技术,设计特异性引物,在结合浊度法与金属离子指示剂法等方法下,对玫瑰冠等位基因分型进行可行性研究。结果显示:三组引物中,Rose1-1无特异性,Rose4-1和Rose4-2具有一定的特异性,其中Rose4-1在利用HNB作为染料,不添加环引物时的体系组合,可以在24个已知基因型的个体中准确筛选出纯合子与杂合子个体。结果表明,通过LAMP技术进行玫瑰冠个体基因分型具有可行性,同时也为优化其他性状的分子标记辅助选择提供了有益参考。