河北省散发腹泻病例诺如病毒基因特征分析

目的了解河北省散发腹泻病例诺如病毒的分子特征。方法收集2015年9月至2016年12月,河北省6市哨点医院散发腹泻病例粪便标本,用实时荧光反转录聚合酶链式反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法检测标本中的诺如病毒。阳性标本进行基因片段扩增,并测序进行序列比对,确定基因型。对测序所得序列与基因库中诺如病毒参考序列进行同源比对,并做进化树分析。结果共采集腹泻便样本1240份,检出诺如病毒阳性样本58份,其中GI型5份,GII型53份。对诺如病毒阳性样品RNA进行测序,得到21条主要衣壳蛋白(VP1)区序列和17条RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA-polymerase,RdRP)区序列。经过与GenBank中诺如病毒参考序列比对,得到VP1区5种基因型,GII.4型最多(10/21),其次为GII.17型(4/21),其他还有GII.2型(3/21)、GII.3型(3/21)和GII.6型(1/21)。RdRP区有2种基因型,分别为GII.P17型(4/17)和GII.Pe型(13/17)。结论河北省感染诺如病毒散发腹泻病例以GII.4型和GII.17型为主,其他型别也有检出,需要进一步加强监测,及时发现新型毒株。

2017年中国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征

目的分析我国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征。方法将2017年食品安全风险监测即食食品中分离的单核细胞增生李斯特菌作为研究菌株,共239株,分离自27个省份。对菌株进行全基因组测序,分析其谱系、克隆群(CC)、序列分型(ST)和血清群;通过VFDB和BIGSdb‐Lm数据库获得其毒力基因分布;采用微量肉汤稀释法检测菌株对8种抗生素的敏感性;采用核心基因组多位点序列分型方法(cgMLST)进行分子分型。结果实验菌株分属在3个谱系,以谱系Ⅱ为主,共155株(64.9%);血清群以Ⅱa为主,共133株(55.6%);分为23个CC型,以及1个未分CC型的ST619,其中CC8、CC101和CC87为优势CC型,共占49.4%(118株);仅4.6%(11株)的菌株携带耐药基因,主要为甲氧苄啶耐药基因(7株,2.9%)。所有菌株均携带单核细胞增生李斯特菌毒力岛(LIPI)1,携带LIPI‐3和LIPI‐4的菌株分别占13.8%(33株)和14.2%(34株),ST619同时携带LIPI‐3和LIPI‐4。51.5%(123株)的菌株携带应激生存岛(SSI)1,10株CC121菌株均携带SSI‐2。核心基因组多位点序列分型方法能将不同谱系、血清群和CC型的菌株明显分开,共分为24个亚群,与CC型基本保持一致。结论我国即食食品中菌株以Ⅱa型血清群为主,CC8、CC101和CC87为优势CC型,其中,CC87为流行性高毒菌株。基于全基因组测序的分型方法cgMLST分辨力高,可用于我国食源性疾病的监测和暴发识别。

2013年中国五省牛源金黄色葡萄球菌的耐药谱分布及基因分型

目的 调查2013年中国5个省牛源金黄色葡萄球菌的耐药谱分布,并了解其基因分型情况.方法 于2013年从我国5个省的15个牛群（包括12家规模化养殖场和3家养殖合作社）,采集泌乳牛乳头涂抹样品、榨乳杯内衬涂抹样品、隐性乳房炎患牛患病乳区牛奶样品共计680份,应用微量肉汤稀释法检测分离株对10种抗生素的耐药分布;运用PFGE方法对分离株进行基因分型.结果 共分离出111株金黄色葡萄球菌,分离株对7种受试抗生素耐药：青霉素[90.1％（100/111）]红霉素[48.6％ （54/111）],环丙沙星[36.9％ （41/111）],克林霉素[27.9％ （31/111）],庆大霉素[18.9％ （21/111）],氯霉素[9.0％ （10/111）],四环素[7.2％ （8/111）],所有分离株对苯唑西林、万古霉素、复方新诺明均敏感;总体耐药率达92.8％（103/111）,多重耐药率达38.7％ （43/111）;合作社分离株耐药率[100％（48/48）]高于养殖场分离株[87％（55/63）],差异有统计学意义（Х^2=4.80,P＜0.05）;合作社分离株多重耐药率[54％（26/48）]高于养殖场分离株[27％（17/63）],差异有统计学意义（Х^2=8.48,P ＜ 0.05）.111株菌经PFGE方法分成8个型,6个优势型别占据菌株数量的98.2％ （109/111）,分别在2～9个牛群流行,各牛群包含的型别从1～4种不等并倾向于以一种型别为主;牛群内部奶样分离株和涂抹样分离株可归入同一型.菌株耐药谱分布和PFGE分型结果未见相关性.结论 牛源金黄色葡萄球菌分离株耐药严重,尤以合作社分离株为甚,各牛群具有优势基因型别,某些型别可在多个牛群流行.

中国四省份禽肉中耶尔森菌的耐药性及其耐药基因研究

目的 了解我国4省份禽肉中分离小肠结肠炎耶尔森菌、中间型耶尔森菌和弗氏耶尔森菌的耐药特征和耐药基因的携带情况。方法 本研究采用的22株小肠结肠炎耶尔森菌、2株中间型耶尔森菌和1株弗氏耶尔森菌来源于2016年全国污染物监测网，其中1株分离自宁夏回族自治区，3株分离自山东省，16株分离自河北省，5株分离自黑龙江省。采用肉汤稀释法测定25株分离菌对14类25种临床常用抗生素的药物敏感性，将菌株的全基因组序列与抗生素抗性基因数据库（ARDB）比对，对基因组中的耐药基因进行预测。结果 25株耶尔森菌对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸和头孢唑啉全部耐药，其中22株小肠结肠炎耶尔森菌中对头孢西丁、氨苄西林/舒巴坦、呋喃妥因和甲氧苄啶/磺胺甲噁唑的耐药率分别为63.7%（14株）、22.8%（5株）、4.6%和4.6%（1株）。25株菌全部耐3类及以上抗生素（多重耐药株），耐4类及以上抗生素的比例为64.0%（16株），且4株分离自鸡肉的小肠结肠炎耶尔森菌对头孢曲松、环丙沙星出现了中介耐药。25株菌株中有20株携带有相同的6种耐药基因（簇），分别为mdtG、ksgA、bacA、blaA、rosAB和acrB，有5株分离自新鲜鸡肉的小肠结肠炎耶尔森菌还携带有耐药基因dfrA1、catB2和ant3ia。结论 我国部分地区生禽肉中耶尔森菌的耐药性严重，携带有多种耐药基因。