鸡RUNX3基因组织表达及生物信息学分析

为探究Runt相关转录因子3 (Runt-related transcription factors 3,RUNX3)基因潜在功能,本研究利用实时荧光定量技术(Quantitative real-time PCR, qRT-PCR)检测鸡RUNX3基因在心脏、肝脏、脾脏、腿肌和十二指肠组织中的表达,通过生物信息学软件构建RUNX3基因的系统进化树,并对该基因所编码的蛋白质理化性质和结构功能进行分析。结果表明:1)鸡RUNX3基因在脾脏和十二指肠表达量较高,显著高于其他组织(P<0.05)。2)核苷酸序列的系统进化分析表明,鸡RUNX3与火鸡的亲缘关系最近,保守性较高。3)理化性质分析显示,鸡RUNX3基因编码蛋白属于稳定、亲水性蛋白;结构域预测发现,该蛋白不存在跨膜结构,含有2个保守结构域,二级结构和三级结构主要由无规卷曲组成,预测含有58个磷酸化位点,31个丝氨酸位点、23个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点。4)蛋白互作预测发现,RUNX3与SMAD3、CBFB、GATA3、EP300、SMAD2、CTNNB1等蛋白之间有较强互作关系。综上,鸡RUNX3在脾脏和十二指肠中高表达,其核苷酸序列在禽类中具有高度保守性,RUNX3蛋白属于稳定、亲水性的不跨膜蛋白,RUNX3与SMAD3、CBFB、GATA3等蛋白之间有较强互作关系,本研究为进一步探究鸡RUNX3在分子水平的作用机制提供理论依据。