第二代测序技术用于水稻和稻瘟菌互作早期转录组的分析

稻瘟菌为了实现对水稻的有效侵染,在侵染水稻时可能通过表达和转运一定数量的效应蛋白进入到水稻细胞,抑制和干扰水稻的先天免疫机制。文章利用Solexa第二代测序技术,通过开展水稻和稻瘟菌互作早期转录组的测定和分析,克隆和鉴定在互作早期表达的稻瘟菌效应蛋白基因。利用序列同源比对,我们从总计约12.5 M条序列标签中,分离和鉴定了338 942条来源于稻瘟菌的序列,并最终定位到779个稻瘟菌预测基因。其中108个基因很可能参与了水稻和稻瘟菌互作过程,42个基因为预测的分泌蛋白基因。通过RT-PCR分析,最终确认了42个预测分泌蛋白基因中有12个基因在侵染水稻早期有显著的表达,而其中有4个基因表现为侵染早期特异表达。文章尝试利用第二代测序技术实现稻瘟菌侵染早期特异表达基因,尤其是分泌蛋白基因的快速克隆和鉴定,为稻瘟菌效应蛋白基因的克隆和功能鉴定提供了较为有意义的探索。

稻瘟病菌中侵染初期特异表达的转录因子筛选

稻瘟病是威胁水稻产量的重要病害,弄清楚稻瘟病菌与水稻的互作对于防控稻瘟病具有重要的意义。转录因子是调控基因表达的重要因子,对于调控稻瘟病菌的生长发育和致病性具有重要作用。为了寻找在稻瘟病菌侵染初期特异表达的转录因子,我们首先从稻瘟病菌数据库中找到486个假定的转录因子,然后通过RT-PCR方法筛选出30个在侵染时期特异表达的转录因子。这些转录因子根据结构域的不同可以分为10种类型。具体来讲,9个属于Zn2Cys6类转录因子,4个属于C2H2 zinc finger类转录因子,6个属于HMG类转录因子,携带Transcription factor jumonji和Nucleic acid-binding,OB-fold结构域的转录因子分别含有3个,而携带Winged helix repressor DNA-binding结构域、ss DNA-binding transcriptional regulator结构域、Homeodomain-like结构域、zinc finger MIZ-type结构域和zinc finger DHHC-type结构域的转录因子分别含有1个。