由美国政府发起的癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用多维数据整合分析方法,将人类几乎所有癌症(包括亚型在内的50多种肿瘤)的基因组变异及基因表达水...由美国政府发起的癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用多维数据整合分析方法,将人类几乎所有癌症(包括亚型在内的50多种肿瘤)的基因组变异及基因表达水平图谱绘制出来,最终将阐明癌症的发生和发展机制,并在此基础上开发新的诊断、分类标准和治疗方法,勾画出新型"防治癌症策略"。文章介绍了TCGA数据库数据产生历程,检测平台和数据类型、水平以及数据下载方法和Barcode定义,重点概述TCGA在各种癌症防治研究中的应用,以期提高人们对癌症发生和发展分子基础的科学认识及增强预防、诊断和治疗癌症的能力。展开更多
〔目的〕通过探究NME基因家族成员表达水平和乳腺癌不同亚型、临床病理特征及预后的关系,以期阐明NME基因家族成员在乳腺癌中的潜在作用。〔方法〕利用Oncomine数据库.Kaplan-Meier plotter数据库、人类蛋白质图谱数据库(The Human Prot...〔目的〕通过探究NME基因家族成员表达水平和乳腺癌不同亚型、临床病理特征及预后的关系,以期阐明NME基因家族成员在乳腺癌中的潜在作用。〔方法〕利用Oncomine数据库.Kaplan-Meier plotter数据库、人类蛋白质图谱数据库(The Human Protein Atlas)分析乳腺癌NME所有家族成员的mRNA、蛋白质表达及其与乳腺癌患者整体生存率的相关性等内容。〔结果〕(1)NME1、NME2、NME3和NME4 mRNA在大多数癌症中显著高表达,而NME5则低表达。NME1、NME2、NME3、NME8、NME9和NME10在乳腺癌中高表达。(2)NME1、NME2低表达和NME3、NME5、NME7高表达乳腺癌患者的整体生存率较好。对于不同亚型乳腺癌患者,不同NME家族成员有不同的预后表现。(3)NME2高表达和NME3、NME5、NME9及NME8低表达分别与不同淋巴结状态和p53状态的乳腺癌患者整体生存率恶化有关。〔结论〕(1)NME1、NME2、NME3、NME5和NME7可以作为乳腺癌的预后生物标志物。(2)NME1、NME3、NME5、NME7和NME9可以作为不同乳腺癌亚型的预后生物标志物,其中NME1低表达和NME5 mRNA水平高表达是Luminal A型乳腺癌良好预后标志物,而NME3、NME5 mRNA水平低表达和NME9 mRNA水平高表达水平高表达对于Basal like型乳腺癌有较好的预后作用,NME7 mRNA水平高表达对于HER2+型乳腺癌有较好的预后作用。(3)NME家族成员在乳腺癌组织中的mRNA表达水平和患者预后、病理分级、淋巴结状态和P53状态相关。展开更多
文摘由美国政府发起的癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用多维数据整合分析方法,将人类几乎所有癌症(包括亚型在内的50多种肿瘤)的基因组变异及基因表达水平图谱绘制出来,最终将阐明癌症的发生和发展机制,并在此基础上开发新的诊断、分类标准和治疗方法,勾画出新型"防治癌症策略"。文章介绍了TCGA数据库数据产生历程,检测平台和数据类型、水平以及数据下载方法和Barcode定义,重点概述TCGA在各种癌症防治研究中的应用,以期提高人们对癌症发生和发展分子基础的科学认识及增强预防、诊断和治疗癌症的能力。