【目的】阐明养殖密度对西伯利亚杂交鲟(西伯利亚鲟Acipenser baerii♀×施氏鲟Acipenser schrenckii♂)生长性能的影响机制,获得最适宜的养殖密度,为该品种健康养殖提供理论数据。【方法】选取规格一致、健康无病的初始体质量为(7....【目的】阐明养殖密度对西伯利亚杂交鲟(西伯利亚鲟Acipenser baerii♀×施氏鲟Acipenser schrenckii♂)生长性能的影响机制,获得最适宜的养殖密度,为该品种健康养殖提供理论数据。【方法】选取规格一致、健康无病的初始体质量为(7.89±1.45)g的西伯利亚杂交鲟幼鱼,设置低密度组(LD,0.465 kg/m2)、中密度组(MD,0.694 kg/m2)和高密度组(HD,0.930 kg/m2)3个不同的养殖密度进行为期90 d的生产试验,每个密度设置3个重复,每个重复组取1肌肉组织共9个样品进行RNA-seq测序和生物信息学分析。【结果】共得到60.70 Gb Clean Data,各样品的Clean Data均达到6.30 Gb,Q20和Q30碱基百分比在97.45%和93.42%以上;将小体鲟(Acipenser ruthenus)的基因组作为参考基因组进行比对,比对效率在72.64%~74.38%,发掘15549个新基因;将新基因进行注释发现,12636个新基因得到注释,2913个新基因未得到注释;进一步对3个密度组两两比较进行差异表达基因分析,共得到611个非冗余差异表达基因(DEGs),其中LD vs HD和LD vs MD比较组有33个共同DEGs,LD vs HD和MD vs HD比较组有40个共同DEGs,LD vs MD和MD vs HD比较组有31个共同DEGs,只有1个DEG是3个比较组共有;GO功能富集分析发现,这些DEGs主要富集在GTPase活性的增加、肌球蛋白复合物、肌动蛋白结合、ATP结合以及锌离子结合等二级节点中。在此基础上,通过人工筛选与生长应激相关的二级节点,获得了27条与生长应激相关的差异基因,其中包括调控生长轴GH/IGF的生长激素受体(GHR)和胰岛素样生长因子1和2(IGF-1、IGF-2)。选取9条表达差异倍数大的基因进行qRT-PCR验证发现,其mRNA表达趋势均与转录组分析中的表达趋势一致。【结论】不同养殖密度条件下,西伯利亚杂交鲟幼鱼生长、应激等相关基因的表达模式发生显著变化。展开更多
文摘【目的】阐明养殖密度对西伯利亚杂交鲟(西伯利亚鲟Acipenser baerii♀×施氏鲟Acipenser schrenckii♂)生长性能的影响机制,获得最适宜的养殖密度,为该品种健康养殖提供理论数据。【方法】选取规格一致、健康无病的初始体质量为(7.89±1.45)g的西伯利亚杂交鲟幼鱼,设置低密度组(LD,0.465 kg/m2)、中密度组(MD,0.694 kg/m2)和高密度组(HD,0.930 kg/m2)3个不同的养殖密度进行为期90 d的生产试验,每个密度设置3个重复,每个重复组取1肌肉组织共9个样品进行RNA-seq测序和生物信息学分析。【结果】共得到60.70 Gb Clean Data,各样品的Clean Data均达到6.30 Gb,Q20和Q30碱基百分比在97.45%和93.42%以上;将小体鲟(Acipenser ruthenus)的基因组作为参考基因组进行比对,比对效率在72.64%~74.38%,发掘15549个新基因;将新基因进行注释发现,12636个新基因得到注释,2913个新基因未得到注释;进一步对3个密度组两两比较进行差异表达基因分析,共得到611个非冗余差异表达基因(DEGs),其中LD vs HD和LD vs MD比较组有33个共同DEGs,LD vs HD和MD vs HD比较组有40个共同DEGs,LD vs MD和MD vs HD比较组有31个共同DEGs,只有1个DEG是3个比较组共有;GO功能富集分析发现,这些DEGs主要富集在GTPase活性的增加、肌球蛋白复合物、肌动蛋白结合、ATP结合以及锌离子结合等二级节点中。在此基础上,通过人工筛选与生长应激相关的二级节点,获得了27条与生长应激相关的差异基因,其中包括调控生长轴GH/IGF的生长激素受体(GHR)和胰岛素样生长因子1和2(IGF-1、IGF-2)。选取9条表达差异倍数大的基因进行qRT-PCR验证发现,其mRNA表达趋势均与转录组分析中的表达趋势一致。【结论】不同养殖密度条件下,西伯利亚杂交鲟幼鱼生长、应激等相关基因的表达模式发生显著变化。
