目的:利用网络药理学和分子对接技术对四鲜汤治疗急性白血病(AcuteLeukemia,AL)的作用机制进行研究。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCM...目的:利用网络药理学和分子对接技术对四鲜汤治疗急性白血病(AcuteLeukemia,AL)的作用机制进行研究。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN—TCM)和中医药百科全书数据库(Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine,ETCM)检索并获取鲜药复方四鲜汤组方中药(生地、白茅根、小蓟、蒲公英)的化学成分,建立鲜药复方-四鲜汤的天然药物活性化学成分数据集;检索人类基因数据库(Human Gene Data Base,Gencards)、人类疾病相关基因和变异的信息的数据库(Database of Gene-Disease Associations,DisGeNET)、在线生物信息学和化学信息学数据库(Database for Drug and Drug Target Info,DrugBank)、人类疾病数据库(Human Disease Database,MalaCards)以获得AL疾病相关靶点,建立疾病靶点数据库。获取药物以及疾病的交集靶点后,在线画出两者共同靶点venn图;利用String11.5平台构建药物疾病蛋白互作网络;利用cytoscape3.8.2软件构建“药物—疾病—靶点—信号通路”网络,获取相关靶点网络拓扑参数。结果:经TcMSp\BAT-MAN—TcM和ETcM三个数据库检索,获得四鲜汤活性成分30个,相关靶点677个;通过Gencards、DrugBank、MalaCards和DisGeNET四个数据库获得12110个AL疾病潜在靶点;通过R4.2.2平台的ClusterProfiler软件包获得生物功能富集(Gene Ontology,GO)信息条目1011条,其中生物过程(Biological Process,BP)467条,分子功能(Molecular Function,MF)236条,细胞组分(Cellular Component,CC)308条;获得富集的京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes,KEGG)信号通路220条,主要涉及化学致癌受体激活、脂质与动脉粥样硬化、流体剪切力与动脉粥样硬化、前列腺癌、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用等;网络拓扑分析发现,四鲜汤治疗AL疾病作用的主要活性成分有γ-氨基丁酸、腺嘌呤核苷、槲皮素、东莨菪碱和蒲公英萜醇等化合物。结论:四鲜汤治疗AL是一种多成分多靶点多信号通路的共同调节过程,网络药理学为阐明四鲜汤治疗AL的作用机理提供了坚实的研究基础。展开更多
文摘目的:利用网络药理学和分子对接技术对四鲜汤治疗急性白血病(AcuteLeukemia,AL)的作用机制进行研究。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN—TCM)和中医药百科全书数据库(Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine,ETCM)检索并获取鲜药复方四鲜汤组方中药(生地、白茅根、小蓟、蒲公英)的化学成分,建立鲜药复方-四鲜汤的天然药物活性化学成分数据集;检索人类基因数据库(Human Gene Data Base,Gencards)、人类疾病相关基因和变异的信息的数据库(Database of Gene-Disease Associations,DisGeNET)、在线生物信息学和化学信息学数据库(Database for Drug and Drug Target Info,DrugBank)、人类疾病数据库(Human Disease Database,MalaCards)以获得AL疾病相关靶点,建立疾病靶点数据库。获取药物以及疾病的交集靶点后,在线画出两者共同靶点venn图;利用String11.5平台构建药物疾病蛋白互作网络;利用cytoscape3.8.2软件构建“药物—疾病—靶点—信号通路”网络,获取相关靶点网络拓扑参数。结果:经TcMSp\BAT-MAN—TcM和ETcM三个数据库检索,获得四鲜汤活性成分30个,相关靶点677个;通过Gencards、DrugBank、MalaCards和DisGeNET四个数据库获得12110个AL疾病潜在靶点;通过R4.2.2平台的ClusterProfiler软件包获得生物功能富集(Gene Ontology,GO)信息条目1011条,其中生物过程(Biological Process,BP)467条,分子功能(Molecular Function,MF)236条,细胞组分(Cellular Component,CC)308条;获得富集的京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes,KEGG)信号通路220条,主要涉及化学致癌受体激活、脂质与动脉粥样硬化、流体剪切力与动脉粥样硬化、前列腺癌、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用等;网络拓扑分析发现,四鲜汤治疗AL疾病作用的主要活性成分有γ-氨基丁酸、腺嘌呤核苷、槲皮素、东莨菪碱和蒲公英萜醇等化合物。结论:四鲜汤治疗AL是一种多成分多靶点多信号通路的共同调节过程,网络药理学为阐明四鲜汤治疗AL的作用机理提供了坚实的研究基础。
