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基于全局最小残差法快速分析混合STR图谱
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作者 李鑫 范虹 +2 位作者 赵兴春 范晓诺 姚若侠 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期933-944,共12页
在法医DNA分析领域,混合短串联重复序列(short tandem repeats,STR)图谱的分析一直是研究难点。当前,国内主要依靠法医进行人工分析,不仅效率低下,分析结果还存在着主观性偏好,难以满足日益增长的STR图谱分析的需求。本文提出一种新的混... 在法医DNA分析领域,混合短串联重复序列(short tandem repeats,STR)图谱的分析一直是研究难点。当前,国内主要依靠法医进行人工分析,不仅效率低下,分析结果还存在着主观性偏好,难以满足日益增长的STR图谱分析的需求。本文提出一种新的混合STR图谱分析方法——全局最小残差法,不仅可以计算出分析结果,还可以预测出每个组分的混合比例。该方法首先给混合比例赋予了新的定义,然后对等位基因模型进行优化,进而综合考虑STR图谱中的所有基因座,将每个基因座的残差值进行累加求和,选择累加和最小的混合比例作为推断结果,并使用灰狼优化算法快速寻找混合比例的最优值。对于二组分STR图谱,全局最小残差法能够兼顾分析的准确性和分析速度,有利于实现大量的图谱分析。本文提出的算法在实际应用中取得了不错的效果,具有较高的应用价值,可为混合STR图谱分析领域的研究提供新的解决方案。 展开更多
关键词 法医遗传学 混合STR图谱 等位基因模型 灰狼优化算法
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