DNA条形码技术鉴别市售鱼肉制品真伪

以COΙ基因和16S r RNA基因作为鱼类制品通用的DNA条形码,对超市中采集的91份冷冻鱼肉样品及经过深加工的预包装鱼肉样品进行物种鉴定。结果表明:COΙ基因和16S r RNA基因均可用于鱼类制品物种真伪的鉴别;冷冻鱼肉样品和预包装鱼肉样品与其商标的符合率分别为83.54%和58.33%;市场中存在鱼类制品商品标签标示错误、配料标注不明确等问题,为相关部门对鱼类制品的监管提供了有力的技术支持。

沙门氏菌重组酶聚合酶检测方法的建立及应用

建立一种重组酶聚合酶扩增技术(recombinasepolymeraseamplification,RPA)检测沙门氏菌(Salmonella)的方法。本研究依据沙门氏菌侵袭蛋白A基因(invA)的保守序列设计特异性引物,通过对反应时间的优化,建立的RPA方法在38℃水浴锅中恒温反应20 min,即可实现对目的片段的有效扩增;除沙门氏菌外,其他26 种食源性致病菌均无扩增,具有良好的特异性;以沙门氏菌基因组DNA作为模板,该方法的检测灵敏度为1.1×10^(-3) ng/μL,与本研究应用的实时荧光聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,PCR)方法一致;人工污染实验表明,当羊肉、鸡肉和西兰花样品污染量为4 CFU/25 g,增菌8 h,即可通过RPA方法检出沙门氏菌。在人工污染实验中,RPA和PCR检测结果一致。本研究建立的沙门氏菌的RPA检测方法特异性强、操作简单、为食源性致病菌的鉴定提供了一种新的方向。

食品中蜡样芽胞杆菌实时荧光RPA检测方法的建立与应用

为实现简便快速地检测蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus),根据Gen Bank中蜡样芽胞杆菌16 S RNA序列设计特异性引物和exo探针,建立了一种实时荧光重组酶聚合酶扩增方法,在39℃恒温下仅需20 min即可完成检测。该方法特异性扩增蜡样芽胞杆菌16 S RNA基因片段,对其他芽胞杆菌和非芽胞杆菌无扩增;以蜡样芽胞杆菌基因组DNA作为模板,该方法的检测灵敏度为1.0×10-3ng/μL,同已发表的real-time PCR方法一致。人工污染实验表明,当大米饭中蜡样芽胞杆菌污染量≥1.5×104CFU/g时,即可通过real-time RPA方法检出,所需时间仅为6~13min;而当污染量≥1.5×105CFU/g时,才能通过real-time PCR方法检出,所需时间至少为30 min(Ct值为20~31)。

口蹄疫病毒实时荧光RT-RPA快速检测方法的建立

为建立一种简单、快速、特异的口蹄疫病毒(FMDV)分子检测方法,本研究基于FMDV的3D基因,设计特异性引物和exo探针,建立了用于FMDV快速检测的等温实时荧光反转录重组酶聚合酶(Real-time RT-RPA)方法。该方法采用便携式等温扩增仪-Genie Ⅲ实时监测扩增结果,40℃20 min即可完成检测。结果显示,FMDV RT-RPA方法能够特异性扩增FMDV 3D基因,而对水泡性口炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、脑心肌炎病毒等均无扩增;以体外转录的FMDV 3D RNA作为模板,该方法在95%置信区间检出下限为1.0×10~2拷贝/μL,组内和组间变异系数均小于1%;使用43份含有灭活FMDV的模拟临床样品分析显示,RT-RPA对FMDV的检出率为34.9%(15/43),略低于荧光定量RT-PCR的检出率(39.5%,17/43),而两种方法的符合率为95.3%(41/43)。RT-RPA能够在6 min～16 min内完成检测,而实时荧光RT-PCR则需要30 min～51 min。本研究所建立的实时荧光RT-RPA方法反应快速,特异性强,灵敏性高,操作简单,结合便携式具有荧光检测功能的等温扩增仪Genie Ⅲ,组建了FMDV快速检测平台,在基层兽医部门,尤其在野外及疫情现场的FMDV检测中具有极大的应用潜力,为设备仪器有限的实验室和田间对FMDV的快速检测提供了一种有效的方法,对于条件有限地区FMD的防控具有重要意义。

伪狂犬病病毒野毒和疫苗毒双重RPA鉴别检测方法的建立和应用

为建立伪狂犬病病毒(PRV)野毒和疫苗毒的快速鉴别检测方法,本研究基于PRV gB和gE基因保守区域设计引物,建立了一种双重重组酶聚合酶扩增方法(RPA)。本研究所建立的双重RPA方法在38℃水浴锅中恒温反应20min,能够在同一个反应体系中实现对PRV野毒和疫苗毒的特异性鉴别检测,而与其它常见的猪病毒没有交叉反应。所建立的双重RPA方法对PRV gB和gE基因的检测限均为102拷贝,并且与荧光定量PCR方法检测限一致。通过对4株不同PRV株和37份临床样品的检测,结果表明双重RPA方法能够实现对不同PRV株的检测,对临床样品中PRV gB和gE基因的检出率均为45.9%(17/37),与荧光定量PCR方法检测的符合率为100%。本研究所建立的双重RPA方法反应快速、操作简便、结果可靠,可有效应用于对PRV野毒和疫苗毒的快速鉴别检测。

产气荚膜梭菌实时荧光PCR和实时荧光RPA检测方法的建立和比较

根据产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)高度保守的plc基因,设计特异性引物和探针,建立产气荚膜梭菌的实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)和实时荧光聚合酶重组酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)检测方法。特异性分析结果表明,建立的两种检测方法特异性强,仅对产气荚膜梭菌有特异性扩增,对其他细菌均无扩增;两种方法的检出限均为1.3 pg/μL。在人工污染模拟样品的检测中,两种方法的检出限均为1.0×102 CFU/mL;实时荧光RPA需要3~13 min即可实现对所有阳性样品的检测,而实时荧光PCR则需要24~46 min(Ct值为17.45~33.65)。实时荧光RPA方法在检测时间、操作方便性和仪器便携性方面,明显优于实时荧光PCR方法。本研究建立的实时荧光PCR和实时荧光RPA检测方法特异性强、灵敏性高、操作方便,为实验设备装备较差的基层检测实验室和疫情突发现场产气荚膜梭菌的快速检测提供有效技术手段。

猪细小病毒重组酶聚合酶扩增快速检测方法的建立

试验旨在建立一种简单、快速检测猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)的重组酶聚合酶(recombinase polymerase amplification,RPA)检测方法,为中国PPV的防控和诊断提供一种新的、可靠的技术支持。本研究基于PPVVP2基因的保守序列,设计合成1对RPA引物探针,通过对反应时间的优化,建立38℃恒温水浴锅检测PPV的RPA方法。结果表明,所建立的RPA方法在38℃水浴锅中恒温反应30min,能够特异性的检测PPV;以重组质粒pPPV-VP2作为模板,RPA的检测限为102拷贝,同本研究中应用的实时荧光定量PCR方法检测限一致,比普通PCR方法高100倍;RPA方法对疑似PPV感染临床样品的阳性检出率为82.6%,略低于实时荧光定量PCR的检出率(86.9%),明显高于普通PCR的阳性检出率(66.7%)。本研究建立的RPA方法操作简单、反应快速,结果确实可靠,适用于PPV的快速检测。

应用微滴式数字聚合酶链式反应定量检测牛肉制品中的猪源性成分

参照GB/T 25165—2010《明胶中牛、羊、猪源性成分的定性检测方法实时荧光聚合酶链式反应法》,以牛的生长激素(growth hormone,GH)基因和猪的朊蛋白(prion protein,PRNP)基因2种核基因为靶基因合成特异性引物和探针。理论推导单位质量牛肉的GH基因与猪肉PRNP基因拷贝数之比为一固定值,通过微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)方法对该固定值进行检测和验证,并以该固定值对牛肉/猪肉人工混合样本和市售牛肉制品中的猪肉成分进行定量检测。结果表明:该方法具有良好的准确性及可重复性;牛肉中掺杂猪肉质量分数在5%～99%范围内时,检测结果绝对误差小于1.28%,变异系数小于6.5%,猪肉成分的回收率为99.09%～102.80%;20份牛肉制品中,4份检出猪肉成分,其中3份的相对含量为29.19%～98.15%,1份为0.12%(低于本方法检出限5%)。因此,dd PCR方法可以较好地应用于牛肉制品中掺杂猪肉成分的定量检测。

GNM C7-8实时荧光PCR系统对掺假肉制品中多种动物源性成分的同时检测

应用GNMC7-8实时荧光PCR系统,同时快速检测掺假肉制品中多种动物源性成分。将牛肉粉、驴肉粉、鸵鸟肉粉和羊肉粉4组不同肉粉中分别混入猪肉粉、鸭肉粉、马肉粉、鸡肉粉和狐狸肉粉中的2~3种肉粉,制备人工模拟掺假肉制品。通过GNMC7-8实时荧光PCR和ABI7500荧光PCR方法,对上述四种掺假肉制品进行多种动物源性成分检测和比较。结果表明,GNMC7-8实时荧光PCR方法与ABI7500荧光PCR方法从掺假肉制品中检测猪、鸭、马、鸡和狐狸5种成分的循环数一致,分别是31、31、29、32和25,但基于八模块设计的GNMC7-8实时荧光PCR方法能同时检测四种掺假肉制品中不同动物源性成分,检测时间更短。因此,GNMC7-8实时荧光PCR系统的八个模块能够独立运行,互不干扰,无交叉污染,能够实现对掺假肉制品中多种动物源性成分的同时快速检测,为肉制品掺假检测提供强有力的方法支持。

GNM C7-8实时荧光PCR同时快速检测8种动物源性成分

目的基于八模块设计的GNM C7-8实时荧光PCR系统实现对8种动物源性成分同时快速检测.方法基于猪朊蛋白基因、牛生长激素基因、羊生长激素基因、驴线粒体ATPase 6基因、马线粒体ATPase 6基因、鸭生长激素基因、水貂线粒体细胞色素b基因、狐狸线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因引物设计了8种动物源性成分实时荧光PCR检测方法.应用GNM C7-8实时荧光PCR系统,对8种动物源性成分启动同时检测和每隔5 min顺序启动不同时检测,并将检测结果和ABI 7500荧光PCR分别检测结果进行比较.结果GNM C7-8实时荧光PCR系统同时检测猪、牛、羊、驴、马、鸭、水貂、狐狸8种动物源性成分,起峰周期数分别为30、27、21、21、24、17、15、17,与其不同时检测结果一样,与ABI 7500荧光PCR系统检测结果相比,猪、羊、马、鸭、水貂5种成分的起峰快1~2个周期数,其余3种成分检测结果一致,检测完成时间少16~20 min.结论GNM C7-8实时荧光PCR系统8个模块独立运行,互不干扰,无交叉污染,能够同时快速检测8种动物源性成分,为快速筛查动物源性成分提供强有力的设备技术支持.

猪瘟病毒重组酶聚合酶扩增检测方法的建立及应用

本研究基于猪瘟病毒(CSFV)5’UTR保守序列,设计特异性引物,建立了可快速检测CSFV的反转录重组酶聚合酶扩增检测方法(reverse-transcription recombinase polymerase amplification,RT-RPA)。该方法在40℃下恒温20 min即可完成反应;且特异性强,与其他瘟病毒和猪的重要病原无任何交叉反应。以体外转录的CSFV RNA为模板,该方法的检出下限为10~2copies。采用RT-RPA方法和实时荧光RT-PCR(real-time RT-PCR)方法同时对57份临床样品进行CSFV检测,结果,RT-RPA方法的阳性检出率为56.14%(32/57),略低于real-time RT-PCR方法的阳性检出率(64.19%,37/57)。以real-time RT-PCR作为参考方法,所建立的RT-RPA方法的诊断特异性为100%,诊断灵敏度为89.19%。上述结果表明,本研究建立的CSFV RT-RPA检测方法操作简单、反应快速,对没有装备荧光PCR仪地区的猪瘟诊断防控具有重要意义。

铜绿假单胞菌实时荧光重组酶介导链替换核酸扩增方法建立及应用

目的建立一种快速检测铜绿假单胞菌的实时荧光重组酶介导链替换核酸扩增(real-time RAA)方法。方法基于铜绿假单胞菌ecfX基因设计特异性引物和exo探针,通过灵敏性、特异性和疑似菌株检测评估所建立方法的有效性。结果Real-time RAA方法在39℃等温条件下反应20 min即可实现对铜绿假单胞菌的有效检测;特异性强,仅对铜绿假单胞菌出现特异性扩增;灵敏性高,对铜绿假单胞菌基因组DNA的检出限为3.0×10^3 fg/反应,对纯培养铜绿假单胞菌的检出限为1.0×10^3 CFU/反应。应用所建立的real-time RAA方法对分离的36株疑似铜绿假单胞菌进行检测,结果均为铜绿假单胞菌,同VITEK 2 Compact生化鉴定方法和real-time PCR方法结果一致。结论本试验所建立的real-time RAA方法反应快速、操作简单、可靠性高,可用于不同来源的铜绿假单胞菌的快速检测和鉴定。

胞内劳森菌实时荧光RPA方法的建立及初步应用

本研究基于胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis)16S rRNA基因保守序列,设计特异性引物和exo探针,建立了一种能够快速检测胞内劳森菌的实时荧光重组酶聚合酶扩增方法(real-time RPA)。进一步对real-time RPA方法的特异性和灵敏性进行了分析,对临床疑似病例的猪粪便和回肠样品进行了检测,并同real-time LAMP和real-time PCR检测结果进行了比较。结果表明,该方法能够在39℃等温条件下,20 min内实现对胞内劳森菌的有效检测;所建立的方法特异性强,仅对L.intracellularis产生特异性扩增,对其他常见引起猪腹泻的病原均无扩增;灵敏性高,以L.intracellularis基因组DNA为模板,检出限为1.4×10^2fg/μL;在60份临床样品中,该方法对L.intracellularis的检出率为66.7%(40/60),同real-time LAMP和real-time PCR方法一致。本研究所建立的real-time RPA方法反应快速、特异性强、灵敏性高,可用于猪场胞内劳森菌的快速检测。

单核细胞增生李斯特氏菌实时荧光RPA检测方法的建立及应用

本研究旨在建立一种快速检测单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,LM)的实时荧光重组酶聚合酶扩增(real-time RPA)方法。基于LMhly A基因保守序列,设计合成特异性RPA引物和exo探针,所建立的LM real-time RPA方法能够在37℃等温条件下20 min内完成扩增。该方法仅对LM基因组DNA为阳性扩增,对其它20种致病菌基因组DNA的扩增均为阴性;以LM纯培养菌液的基因组DNA进行10倍列梯度稀释,并以之作为模板,其灵敏性可达到5×10-1 pg,与实验室已建立的real-time PCR方法一致。人工污染实验中,对于LM接菌量为3 CFU/25 g的羊肉和生菜样品,增菌14 h即可通过建立的real-time RPA方法检出,与传统培养方法和real-time PCR检测结果均一致,但是前者所需时间明显少于后者。本文建立的LM real-time RPA方法特异性强,灵敏性高,操作简单,反应迅速,并能够摆脱对价格昂贵的荧光PCR仪和专业实验室的需求,可应用于食品突发事件中LM的现场快速检测,对保障我国食品安全具有重要意义。