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动力蛋白轻链LC8-1型在肺腺癌中的表达、作用机制和临床价值
1
作者
王愿
鲍洁
+4 位作者
郭立娟
张焕
谢炯
邓晔
李义帅
《国际呼吸杂志》
2024年第7期780-791,共12页
目的探讨动力蛋白轻链LC8-1型(DYNLL1)在肺腺癌(LUAD)中的表达、作用机制和临床价值。方法本研究为实验研究。从TCGA数据库中收集539例LUAD组织和59例癌旁正常肺组织的DYNLL1 mRNA测序数据,收集GTEx数据库中的正常肺组织样本增加对照样...
目的探讨动力蛋白轻链LC8-1型(DYNLL1)在肺腺癌(LUAD)中的表达、作用机制和临床价值。方法本研究为实验研究。从TCGA数据库中收集539例LUAD组织和59例癌旁正常肺组织的DYNLL1 mRNA测序数据,收集GTEx数据库中的正常肺组织样本增加对照样本量(共347例正常肺组织)。收集LUAD患者的临床特征包括年龄、性别、吸烟史、TNM分期和临床分期。选取2020年1月至2022年12月于河北省胸科医院行手术切除的40例LUAD患者为研究对象,收集手术过程中切除的LUAD组织和癌旁正常肺组织用于免疫组织化学检测DYNLL1蛋白表达。通过最小P值法确定DYNLL1的高表达组和低表达组。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,分析DYNLL1表达对LUAD患者总生存期(OS)、疾病特异性生存期和无进展生存期的影响。采用单因素和多因素Cox回归分析LUAD患者OS的影响因素。通过GEPIA基因表达谱动态分析数据库获取LUAD中与DYNLL1显著相关的前100个基因的表达情况,并进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析,进一步通过FunRich软件进行功能富集分析。应用TIMER数据库对DYNLL1进行免疫浸润分析和泛癌中的表达分析。通过TCGA数据库中LUAD的表达数据分析DYNLL1表达与甲基转移酶的关系。通过DiseaseMeth version 2.0在线数据库对DYNLL1在LUAD组织中的甲基化水平进行分析。利用MEXPRESS在线数据库分析DYNLL1相关甲基化位点。使用String数据库分析DYNLL1的蛋白质-蛋白质相互作用。结果相比正常组织,DYNLL1 mRNA在多种实体肿瘤组织中均高表达(均P<0.05)。TCGA数据库、TCGA和GTEx数据库中,LUAD组织的DYNLL1 mRNA水平均高于正常肺组织(均P<0.05)。免疫组织化学检测显示,DYNLL1主要定位于细胞质或细胞核。DYNLL1蛋白在LUAD组织中的高表达率高于癌旁正常肺组织[80.0%(32/40)比40.0%(16/40),χ^(2)=13.33,(P<0.001)]。男性、T分期为T2+T3+T4期、N分期为N1+N2+N3期、临床分期为Ⅲ期+Ⅳ期LUAD患者的DYNLL1 mRNA表达水平高于女性、T分期为T1期、N分期为N0期、临床分期为Ⅰ期+Ⅱ期患者(均P<0.01)。DYNLL1高表达组和低表达组的总体生存曲线、疾病特异性生存曲线和无进展生存曲线显示,低表达组的生存状态均优于高表达组(HR分别为1.902、1.863、1.662,均P<0.001)。多因素Cox回归分析显示DYNLL1是LUAD患者OS的影响因素(HR=1.467,95%CI:1.041~2.068,P=0.029)。GO富集分析、KEGG富集分析和FunRich软件功能富集分析显示,DYNLL1可能通过调节细胞周期调控LUAD的发生发展。DYNLL1 mRNA表达与B淋巴细胞(r=-0.261,P<0.001)、CD8^(+)T淋巴细胞(r=0.105,P=0.020)、CD4^(+)T淋巴细胞(r=-0.137,P=0.002)和树突状细胞(r=-0.178,P<0.001)具有相关性,与CD19、CD1C、CD2、CD3E、CD4、CD79A、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQB1、HLA-DRA、ITGAX和NRP1具有相关性。3种甲基转移酶(DNMT1、DNMT3A和DNMT3B)在高表达组和低表达组之间的差异均有统计学意义。LUAD组织中DYNLL1甲基化水平高于正常肺组织(P=0.007)。在DYNLL1的DNA序列中发现了6个甲基化位点。与DYNLL1相互作用的蛋白质包括DYNLRB1、BCL2L11、DYNC1I2、DYNC1I1、WDR34、DYNLT1、DYNC1H1、WDR60、STRN4和MOB4。结论DYNLL1在LUAD组织中高表达,可能通过调节细胞周期、参与免疫细胞浸润过程和甲基化等对LUAD的发生发展产生影响,与患者的不良预后密切相关。
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关键词
肺腺癌
动力蛋白轻链LC8-1型
计算生物学
预后
免疫
甲基化
原文传递
题名
动力蛋白轻链LC8-1型在肺腺癌中的表达、作用机制和临床价值
1
作者
王愿
鲍洁
郭立娟
张焕
谢炯
邓晔
李义帅
机构
河北省胸科医院呼吸内四科
河北省
胸科医院
胸外三
科
河北省
肺病重点实验室
河北省
胸科医院
结核内三
科
出处
《国际呼吸杂志》
2024年第7期780-791,共12页
基金
河北省卫生健康委医学科学研究课题计划(20191008、20220945)
河北省政府资助临床医学优秀人才培养项目(ZF2024177)。
文摘
目的探讨动力蛋白轻链LC8-1型(DYNLL1)在肺腺癌(LUAD)中的表达、作用机制和临床价值。方法本研究为实验研究。从TCGA数据库中收集539例LUAD组织和59例癌旁正常肺组织的DYNLL1 mRNA测序数据,收集GTEx数据库中的正常肺组织样本增加对照样本量(共347例正常肺组织)。收集LUAD患者的临床特征包括年龄、性别、吸烟史、TNM分期和临床分期。选取2020年1月至2022年12月于河北省胸科医院行手术切除的40例LUAD患者为研究对象,收集手术过程中切除的LUAD组织和癌旁正常肺组织用于免疫组织化学检测DYNLL1蛋白表达。通过最小P值法确定DYNLL1的高表达组和低表达组。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,分析DYNLL1表达对LUAD患者总生存期(OS)、疾病特异性生存期和无进展生存期的影响。采用单因素和多因素Cox回归分析LUAD患者OS的影响因素。通过GEPIA基因表达谱动态分析数据库获取LUAD中与DYNLL1显著相关的前100个基因的表达情况,并进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析,进一步通过FunRich软件进行功能富集分析。应用TIMER数据库对DYNLL1进行免疫浸润分析和泛癌中的表达分析。通过TCGA数据库中LUAD的表达数据分析DYNLL1表达与甲基转移酶的关系。通过DiseaseMeth version 2.0在线数据库对DYNLL1在LUAD组织中的甲基化水平进行分析。利用MEXPRESS在线数据库分析DYNLL1相关甲基化位点。使用String数据库分析DYNLL1的蛋白质-蛋白质相互作用。结果相比正常组织,DYNLL1 mRNA在多种实体肿瘤组织中均高表达(均P<0.05)。TCGA数据库、TCGA和GTEx数据库中,LUAD组织的DYNLL1 mRNA水平均高于正常肺组织(均P<0.05)。免疫组织化学检测显示,DYNLL1主要定位于细胞质或细胞核。DYNLL1蛋白在LUAD组织中的高表达率高于癌旁正常肺组织[80.0%(32/40)比40.0%(16/40),χ^(2)=13.33,(P<0.001)]。男性、T分期为T2+T3+T4期、N分期为N1+N2+N3期、临床分期为Ⅲ期+Ⅳ期LUAD患者的DYNLL1 mRNA表达水平高于女性、T分期为T1期、N分期为N0期、临床分期为Ⅰ期+Ⅱ期患者(均P<0.01)。DYNLL1高表达组和低表达组的总体生存曲线、疾病特异性生存曲线和无进展生存曲线显示,低表达组的生存状态均优于高表达组(HR分别为1.902、1.863、1.662,均P<0.001)。多因素Cox回归分析显示DYNLL1是LUAD患者OS的影响因素(HR=1.467,95%CI:1.041~2.068,P=0.029)。GO富集分析、KEGG富集分析和FunRich软件功能富集分析显示,DYNLL1可能通过调节细胞周期调控LUAD的发生发展。DYNLL1 mRNA表达与B淋巴细胞(r=-0.261,P<0.001)、CD8^(+)T淋巴细胞(r=0.105,P=0.020)、CD4^(+)T淋巴细胞(r=-0.137,P=0.002)和树突状细胞(r=-0.178,P<0.001)具有相关性,与CD19、CD1C、CD2、CD3E、CD4、CD79A、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQB1、HLA-DRA、ITGAX和NRP1具有相关性。3种甲基转移酶(DNMT1、DNMT3A和DNMT3B)在高表达组和低表达组之间的差异均有统计学意义。LUAD组织中DYNLL1甲基化水平高于正常肺组织(P=0.007)。在DYNLL1的DNA序列中发现了6个甲基化位点。与DYNLL1相互作用的蛋白质包括DYNLRB1、BCL2L11、DYNC1I2、DYNC1I1、WDR34、DYNLT1、DYNC1H1、WDR60、STRN4和MOB4。结论DYNLL1在LUAD组织中高表达,可能通过调节细胞周期、参与免疫细胞浸润过程和甲基化等对LUAD的发生发展产生影响,与患者的不良预后密切相关。
关键词
肺腺癌
动力蛋白轻链LC8-1型
计算生物学
预后
免疫
甲基化
Keywords
Adenocarcinoma of lung
Dynein light chain LC8-type 1
Computational biology
Prognosis
Immunity
Methylation
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
动力蛋白轻链LC8-1型在肺腺癌中的表达、作用机制和临床价值
王愿
鲍洁
郭立娟
张焕
谢炯
邓晔
李义帅
《国际呼吸杂志》
2024
0
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