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陆地棉高密度遗传图谱的构建及产量相关性状的QTL定位
1
作者
贾晓昀
王士杰
+3 位作者
朱继杰
赵红霞
李妙
王国印
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期587-598,I0001-I0013,共25页
【目的】通过构建高密度SNP遗传图谱,开展棉花多群体产量相关性状的QTL定位,获得稳定性好、精确度高的QTL,为产量性状调控基因的挖掘和有效分子标记的开发提供依据。【方法】以高稳产冀丰1271为母本、优质自交系冀丰173为父本,构建包含...
【目的】通过构建高密度SNP遗传图谱,开展棉花多群体产量相关性状的QTL定位,获得稳定性好、精确度高的QTL,为产量性状调控基因的挖掘和有效分子标记的开发提供依据。【方法】以高稳产冀丰1271为母本、优质自交系冀丰173为父本,构建包含200个单株的F_(2)群体,利用测序基因分型(genotyping by sequencing,GBS)技术开发群体的SNP标记并构建高密度遗传图谱,对F_(2)、F_(2:3)、F_(2:4)群体的衣分、子指和单铃重进行QTL定位,注释主效和稳定QTL位点内的基因并分析基因在不同组织的表达模式,筛选候选基因。【结果】通过简化基因组测序,共获得383.07 Gb数据,包括母本冀丰1271的26.93 Gb、父本冀丰173的27.30 Gb和F_(2)群体的328.84 Gb,Q30值分别为90.55%、89.95%和95.77%。在F_(2)群体中开发了1305642个SNP标记,其中,用于构建遗传图谱的aa×bb型SNP为410726个。构建了一张包含16088个SNP、总图距为4282.81 cM的高密度遗传图谱,标记间的平均距离为0.27 cM,利用共线性分析证明了图谱具有较高的质量。在3个群体中共定位到108个QTL,包括34个衣分QTL、36个子指QTL和38个单铃重QTL,其中有30个QTL与已报道QTL位置重叠或接近,78个QTL未见报道。发现10个主效QTL、16个稳定QTL,其中有5个主效QTL可在2个或3个群体中被定位到。qLP-A13-4在3个群体中均可被定位到,贡献率达到13.78%;qLP-A13-6在2个群体中被定位到,贡献率达到10.01%;qLP-D10-2在2个群体中被定位到,贡献率达到10.92%;qSI-D10-1在2个群体中被定位到,贡献率达到12.31%;qBW-D5-3在2个群体中被定位到,贡献率达到15.54%。在主效和稳定QTL位点内注释到3415个基因。通过KEGG和GO分析,注释基因主要参与植物激素信号转导、TCA循环、次生代谢物质和氨基酸生物合成、光合生物的碳固定等通路。利用TM-1和NDM8的转录组数据,发现8个基因在棉花产量相关的纤维、胚珠或种子中具有较高的表达量,可能通过调控纤维或种子的发育,影响衣分或子指,进而影响棉花单铃重和产量。【结论】构建了一张陆地棉种内高密度遗传图谱,定位了108个产量相关QTL,发现5个主效QTL可在多个群体中定位到,鉴定到8个在纤维、胚珠或种子中高效表达的候选基因。
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关键词
陆地棉
高密度遗传图谱
产量
QTL定位
候选基因
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职称材料
题名
陆地棉高密度遗传图谱的构建及产量相关性状的QTL定位
1
作者
贾晓昀
王士杰
朱继杰
赵红霞
李妙
王国印
机构
河北省农林科学院粮油作物研究所/河北省作物遗传育种实验室/河北省作物栽培生理与绿色生产重点实验室
出处
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期587-598,I0001-I0013,共25页
基金
河北省农林科学院基本科研业务费项目(2021060206)
河北省农林科学院科技创新专项(2022KJCXZX-LYS-14)
+1 种基金
河北省农林科学院粮油作物研究所青年创新基金(2022LYS02)
河北省现代农业产业技术体系创新团队建设专项-机采品种选育(HBCT2018040202)。
文摘
【目的】通过构建高密度SNP遗传图谱,开展棉花多群体产量相关性状的QTL定位,获得稳定性好、精确度高的QTL,为产量性状调控基因的挖掘和有效分子标记的开发提供依据。【方法】以高稳产冀丰1271为母本、优质自交系冀丰173为父本,构建包含200个单株的F_(2)群体,利用测序基因分型(genotyping by sequencing,GBS)技术开发群体的SNP标记并构建高密度遗传图谱,对F_(2)、F_(2:3)、F_(2:4)群体的衣分、子指和单铃重进行QTL定位,注释主效和稳定QTL位点内的基因并分析基因在不同组织的表达模式,筛选候选基因。【结果】通过简化基因组测序,共获得383.07 Gb数据,包括母本冀丰1271的26.93 Gb、父本冀丰173的27.30 Gb和F_(2)群体的328.84 Gb,Q30值分别为90.55%、89.95%和95.77%。在F_(2)群体中开发了1305642个SNP标记,其中,用于构建遗传图谱的aa×bb型SNP为410726个。构建了一张包含16088个SNP、总图距为4282.81 cM的高密度遗传图谱,标记间的平均距离为0.27 cM,利用共线性分析证明了图谱具有较高的质量。在3个群体中共定位到108个QTL,包括34个衣分QTL、36个子指QTL和38个单铃重QTL,其中有30个QTL与已报道QTL位置重叠或接近,78个QTL未见报道。发现10个主效QTL、16个稳定QTL,其中有5个主效QTL可在2个或3个群体中被定位到。qLP-A13-4在3个群体中均可被定位到,贡献率达到13.78%;qLP-A13-6在2个群体中被定位到,贡献率达到10.01%;qLP-D10-2在2个群体中被定位到,贡献率达到10.92%;qSI-D10-1在2个群体中被定位到,贡献率达到12.31%;qBW-D5-3在2个群体中被定位到,贡献率达到15.54%。在主效和稳定QTL位点内注释到3415个基因。通过KEGG和GO分析,注释基因主要参与植物激素信号转导、TCA循环、次生代谢物质和氨基酸生物合成、光合生物的碳固定等通路。利用TM-1和NDM8的转录组数据,发现8个基因在棉花产量相关的纤维、胚珠或种子中具有较高的表达量,可能通过调控纤维或种子的发育,影响衣分或子指,进而影响棉花单铃重和产量。【结论】构建了一张陆地棉种内高密度遗传图谱,定位了108个产量相关QTL,发现5个主效QTL可在多个群体中定位到,鉴定到8个在纤维、胚珠或种子中高效表达的候选基因。
关键词
陆地棉
高密度遗传图谱
产量
QTL定位
候选基因
Keywords
Upland cotton
high density genetic map
yield
QTL mapping
candidate gene
分类号
R562 [医药卫生—呼吸系统]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
陆地棉高密度遗传图谱的构建及产量相关性状的QTL定位
贾晓昀
王士杰
朱继杰
赵红霞
李妙
王国印
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
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条
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引证文献
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