鲤RNF2基因的克隆、组织表达与生物信息学分析

以鲤肾脏组织RNA为模板,扩增并克隆鲤环指蛋白2(RING Finger Protein 2,RNF2)基因的CDS区全长,分析其组织表达谱。结果显示,鲤RNF2基因的CDS区序列长1011 bp,编码336个氨基酸;该基因与鲫、斑马鱼、金头鲷、海洋青鳉鱼、鳕鱼、非洲爪蟾、尖尾娇鹟、小鼠、智人的同源性分别为98.2%、93.1%、78.0%、79.2%、79.2%、73.9%、78.1%、72.7%、72.7%;理化性质分析表明,RNF2蛋白分子质量为37.44 kD,理论等电点(pI)为6.28,脂肪系数为74.97%,不稳定指数为36.75,无跨膜结构和信号肽;亚细胞定位预测分析表明,该蛋白定位于细胞核(52.2%)、线粒体(26.1%)、细胞质(17.4%)和过氧化物酶体(4.3%)。蛋白质结构域分析表明该蛋白含RING结构域和RAWUL结构域,且RING结构域与斑马鱼、小鼠和智人完全一致;二级结构和三级结构表明,鲤鱼RNF2蛋白含有α-螺旋(35.12%)、延伸链(8.63%)、β-转角(0.89%)和无规则卷曲(55.36%);泛素化底物预测显示,TP53、IRF4、HIST2H2AC、H3F3B和HIST3H3作为RNF2蛋白的底物具有较高的置信度;实时荧光定量PCR结果显示,鲤RNF2基因在肌肉中表达量最高,其次是头肾和肝脏,在肾脏中表达量最低。这些结果为进一步研究RNF2在鲤鱼抗病毒应答中的作用提供了基础信息。