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RNome计划:又一个人类基因组计划
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作者 岑萧萍 周润 +1 位作者 王元梅 杨焕明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期357-359,共3页
2023年4月,生命科学界同时庆祝了两大里程碑事件的完成--DNA双螺旋结构发现70周年、人类基因组计划完成20周年,这标志着人类在解析生命科学的奥秘的显著成就。同时,也诞生了一个新的问题,下一个生命科学的里程碑会是什么?
关键词 人类基因组计划 DNA双螺旋结构 生命科学 里程碑事件 新的问题
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藻类基因组研究进展与EST技术的应用
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作者 方永军 范晓蕾 +1 位作者 王广策 胡松年 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期76-82,共7页
关键词 EST技术 藻类 基因组 应用 先锋植物 土壤表面 适应能力 光合作用
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蜜蜂基因组中miRNA的研究进展 被引量:1
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作者 陈璇 郑火青 +1 位作者 余东亮 胡福良 《中国蜂业》 2008年第3期12-13,共2页
MiRNA是一种大小为21~24nt的非编码单链小分子RNA,是生物体内功能基因表达的重要调控分子,其相关研究已成为基因表达调控研究的热点领域。本文对miRNA的特点、功能及其两面性、蜜蜂基因组中miRNA研究的意义及其进展进行了综述。
关键词 蜜蜂 基因组 MIRNA 基因表达调控
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家蚕基因组中SnoRNA(Box C/D)的生物信息学分析与研究
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作者 余东亮 汪旭升 +1 位作者 徐飞 傅衍 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期196-203,共8页
【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组snoRNA预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中BoxC/DsnoRNA进行预测和手工校正。【结果】获到家蚕基因组中的70个snoRNA... 【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组snoRNA预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中BoxC/DsnoRNA进行预测和手工校正。【结果】获到家蚕基因组中的70个snoRNA和56个推测的甲基化位点。结构分析发现D′box和末端茎环结构的不保守性;分析snoRNA在基因组上的分布,未发现普遍的成簇分布的现象,且内含子和基因间隔区的snoRNA数目接近;预测得到的家蚕BoxC/DsnoRNA与已报道果蝇BoxC/DsnoRNA进行相似性分析,表明两个物种的BoxC/DsnoRNAs在一级结构上存在较大的差异。【结论】基于结构特征预测的方法有利于逐步揭示家蚕基因组中存在的snoRNA信息;但与家蚕同源关系较近的物种,其snoRNA在序列上可能有较大变化,故可能不适合以序列同源来对其进行预测。 展开更多
关键词 家蚕(Bombyx mori) BOX C/D SNORNA 甲基化 计算机预测 非编码RNA
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SARS病毒基因组的多态性(英文) 被引量:1
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作者 商磊 齐艳 +4 位作者 包其郁 田薇 徐建成 冯明光 杨焕明 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第4期354-364,共11页
对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS-CoV BJ202 全基因组序列(AY864806)。应用比较基因组研究方法对GenBank 中公布的 115 株 SARS-CoV 基因组序列以及 BJ202 进行分析。以 GZ02 序列为参照,发现 2 个以上基因组中同时存在单核苷酸多... 对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS-CoV BJ202 全基因组序列(AY864806)。应用比较基因组研究方法对GenBank 中公布的 115 株 SARS-CoV 基因组序列以及 BJ202 进行分析。以 GZ02 序列为参照,发现 2 个以上基因组中同时存在单核苷酸多态(SNP)位点共278个。多态位点在SARS-CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点(50.4%, 140/278)发生在基因组3′末端1/3区域。编码Orf10-11、Orf3/4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段(15个片段总长度为6.0 kb),结果显示:BJ202 特有的 3 个多态位点(13 804、15 031 和 20 792)以及另外 3 个多态位点(26 428、26 477 和 27 243)均检出两种不同核苷酸;位点18 379虽在已公布的115株SARS-CoV基因组中未发现突变,实际上也是多态位点。14个克隆中有8个克隆该位点为A,6个克隆为G。全部116个SARS-CoV基因组中共有18种缺失类型和2种插入类型。大部分缺失发生在编码ORF9和ORF10-11区域(基因组序列27 700-28 000 bp处)。以邻位连接法(Neighbor-Joining)构建了116株SARS-CoV系统发育树,BJ202 与BJ01和LLJ-2004等SARS-CoV的亲缘关系较接近。 展开更多
关键词 SARS相关冠状病毒 基因组 多态性
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水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较 被引量:32
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作者 张晓峰 薛庆中 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期596-602,共7页
应用软件CodonW ,对全基因组进行分析,鉴定出水稻和拟南芥NBS -LRR基因家族的最优密码子分别为2 5和16种。NBS- LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致,但两个物种间彼此完全不一致,密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同,说明NBS- ... 应用软件CodonW ,对全基因组进行分析,鉴定出水稻和拟南芥NBS -LRR基因家族的最优密码子分别为2 5和16种。NBS- LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致,但两个物种间彼此完全不一致,密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同,说明NBS- LRR基因家族的密码子使用偏好受物种自身的影响很大。同时,同一物种内基因家族对密码子的使用也存在一定变异性。水稻以G或C结尾的密码子发生强烈偏向使用,而拟南芥中则是以A或T结尾的密码子。密码子中位于第一、三位的G +C含量明显高于第二位的G +C的含量。最适密码子使用频率Fop (frequencyofoptimumcodons )与基因的G +C含量、第三位密码子的G +C百分含量GC3S以及物种特定的密码子适合性因子CAI均极显著相关。 展开更多
关键词 水稻 拟南芥 NBS-LRR基因 密码子用法
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SARS冠状病毒CT基因型发现及相关特征 被引量:1
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作者 李兰娟 王志刚 +41 位作者 卢亦愚 程苏云 吴南屏 翁景清 张严峻 严菊英 梅玲玲 王晓萌 朱函坪 李敏红 姚军 陆群英 姚苹苹 史雯 汤鋆 葛琼 龚黎明 沃健尔 包其郁 余迎朴 俞鸿 王建斌 庄树林 张兵 张晓峰 苏志熙 曾燕舞 彭春龙 蒋琰 陈欢 李金宏 叶杰华 田薇 胡松年 陈苏红 张敏丽 伯晓晨 丁丽 樊玉伟 孙偶军 李鲁 王升启 《浙江预防医学》 2003年第8期3-5,共3页
目的 研究SARS冠状病毒基因型及相关特征。方法 对杭州市首例SARS病人分离的SARS冠状病毒ZJ0 1株进行全基因组测序 ,并在GenBank数据库登录。记录号 :AY2 970 2 8,版本号 :gi:3 0 910 85 9。整个全基因组由 2 9715bp组成。使用GenBan... 目的 研究SARS冠状病毒基因型及相关特征。方法 对杭州市首例SARS病人分离的SARS冠状病毒ZJ0 1株进行全基因组测序 ,并在GenBank数据库登录。记录号 :AY2 970 2 8,版本号 :gi:3 0 910 85 9。整个全基因组由 2 9715bp组成。使用GenBank数据库中最新登陆的SARS病毒的基因组进行序列比对、突变点分析和多态性分析、特殊片段的系统进化分析。结果 发现在ZJ0 1株的 93 91、 175 5 5、2 1712、 2 2 2 13和 2 7819位点 ,分别是T、T、G、T和T核苷酸碱基 ,和GenBank数据库中的其他SARS冠状病毒株比较 ,除第 1、 2、 4和 5突变位点 (C :G :C :C/T :T :T :T)之外 ,发现在 2 1712位点 (第 3个 )A/G突变也参于这一遗传标识。因此我们提出 5个突位点将 17株病毒分为两种基因型的新概念 ,即C :G :A :C :C与T :T :G :T :T两型 ,简称C型和T型。ZJ0 1病毒株属于T基因型 ,在中国大陆内地是首次发现和发表。突起蛋白基因片断的进化树分析 ,广州的GZ0 1C基因型株进化距离和其他病毒株相差甚远 ;比较而言 ,和C基因型BJ0 1、CUHK W1病毒株较为接近 ,其次是T基因型的F1和F2组。 5个突变位点 (C :G :A :C :C/T :T :G :T :T)的两个发生在编码突起蛋白 (S)的基因中 ,分别是A/G和C/T突变 ,由此引起的突起蛋白 (S)氨基酸变化是Asp/ 展开更多
关键词 SARS 冠状病毒 严重急性呼吸综合症 传染性非典型肺炎 基因多态性 基因突变 CT 基因型
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两种家猪心脏组织基因表达谱的分析 被引量:2
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作者 曾燕舞 傅衍 +3 位作者 张兵 苏志熙 张晓峰 胡松年 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第6期565-571,共7页
选取丹麦成年长白母猪的心脏、肌肉、主动脉、左心室和中国成年二花脸母猪心脏共 5种组织 ,建立相应的cDNA文库 ,在此基础上测定了 35 180条表达序列标签。通过比较分析长白猪 4种组织的基因表达 ,找出了长白猪心脏组织中 3个显著高表... 选取丹麦成年长白母猪的心脏、肌肉、主动脉、左心室和中国成年二花脸母猪心脏共 5种组织 ,建立相应的cDNA文库 ,在此基础上测定了 35 180条表达序列标签。通过比较分析长白猪 4种组织的基因表达 ,找出了长白猪心脏组织中 3个显著高表达的功能群和 4 7个显著高表达的基因。长白猪心脏组织在分子伴侣活动、马达活动和生理过程中表达的基因较多 ,4 7个显著高表达的基因都是和运动、运动调节、能量及保护有关的基因。两种家猪心脏组织表达差异显著的基因有 74个 ,并且绝大部分是在长白猪心脏中表达更高 ,显示出长白猪心脏组织生理活动的高效与旺盛。 展开更多
关键词 表达序列标签 表达谱 家猪 心脏 肌肉
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寻找水稻DNA编码与非编码区边界方法的比较研究 被引量:1
9
作者 孙奕钢 高雷 +1 位作者 张忠华 薛庆中 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期629-635,共7页
在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,提出了两个新的离散量度量(αKL离散量与αJensenShannon离散量)... 在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,提出了两个新的离散量度量(αKL离散量与αJensenShannon离散量),根据密码子的GC含量对氨基酸对应密码子构建了粗粒化向量。比较了融合JensenShannon离散量、JensenRenyi离散量、αKL离散量和αJensenShannon离散量等不同向量所获得的精度,结果表明,在对水稻基因编码区‘终止子’的识别效率上,构建的密码子粗粒化向量融合新引进的度量方法比Bernaola等人的方法(2000)提高了4~5倍。 展开更多
关键词 Jensen-Shannon离散量 Jensen-Renyi离散量 α-KL离散量 α-Jensen-Shannon离散量 GO含量 编码与非 编码区 水稻
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基于离散Hopfield网络求解极大独立集的茎区选择算法以及在RNA二级结构预测中的应用 被引量:7
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作者 刘琦 张引 +1 位作者 叶修梓 俞荣栋 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2008年第1期51-58,共8页
提出了一种利用离散Hopfield网络求解图论极大独立集的启发式算法,并将其应用于RNA二级结构的茎区选择和预测当中.算法通过映射RNA序列的茎区为无向图中的节点,将预测RNA二级结构的问题转化为求解图的极大独立集的问题.定义了合理的能... 提出了一种利用离散Hopfield网络求解图论极大独立集的启发式算法,并将其应用于RNA二级结构的茎区选择和预测当中.算法通过映射RNA序列的茎区为无向图中的节点,将预测RNA二级结构的问题转化为求解图的极大独立集的问题.定义了合理的能量变化函数,利用离散Hopfield网络进行迭代,以获得能量最优的预测结构.文中将算法与传统的最大匹配数算法以及最小自由能算法在运行时间上进行比较,并且选择特定的序列在茎区和碱基对水平上进行精度测试,结果证明该算法在效率和精度上具有一定的优势.算法的时间复杂性为max{O(n2),O(N2)},空间复杂度为O(N2),其中n为RNA序列长度,N为RNA的茎区段个数. 展开更多
关键词 RNA 二级结构 极大独立集 离散HOPFIELD神经网络 茎区
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LZ-8蛋白的原核密码子优化表达及免疫调节功能的初步检测 被引量:4
11
作者 黄俊 张灵霞 +1 位作者 胡松年 于军 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期7-12,共6页
为研究LZ-8蛋白的免疫调节活性,设计合成12个寡核苷酸片段,并用PCR方法将它们连接为经密码子优化的新LZ-8基因;将该新基因克隆至原核表达载体pET-28b,构建重组表达质粒pET-28b_lz8,并在大肠杆菌BL21中进行诱导表达.表达产物经Ni离子亲... 为研究LZ-8蛋白的免疫调节活性,设计合成12个寡核苷酸片段,并用PCR方法将它们连接为经密码子优化的新LZ-8基因;将该新基因克隆至原核表达载体pET-28b,构建重组表达质粒pET-28b_lz8,并在大肠杆菌BL21中进行诱导表达.表达产物经Ni离子亲和层析法纯化后,蛋白表达量达70mg·L-1.通过不同品系小鼠的皮肤移植模型检测表明:纯化的重组蛋白具有一定程度的免疫抑制功能,还需进一步实验验证. 展开更多
关键词 原核表达 密码子优化 真菌免疫调节蛋白 LZ-8蛋白 免疫抑制活性
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基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法
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作者 刘琦 张引 +1 位作者 叶修梓 俞荣栋 《浙江大学学报(工学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第8期1249-1254,共6页
针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法,提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法,利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进... 针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法,提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法,利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNA-phe、PSTV、poliovirusmutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析,表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量,同样取得了不错的效果. 展开更多
关键词 RNA二级结构 相似度 奇异值分解 特征提取
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传染性非典型肺炎患者不同病程粪便标本中SARS-CoV的分离与鉴定
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作者 田薇 邓亚军 +8 位作者 吴清发 王绪敏 杨玲 张峰 刘晨辉 包其郁 汪建 杨焕明 刘明旭 《世界华人消化杂志》 CAS 2004年第5期1246-1248,共3页
目的:从粪便标本中分离并鉴定SARS-CoV. 方法:粪便浸出液接种Vero-E6细胞,盲传至出现明显的细胞病变效应(CPE),并能稳定传代.采用电镜法和RT- PCR技术鉴定细胞培养物中的SARS-CoV(本实验均在BSL-3实验室完成). 结果:大部分样本用Vero-E... 目的:从粪便标本中分离并鉴定SARS-CoV. 方法:粪便浸出液接种Vero-E6细胞,盲传至出现明显的细胞病变效应(CPE),并能稳定传代.采用电镜法和RT- PCR技术鉴定细胞培养物中的SARS-CoV(本实验均在BSL-3实验室完成). 结果:大部分样本用Vero-E6细胞盲传3代后发现明显的CPE,并能稳定传代.电镜负染检查,出现CPE的细胞可查见病毒颗粒;培养物上清RT-PCR扩增均为阳性.粪便样本直接用RT-PCR检测,阳性率仅为50%,细胞培养的检出率为73%. 结论:采用细胞培养结合RT-PCR技术检测粪便标本SARS- CoV比粪便标本直接RT-PCR的阳性率高. 展开更多
关键词 传染性非典型肺炎 粪便标本 SARS-COV 冠状病毒
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肿瘤基因组学与全球肿瘤基因组计划 被引量:14
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作者 胡学达 杨焕明 +1 位作者 赫捷 吕有勇 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第9期792-804,共13页
DNA序列的变异是所有肿瘤细胞发生的重要的分子层面的原因,当前学界已经有能力对一定规模的癌症队列样本开展全基因组变异图谱的分析.国际肿瘤基因组协作联盟(ICGC)于2007年成立并启动了全球范围的肿瘤基因组研究工作.ICGC提出对50种癌... DNA序列的变异是所有肿瘤细胞发生的重要的分子层面的原因,当前学界已经有能力对一定规模的癌症队列样本开展全基因组变异图谱的分析.国际肿瘤基因组协作联盟(ICGC)于2007年成立并启动了全球范围的肿瘤基因组研究工作.ICGC提出对50种癌症、总计25000例患者样本绘制体细胞基因突变谱.多个国家的参与课题组已经阶段性地总结了特定癌症的数据并报道了研究成果,当前跨癌种的泛癌症基因组研究已经成为ICGC的工作重点.我国以中国肿瘤基因组协作组(CCGC)的形式参与了ICGC的合作研究,选择包括食管癌、胃癌、肝癌、大肠癌、鼻咽癌等13种癌症并取得相关进展.CCGC和ICGC研究工作将积极推动癌症基因组学向肿瘤生物学的转化研究,为肿瘤的个体化精准诊疗提供理论和技术支撑. 展开更多
关键词 肿瘤基因组 国际肿瘤基因组协作联盟 中国肿瘤基因组协作组 测序 突变
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吗啡的合成生物学研究和工业化生产 被引量:2
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作者 范楚珧 刘龙英 +3 位作者 沈玥 陈泰 曾筱凡 杨焕明 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第13期1436-1444,共9页
吗啡是鸦片中重要的生物碱,其合成生物学制造及相关工业化生产,是合成生物学领域继人工合成青蒿素之后最有代表性的实例.本文从吗啡合成的有关代谢通路的阐明和设计开始,总结整理吗啡在酵母中的生物合成方法,介绍这一划时代工作的全过... 吗啡是鸦片中重要的生物碱,其合成生物学制造及相关工业化生产,是合成生物学领域继人工合成青蒿素之后最有代表性的实例.本文从吗啡合成的有关代谢通路的阐明和设计开始,总结整理吗啡在酵母中的生物合成方法,介绍这一划时代工作的全过程及合成生物学技术的潜力和前景. 展开更多
关键词 吗啡 酵母 生物合成 合成生物学 工业化生产
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脑兴奋性突触后NMDA受体信号转导复合物 被引量:2
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作者 杨柳 朱永平 《国外医学(生理病理科学与临床分册)》 2005年第3期207-210,共4页
在脑兴奋性突触中,N甲基D天(门)冬氨酸受体和各种信号蛋白在突触后形成了一个多蛋白的NMDA受体复合物,共同调控着神经信号由突触前向细胞内的传导以及在细胞内的级联释放、传递,介导突触强度的长期变化,并参与突触可塑性、学习记忆和认... 在脑兴奋性突触中,N甲基D天(门)冬氨酸受体和各种信号蛋白在突触后形成了一个多蛋白的NMDA受体复合物,共同调控着神经信号由突触前向细胞内的传导以及在细胞内的级联释放、传递,介导突触强度的长期变化,并参与突触可塑性、学习记忆和认知等多种神经功能。NMDA受体复合物由受体、衔接蛋白、信号蛋白和骨架蛋白等上百种蛋白组成,各种蛋白在突触后形成了一个蛋白间相互作用的网络,编码神经信号,将电信号转化为生化变化,从而精密地调控着神经功能。对NRC组成和功能的研究将有助于阐明其在突触可塑性、学习记忆和认知中的作用机制。 展开更多
关键词 NMDA受体 突触后致密物 突触可塑性 学习记忆 认知
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产超广谱β-内酰胺酶菌株质粒介导喹诺酮类药物耐药机制的研究
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作者 钱英 蒋琰 +4 位作者 周志慧 俞云松 魏泽庆 沈萍 李兰娟 《中华临床感染病杂志》 CAS 2008年第1期-,共5页
目的 明确产超广谱β-内酰胺酶(esbls)菌株对喹诺酮类药物的耐药机制.方法 用pcr方法扩增产esbls的263株大肠埃希菌和99株肺炎克雷伯菌的qnra基因.对ctx-m和qnra基因都阳性的肺炎克雷伯菌zj96采用接合试验、southern杂交进行基因定位,... 目的 明确产超广谱β-内酰胺酶(esbls)菌株对喹诺酮类药物的耐药机制.方法 用pcr方法扩增产esbls的263株大肠埃希菌和99株肺炎克雷伯菌的qnra基因.对ctx-m和qnra基因都阳性的肺炎克雷伯菌zj96采用接合试验、southern杂交进行基因定位,用鸟枪法对分离自zj96菌株的同时含qnra和ctx-m基因的质粒(pkp96)进行全序列测定.结果 263株大肠埃希菌中有5株检出qnra基因,阳性率为1.9%;99株肺炎克雷伯菌中有8株检出qnra基因,阳性率为8.1%.zj96菌株含有ctx-m和qnra基因同时阳性的大小约60 kb的接合性质粒pkp96.菌株zj96的接合菌质粒pkp96含有qnra、ctx-m-24、aac(6')-ib-cr、teta和intⅠ 1等基因.结论 喹诺酮耐药基因qnra和ctx-m-24型esbls基因同时位于可接合性质粒中,耐药质粒的广泛传播是造成临床耐药菌株大量出现的主要原因. abstract: objective to characterize the prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance determinants qnra in extended-spectrum β-lactamase(esbl)-producing escherichia coli and klebsiella pneumonia.methods pcr was used to amplify qnra gene in esbl-rpoducing isolates(including 263isolates of escherichia coli and 99 isolates of klebsiella pneumonia).conjugation experiments and southern blot hybridization were employed to definitude the location of the genes in zj96 isolate of klebsiella pneumonia which had positive qnra and ctx-m genes.shot gun sequencing was performed for analyzing the complete nucleotide sequence of pkp96,a plasmid containing qnra and ctx-m-24 genes in zj96 isolate.results qnra was detected in 5 out of 263(1.9%)escherichia coli isolates and 8 out of 99(8.1%)klebsiella pneumonia isolates.pkp96,a conjugative plasmid including qnra gene and ctx-m-24 gene presented in zj96 isolate.the sequence of the plasmid pkp96 displayed the qnra,ctx-m-24,aac(6')-ib-cr,teta and int Ⅰ 1 genes.conclusion the plasmid-mediated genes,such as qnra and ctx-m,may facilitate the prevalence of multi-drug resistant strains. 展开更多
关键词 喹诺酮类 超广谱Β-内酰胺酶 qnra 质粒
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泌乳前后家猪乳腺基因表达谱的构建以及不同猪种和不同发育时期差异表达基因的确定 被引量:2
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作者 苏志熙 董新姣 +4 位作者 张兵 曾燕舞 傅衍 于军 胡松年 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2005年第5期462-471,共10页
构建了不同猪种、不同发育时期的非标准化家猪乳腺cDNA文库,并从中获得28941条高质量ESTs(expressed sequence tags).利用序列拼接软件CAP3,这些EST序列被拼接成2212条重叠群和5642条单一序列.这些序列在经过功能注释后被聚类成6857个... 构建了不同猪种、不同发育时期的非标准化家猪乳腺cDNA文库,并从中获得28941条高质量ESTs(expressed sequence tags).利用序列拼接软件CAP3,这些EST序列被拼接成2212条重叠群和5642条单一序列.这些序列在经过功能注释后被聚类成6857个基因聚类,其中2072条无相应功能注释的序列被认为来自于新基因.按照标准基因词汇体系的分类标准,已经有功能注释的基因进行了聚类分析.通过比较基因表达谱,确定了几组在猪种间和猪种内不同发育时期乳腺中差异表达的基因,这些基因中某些可能与家猪的繁殖特性相关,另外则在乳汁合成、分泌和乳腺复旧过程中发挥重要的作用.这些来源于家猪乳腺特定发育时期的基因表达谱和一些功能未知的EST序列为进一步的研究提供了重要资源. 展开更多
关键词 表达序列标签 表达谱 家猪 乳腺 差异表达基因 基因表达谱 发育时期 猪种 构建 EST序列
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Leber先天性黑蒙症分子机制研究新进展及未来展望 被引量:2
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作者 魏天颖 祁鸣 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第36期3770-3776,共7页
Leber 先天性黑蒙症是一种严重的遗传性视网膜病变,常在婴幼儿时期发病,并伴有糖尿病、肥胖和尿崩症等一系列并发症,目前尚无特效药可以治疗.之前的一系列研究发现,有17个基因和Leber先天性黑蒙症相关.但是这17个基因仅能解释70%左右的... Leber 先天性黑蒙症是一种严重的遗传性视网膜病变,常在婴幼儿时期发病,并伴有糖尿病、肥胖和尿崩症等一系列并发症,目前尚无特效药可以治疗.之前的一系列研究发现,有17个基因和Leber先天性黑蒙症相关.但是这17个基因仅能解释70%左右的先天性黑蒙症的发病机制,本实验室(Ming Qi实验组)及其他三个实验组(Jean-Michel Rozet实验组、Eric A Pierce实验组、Rui Chen实验组)最新发表在Nat Genet上的4篇论文揭示出NMNAT1基因也是Leber先天性黑蒙症的致病基因.这一发现解释了部分Leber先天性黑蒙症的遗传学机制,也为后期Leber先天性黑蒙症的诊断和基因治疗提供了理论依据. 展开更多
关键词 Leber先天性 黑蒙症NMNAT1 基因治疗
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基于Apriori算法的关键词推荐在面向主题的用户个性化搜索中的应用 被引量:5
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作者 刘琦 卜佳俊 陈纯 《模式识别与人工智能》 EI CSCD 北大核心 2006年第2期186-190,共5页
对传统协作过滤方法在关键词推荐系统中的应用进行分析.在 Apriori 算法的基础上,提出一种面向主题的用户个性化搜索的关键词推荐算法.该算法基于 Apriori 算法,对用户的搜索历史关键词集合进行频繁集挖掘.实验证明。该算法可以根据用... 对传统协作过滤方法在关键词推荐系统中的应用进行分析.在 Apriori 算法的基础上,提出一种面向主题的用户个性化搜索的关键词推荐算法.该算法基于 Apriori 算法,对用户的搜索历史关键词集合进行频繁集挖掘.实验证明。该算法可以根据用户输入的历史关键词推荐给用户满足其当前搜索兴趣倾向的新的关键词,使用户的查询更加精确化和个性化. 展开更多
关键词 个性化 APRIORI算法 关键词 搜索引擎
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