不同引物扩增对东海陆架沉积物真核微型生物多样性的影响

采用三对通用引物(ITS1/ITS4,EF3/EF4,NS1/NS4)检测其对东海陆架DH-13站点表层沉积物真核微型生物的扩增特异性和多样性差异。对323个有效克隆子进行OTU分型和多样性分析,结果表明,NS1/NS4引物扩增所获得的文库多样性最高,EF3/EF4其次,ITS1/ITS4最后。通过NCBI比对和分类学研究,发现优势种群主要为原生生物界,包括丝足虫门(Cercozoa,占所有OTU的36.4%)、横裂甲藻纲(Dinophyceae,占14.2%)、不等鞭毛门(Stramenopiles,占7.4%)和纤毛虫门(Ciliophora,占6.3%);另含部分真菌界如子囊菌门(Ascomycota,占7.4%)和壶菌门(Chytridiomycota,占6.3%)。原生生物方面,NS1/NS4引物表现的多样性最高,适合于扩增丝足虫门、横裂甲藻纲和不等鞭毛门,并扩增到独有的眼虫门(Euglenozoa)、隐藻门(Cryptophyta)和顶复门(Apicomplexa);ITS1/ITS4适合于扩增甲藻和纤毛虫门;EF3/EF4则适合于丝足虫门。真菌方面,ITS1/ITS4适合于扩增子囊菌门;EF3/EF4适合于子囊菌门和壶菌门,而NS1/NS4适合于壶菌门。系统发育分析表明,三对引物的原生生物系统树中的相似序列多来自海洋环境样品,真菌序列则分别来自陆地土壤真菌和海洋真菌,说明三对引物更适合于海洋沉积环境微型原生生物的分子生态分析。

东海陆架表层沉积物细菌群落结构及地理分布研究

本研究通过构建16S r DNA克隆文库,对东海陆架五个站点的沉积物样品进行群落结构及地理分布研究。结果表明:东海陆架沉积物细菌分属于13个类群,包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、硝化螺旋菌门(Nitrospira)、WS3、拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、OP8、浮霉菌门(Planctomycetacia)、疣微菌门(Verrucomicrobiae)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),其中变形菌门(γ-变形菌纲、δ-变形菌纲)和绿弯菌门为优势菌群,Latescibacteria(WS3)、疣微菌门和芽单胞菌门分别是站点DH6、DH21和DH9的特有类群。五个站点细菌多样性从高到低排序依次为DH9>DH21>DH17>DH6>DH16,其群落结构和丰度与各站点不同沉积环境类型有关。

长江口及邻近海域表层海水细菌多样性及群落结构

从长江口及邻近海域10个站点采集表层海水,通过DAPI染色计数和克隆文库构建的方法,对细菌的多样性及群落结构进行初步研究。DAPI染色计数结果显示长江口及邻近海域表层海水中细菌丰度总体较高,生物量变化较大,从1.16×10^5（A04站点）到1.48×10^6 cells/m L（B03站点）;总体趋势从长江口向外海增加。细菌克隆文库的系统发育分析表明：细菌序列以变形菌门为主（占总文库的60.61%）,其中α-变形菌纲是绝对优势类群（50.62%）;其次是拟杆菌门（15.18%）、放线菌门（14.79%）和蓝细菌门（4.61%）,还有少量厚壁菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、浮霉菌门、纤维杆菌门、疣微菌门等;另外柔膜菌门和SAR类群也有发现。文库多样性分析结果显示长江口及邻近海域部分站点表层海水中细菌多样性显著,与研究区海域水产养殖活动有关,并受到区域洋流和海洋化学环境（如低氧带）的影响。

椒江口沉积物中细菌多样性初步研究

通过常规分离纯化、鉴定和构建细菌克隆文库的方法,研究椒江口三个站点沉积物中细菌的多样性,并对其进行系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示杀鲑气单胞菌是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明γ-变形菌纲和厚壁菌门为主要类群。未培养细菌克隆文库的序列分析结果表明:细菌主要包括变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB群、放线菌门、厚壁菌门等8个类群;其中C0站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及绿弯菌门;C1站点克隆子以α-变形菌纲及γ-变形菌纲为主;C2站点克隆子主要属于放线菌门及α-变形菌纲。综合可培养及未培养结果,可发现椒江口沉积物中γ-变形菌纲为典型优势类群,且相当数量的克隆子其且相当数量克隆子的相似序列来自重金属或石油烃污染的沉积环境。

椒江口化工园区邻近海域沉积物中细菌多样性初步研究

为研究椒江化工园区邻近海域沉积物中细菌结构,选取四个典型站点,通过分离纯化、鉴定和建立克隆文库的方法,对其进行多样性及系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示洋葱假单胞菌及杀鲑气单胞菌杀鲑亚种是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明厚壁菌门及γ-变形菌纲为主要类群。非培养细菌克隆文库的序列分析结果表明:细菌主要包括变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB群、放线菌门、厚壁菌门、浮霉菌门等9个类群;其中C3站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及δ-变形菌纲;C4站点克隆子以γ-变形菌纲及酸杆菌门为主;C5站点克隆子主要属于δ-变形菌纲及γ-变形菌纲;C6站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及放线菌门。综合可培养及非培养结果,可发现椒江口化工园区邻近海域沉积物中γ-变形菌纲为典型优势类群,除相当数量的克隆子相似序列来自石油烃污染的沉积环境外,还有大量克隆子相似序列来自养殖污染环境。