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百山祖冷杉叶片转录组分析
被引量:
4
1
作者
王光炯
柳新红
+4 位作者
许大明
吴义松
李因刚
于明坚
张丽芳
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期343-354,共12页
【目的】百山祖冷杉(Abies beshanzuensis)是我国大陆东南部唯一的一种冷杉属植物,自然分布于浙江省西南部庆元县境内海拔1750 m左右的狭小避风谷地,现仅存3株,为中国的特有植物。百山祖冷杉是国家一级重点保护野生植物,被认为是第四纪...
【目的】百山祖冷杉(Abies beshanzuensis)是我国大陆东南部唯一的一种冷杉属植物,自然分布于浙江省西南部庆元县境内海拔1750 m左右的狭小避风谷地,现仅存3株,为中国的特有植物。百山祖冷杉是国家一级重点保护野生植物,被认为是第四纪冰川期冷杉从高纬度的北方向南方迁移的结果,对研究植物区系演变和气候变迁等具有重要科学价值。在百山祖冷杉发现近60年来,针对其所在植物群落的基本特征、生境特征对植物的影响、物种之间的竞争,人工繁殖(扦插、育苗、子代鉴定)、物种鉴定、生境特征对植物的影响、育苗和保护以及植物生长与环境的关系等诸多方面开展了大量的研究,但对百山祖冷杉环境胁迫方面的研究鲜有报道。为了深入了解百山祖冷杉基因信息及功能,逆境胁迫相关通路及关键代谢物,开发微卫星分子标记,采用新一代高通量测序技术平台Illumina Hiseq 2000对百山祖冷杉转录组信息进行分析。【方法】转录组是特定细胞或组织在特定时间或状态下转录出来的所有RNA的集合。通过对转录组的研究可以揭示生物体的基因表达、研究结构变异及发现新基因等。转录组分析的研究方法、研究平台发生着日新月异的变化,同时生物信息学分析的内容也在逐渐完善。RNA-Seq作为一种新的转录组研究手段,利用新一代测序技术能够更为快速、准确地为人们提供更多的生物体转录信息。通过高通量测序平台Illumina Hiseq对百山祖冷杉进行转录组测序,利用Trinity软件对所得到的数据组装形成转录本、对所有转录本进行功能注释,并对SSR位点进行开发。【结果】经测序和分析,共获得7.02 Gb Clean Data,组装得到73103条转录本序列和41228条Unigene。将所得的数据与7大公共数据库进行比对,有27738条Unigene获得注释,占所有Unigene的67.28%。其中注释到Nr数据库的数量最多为27418,在GO数据库得到注释的Unigene有16020条,在KEGG数据库中涉及126条代谢途径。此外通过SSR分析,共得到1794个SSR位点,获得100条SSR引物。【结论】这些转录组测序数据分析扩充了百山祖冷杉的基因资源,将为其遗传背景、基因功能提供基础数据,有助于百山祖冷杉基因的发掘与利用、高效分子遗传标记开发、百山祖冷杉遗传多样性研究及其母树与子代亲缘关系分析,为百山祖冷杉的就地保护和迁地保护措施提供参考依据。这些潜在的多态性SSR的开发为百山祖冷杉遗传多样性分析、图谱构建提供了丰富的候选分子标记。研究进一步完善了百山祖冷杉的基因信息,为百山祖冷杉逆境胁迫研究提供依据。
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关键词
百山祖冷杉
高通量测序
转录组
基因注释
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职称材料
奇妙的人体 美妙的营养(上)
2
作者
宗音
张爱珍
《生活与健康》
2009年第1期6-9,共4页
人体由许多器官构成,按照器官的不同功能,可将它们分为:运动系统、消化系统、呼吸系统、泌尿系统、生殖系统、心血管系统、淋巴系统、神经系统、内分泌系统、感觉器系统。
关键词
营养
运动系统
心血管系统
内分泌系统
消化系统
呼吸系统
泌尿系统
生殖系统
原文传递
题名
百山祖冷杉叶片转录组分析
被引量:
4
1
作者
王光炯
柳新红
许大明
吴义松
李因刚
于明坚
张丽芳
机构
浙江
省林业
科学
研究院
浙江
农林
大学
林业与生物技术
学院
浙江
凤阳山百山祖国家级自然保护区管理局百山祖管理处
浙江大学生命与科学学院
出处
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期343-354,共12页
基金
国家自然科学基金项目(31870401)。
文摘
【目的】百山祖冷杉(Abies beshanzuensis)是我国大陆东南部唯一的一种冷杉属植物,自然分布于浙江省西南部庆元县境内海拔1750 m左右的狭小避风谷地,现仅存3株,为中国的特有植物。百山祖冷杉是国家一级重点保护野生植物,被认为是第四纪冰川期冷杉从高纬度的北方向南方迁移的结果,对研究植物区系演变和气候变迁等具有重要科学价值。在百山祖冷杉发现近60年来,针对其所在植物群落的基本特征、生境特征对植物的影响、物种之间的竞争,人工繁殖(扦插、育苗、子代鉴定)、物种鉴定、生境特征对植物的影响、育苗和保护以及植物生长与环境的关系等诸多方面开展了大量的研究,但对百山祖冷杉环境胁迫方面的研究鲜有报道。为了深入了解百山祖冷杉基因信息及功能,逆境胁迫相关通路及关键代谢物,开发微卫星分子标记,采用新一代高通量测序技术平台Illumina Hiseq 2000对百山祖冷杉转录组信息进行分析。【方法】转录组是特定细胞或组织在特定时间或状态下转录出来的所有RNA的集合。通过对转录组的研究可以揭示生物体的基因表达、研究结构变异及发现新基因等。转录组分析的研究方法、研究平台发生着日新月异的变化,同时生物信息学分析的内容也在逐渐完善。RNA-Seq作为一种新的转录组研究手段,利用新一代测序技术能够更为快速、准确地为人们提供更多的生物体转录信息。通过高通量测序平台Illumina Hiseq对百山祖冷杉进行转录组测序,利用Trinity软件对所得到的数据组装形成转录本、对所有转录本进行功能注释,并对SSR位点进行开发。【结果】经测序和分析,共获得7.02 Gb Clean Data,组装得到73103条转录本序列和41228条Unigene。将所得的数据与7大公共数据库进行比对,有27738条Unigene获得注释,占所有Unigene的67.28%。其中注释到Nr数据库的数量最多为27418,在GO数据库得到注释的Unigene有16020条,在KEGG数据库中涉及126条代谢途径。此外通过SSR分析,共得到1794个SSR位点,获得100条SSR引物。【结论】这些转录组测序数据分析扩充了百山祖冷杉的基因资源,将为其遗传背景、基因功能提供基础数据,有助于百山祖冷杉基因的发掘与利用、高效分子遗传标记开发、百山祖冷杉遗传多样性研究及其母树与子代亲缘关系分析,为百山祖冷杉的就地保护和迁地保护措施提供参考依据。这些潜在的多态性SSR的开发为百山祖冷杉遗传多样性分析、图谱构建提供了丰富的候选分子标记。研究进一步完善了百山祖冷杉的基因信息,为百山祖冷杉逆境胁迫研究提供依据。
关键词
百山祖冷杉
高通量测序
转录组
基因注释
Keywords
Abies beshanzuensis
high throughput sequencing
transcriptome
gene annotation
分类号
Q754 [生物学—分子生物学]
S791.14 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
奇妙的人体 美妙的营养(上)
2
作者
宗音
张爱珍
机构
浙江大学生命与科学学院
出处
《生活与健康》
2009年第1期6-9,共4页
文摘
人体由许多器官构成,按照器官的不同功能,可将它们分为:运动系统、消化系统、呼吸系统、泌尿系统、生殖系统、心血管系统、淋巴系统、神经系统、内分泌系统、感觉器系统。
关键词
营养
运动系统
心血管系统
内分泌系统
消化系统
呼吸系统
泌尿系统
生殖系统
分类号
R153.2 [医药卫生—营养与食品卫生学]
R455 [医药卫生—运动医学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
百山祖冷杉叶片转录组分析
王光炯
柳新红
许大明
吴义松
李因刚
于明坚
张丽芳
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
下载PDF
职称材料
2
奇妙的人体 美妙的营养(上)
宗音
张爱珍
《生活与健康》
2009
0
原文传递
已选择
0
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引证文献
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