宁波市肠道病毒71型分离株基因组特征研究

目的:了解2010年宁波市分离的肠道病毒71型的遗传进化来源。方法:设计八对引物用RT-PCR扩增、拼接得到EV71基因组序列,利用DNA-STAR对结构蛋白VP1-VP4和三个前体蛋白P1、P2及P3进行遗传进化分析。结果:宁波株NB10基因组核苷酸序列长度为7406 bp,与北京08年分离株FJ606448基因组间的同源性最高(高达99%),两者结构蛋白氨基酸序列完全相同。NB10与C4亚型的其他参考株,如:安徽株(GQ994988 FY08)、深圳株(FJ607337.1SHEZH08)、等核苷酸同源性均大于98%,而与标准株(BrCr)和(MS-7423-87)的核苷酸的进化关系较远,在P1、P2、P3区,NB10与C4亚型各代表株的同源性均为94%以上;而与北京09株(FJ606450.1)在P3区的核苷酸序列和推导的氨基酸序列之间同源性均较低,分别为87.9%和96.7%。结论:宁波株NB10与中国大陆北京、阜阳、深圳等毒株亲缘关系较近,而与北京株(FJ606450.1)有较大的差异,可能为不同的进化来源。

2003-2009年宁波市乙型流感病毒监测与HA_1序列分析

目的分析近年来宁波市乙型流行性感冒(流感),两大谱系毒株流行情况和病毒血凝素基因特性。方法用犬肾传代细胞(MDCK)分离流感病毒,对2003-2009年分离的乙型流感病毒按不同的谱系选择每年的代表株,经聚合酶链反应扩增目的基因后进行乙型流感病毒的血凝素基因HA1区域(HA1)核苷酸序列测定。结果乙型流感两大谱系的病毒在宁波市几乎每年均有出现,相互交替成为优势株。其中Yamagata系在2004及2007年相对占优势,而Victoria系在2006年3月及2009年6月2次出现了流行高峰。HA1序列测定结果Yamagata系毒株在2003、2007年HA1区出现2次出现明显的氨基酸替换,Victoria系在2005年底及2009年初发生2次明显氨基酸替换。结论2003-2009年乙型流感的两大谱系病毒的HA1序列均存在较大差异,本市2004及2007年Yamagata系2次在乙型流感中相对占优势和2006及2009年Victoria系出现的2次乙型流感流行高峰均与病毒HA1区的氨基酸替换有关。