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基于de novo高通量测序的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)ESTs中微卫星位点筛选与特征分析
被引量:
10
1
作者
吕振明
侯龙
+5 位作者
龚理
刘立芹
陈永久
郭宝英
董迎辉
吴常文
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期877-883,共7页
对均一化转录组测序获得的47604个曼氏无针乌贼的微卫星序列进行分析,结果表明,乌贼转录组中微卫星位点丰富,每1402nt的EST中就有一段不小于12nt长度的微卫星序列。单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(38.69%),其次依次为三碱基(31.1...
对均一化转录组测序获得的47604个曼氏无针乌贼的微卫星序列进行分析,结果表明,乌贼转录组中微卫星位点丰富,每1402nt的EST中就有一段不小于12nt长度的微卫星序列。单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(38.69%),其次依次为三碱基(31.14%)、二碱基(26.35%)、四碱基(3.29%)、五碱基(0.38%)、六碱基(0.14%)重复,短序列类型占微卫星总量的96.18%。同碱基类型的微卫星序列组成又存在差异,AC(54.51%)和AG(31.22%)是最常见的二碱基重复序列;而AGC(16.37%)和AAC(14.06%)是最常见的三碱基重复序列。通过引物设计和体系优化,共筛选到了24对多态性微卫星位点,对来自福建漳州海域的35只野生曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)个体进行群体遗传学检测,结果表明,每个位点检测到的等位基因数3—10个不等(均值5.9个);平均杂合度观测值(Ho)和期望值(H_e)分别为0.518和0.681。除2个位点外所有位点的多态信息含量(PIC)都大于0.5。Hardy-Weinberg平衡检测表明,仅4个位点有显著偏离(P<0.05),未检测到连锁不平衡现象。这表明转录组高通量测序技术适于乌贼微卫星位点的开发,获得的SSR标记可用于今后乌贼资源遗传评估和科学有效管理过程。
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关键词
曼氏无针乌贼
转录组
EST序列
微卫星
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职称材料
大黄鱼(Pseudosciaena crocea)leptin和cholecystokinin基因的克隆和表达特性研究
被引量:
1
2
作者
刘立芹
王茂廷
+5 位作者
崔文涛
刘婉
吕振明
龚理
杨静文
董迎辉
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第5期1071-1083,共13页
本文克隆了两种大黄鱼(Pseudosciaena crocea)摄食调控因子胆囊收缩素(CCK)、瘦素(LEP)基因的全长序列,并对其表达特性进行了研究。结果表明,克隆得到CCK基因属硬骨鱼类的CCK1亚家族,全长900nt,编码137个氨基酸,与其他鱼类的CCK1相比序...
本文克隆了两种大黄鱼(Pseudosciaena crocea)摄食调控因子胆囊收缩素(CCK)、瘦素(LEP)基因的全长序列,并对其表达特性进行了研究。结果表明,克隆得到CCK基因属硬骨鱼类的CCK1亚家族,全长900nt,编码137个氨基酸,与其他鱼类的CCK1相比序列组成非常保守,特别是在20氨基酸的信号肽和8个氨基酸的CCK-8活性结构区域;而克隆得到LEP基因属硬骨鱼类的LEPA亚家族,全长1290nt,编码161个氨基酸,与其他鱼类LEP相比基因同源性较差,但在3D结构上却保留了LEP经典的4个α螺旋特征。两种因子在所检测的所有组织中均有表达,但尤以脑、胃、肠消化道、肝脏等摄食及能量平衡相关组织中表达活性最高。8天的饥饿能使大黄鱼脑、消化道组织的CCK和肝脏、脂肪组织中的LEP表达显著降低(P<0.05)。该结果说明CCK和LEP可能在大黄鱼的摄食生理和能量平衡中起着重要的调控作用;本研究将为深入了解鱼类食欲调控的神经内分泌机理提供基础。
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关键词
大黄鱼
瘦素
胆囊收缩素
基因克隆
表达
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职称材料
题名
基于de novo高通量测序的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)ESTs中微卫星位点筛选与特征分析
被引量:
10
1
作者
吕振明
侯龙
龚理
刘立芹
陈永久
郭宝英
董迎辉
吴常文
机构
浙江海洋大学海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室
浙江
万里学院
浙江
省水产
种质
资源
高效
利用
技术研究重点
实验室
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期877-883,共7页
基金
国家自然科学基金项目
41406138号
+3 种基金
浙江省自然科学基金项目
LY130190001号
浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室开放课题
KF201-6008号
文摘
对均一化转录组测序获得的47604个曼氏无针乌贼的微卫星序列进行分析,结果表明,乌贼转录组中微卫星位点丰富,每1402nt的EST中就有一段不小于12nt长度的微卫星序列。单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(38.69%),其次依次为三碱基(31.14%)、二碱基(26.35%)、四碱基(3.29%)、五碱基(0.38%)、六碱基(0.14%)重复,短序列类型占微卫星总量的96.18%。同碱基类型的微卫星序列组成又存在差异,AC(54.51%)和AG(31.22%)是最常见的二碱基重复序列;而AGC(16.37%)和AAC(14.06%)是最常见的三碱基重复序列。通过引物设计和体系优化,共筛选到了24对多态性微卫星位点,对来自福建漳州海域的35只野生曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)个体进行群体遗传学检测,结果表明,每个位点检测到的等位基因数3—10个不等(均值5.9个);平均杂合度观测值(Ho)和期望值(H_e)分别为0.518和0.681。除2个位点外所有位点的多态信息含量(PIC)都大于0.5。Hardy-Weinberg平衡检测表明,仅4个位点有显著偏离(P<0.05),未检测到连锁不平衡现象。这表明转录组高通量测序技术适于乌贼微卫星位点的开发,获得的SSR标记可用于今后乌贼资源遗传评估和科学有效管理过程。
关键词
曼氏无针乌贼
转录组
EST序列
微卫星
Keywords
Sepiella japonica
transcriptome
EST sequence
microsatellites
分类号
Q789 [生物学—分子生物学]
S931 [农业科学—渔业资源]
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职称材料
题名
大黄鱼(Pseudosciaena crocea)leptin和cholecystokinin基因的克隆和表达特性研究
被引量:
1
2
作者
刘立芹
王茂廷
崔文涛
刘婉
吕振明
龚理
杨静文
董迎辉
机构
浙江海洋大学海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室
浙江
万里学院
浙江
省水产
种质
资源
高效
利用
技术研究重点
实验室
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第5期1071-1083,共13页
基金
国家自然科学基金项目
41606150号
+1 种基金
浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室开放课题
KL2015-2号
文摘
本文克隆了两种大黄鱼(Pseudosciaena crocea)摄食调控因子胆囊收缩素(CCK)、瘦素(LEP)基因的全长序列,并对其表达特性进行了研究。结果表明,克隆得到CCK基因属硬骨鱼类的CCK1亚家族,全长900nt,编码137个氨基酸,与其他鱼类的CCK1相比序列组成非常保守,特别是在20氨基酸的信号肽和8个氨基酸的CCK-8活性结构区域;而克隆得到LEP基因属硬骨鱼类的LEPA亚家族,全长1290nt,编码161个氨基酸,与其他鱼类LEP相比基因同源性较差,但在3D结构上却保留了LEP经典的4个α螺旋特征。两种因子在所检测的所有组织中均有表达,但尤以脑、胃、肠消化道、肝脏等摄食及能量平衡相关组织中表达活性最高。8天的饥饿能使大黄鱼脑、消化道组织的CCK和肝脏、脂肪组织中的LEP表达显著降低(P<0.05)。该结果说明CCK和LEP可能在大黄鱼的摄食生理和能量平衡中起着重要的调控作用;本研究将为深入了解鱼类食欲调控的神经内分泌机理提供基础。
关键词
大黄鱼
瘦素
胆囊收缩素
基因克隆
表达
Keywords
large yellow croaker Pseudosciaena crocea
leptin
cholecystokinin
gene cloning
expressionprofile
分类号
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于de novo高通量测序的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)ESTs中微卫星位点筛选与特征分析
吕振明
侯龙
龚理
刘立芹
陈永久
郭宝英
董迎辉
吴常文
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2017
10
下载PDF
职称材料
2
大黄鱼(Pseudosciaena crocea)leptin和cholecystokinin基因的克隆和表达特性研究
刘立芹
王茂廷
崔文涛
刘婉
吕振明
龚理
杨静文
董迎辉
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2017
1
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职称材料
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