甲状腺乳头状癌潜在关键基因的生物信息学分析

背景与目的甲状腺癌是近年来发病率增长最快的疾病,甲状腺乳头状癌(PTC)是甲状腺癌最多见的一种亚型。目前,亟需寻找与PTC相关的生物标志物分子,以提高预后诊断和提供高效的治疗靶标。方法检索并分析GEO数据库PTC相关的的微阵列数据集(GSE60542,GSE33630和GSE3467),通过GEO数据库的GEO2R工具筛选PTC和正常甲状腺组织的差异表达基因。对差异基因行全基因组的富集分析,这些差异基因蛋白质之间的相互作用通过线上数据库工具分析,通过Cytoscape软件进行可视化处理。通过Cbioportal分析工具评估关键基因对PTC的预后价值并进一步行实验验证。结果共鉴定62个上调和40个下调差异基因,挑选出10个具有高度连通性的关键基因,其中,KIT降低与PTC的预后不良相关(P<0.01)。通过qRT-PCR检测52例PTC组织和癌旁正常组织中KIT的表达,结果显示,KIT在癌组织中表达较癌旁正常组织显著降低(P<0.001),KIT的表达与临床分期(P=0.008)和淋巴结转移明显相关(P=0.023)。结论KIT在PTC组织中表达较正常甲状腺组织降低,其可能是PTC患者预后不良的关键基因,并有望成为PTC的治疗靶标和分子生物学标志物。