鸭源马尿气球菌的鉴定及全基因组测序分析

为鉴定一株鸭源分离菌,并探究其生物信息学特性,本研究分别通过Pacbio Sequel三代测序技术和Illumina NovaSeq二代测序技术对该株鸭源分离菌进行全基因组测序;基于该分离菌16S rRNA基因序列构建进化树;通过GTDB基于基因组之间的平均核苷酸相似性及采用infer软件构建120个单拷贝基因序列进化树并对其分类;利用NR数据库比对分离菌全基因组蛋白编码基因序列;采用VFDB数据库分析该分离菌相关毒力基因;采用K-B纸片法测定分离菌对21种药物的药敏性试验;采用CARD数据库分析分离菌的耐药基因;利用GO、KEGG、COG数据库对分离菌进行基因功能、信号通路及基因的注释。测序结果显示分离菌由一个环形染色体和一个环形质粒组成,大小分别为2 133 811 bp和37 505 bp,GC含量分别为39.04%和35.03%;通过GTDB分类及NR数据库比对分析显示,该菌为马尿气球菌亚种;VFDB数据库比对发现6种致病毒力基因;药敏试验结果显示分离菌对红霉素、多西环素、庆大霉素、卡那霉素等多种药物耐药,CARD数据库比对发现6种耐药基因;基因功能分析显示,1 277个基因参与25类代谢通路,1 767个基因编码蛋白质,3 304个基因与分子功能相关,1 977个基因与细胞组分相关,4 421个基因与生物学过程相关。本研究对鸭源分离菌进行全基因组测序及基因组结构、功能分析,丰富了鸭源马尿气球菌全基因组数据库资料,完善了该菌的系统进化信息,分析了其毒力因子和相关耐药基因,为后续对该菌株分子生物学特征、致病性和耐药基因筛选提供了基因组信息和基因资源。