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线粒体DNA 3243A→G异质水平定量检测方法的建立及应用
被引量:
3
1
作者
张小勤
陈琳
+5 位作者
杨宇
郑超
颜景斌
路兆宁
吕建新
李伟
《中华医学遗传学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期438-443,共6页
目的针对线粒体糖尿病致病位点mtDNA 3243A→G异质性突变,建立一种快速简便、低成本,但相对准确、敏感的定量检测方法,为不同条件下选择最佳检测方案提供参考。方法收集浙江省温州市一个母系遗传性线粒体糖尿病伴耳聋家系(maternall...
目的针对线粒体糖尿病致病位点mtDNA 3243A→G异质性突变,建立一种快速简便、低成本,但相对准确、敏感的定量检测方法,为不同条件下选择最佳检测方案提供参考。方法收集浙江省温州市一个母系遗传性线粒体糖尿病伴耳聋家系(maternally inherited diabetes and deafness MIDD)共17人,提取外周血全基因组DNA,同时分别应用PCR-限制性片段长度多态性技术(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism PCR-RLFP)、实时荧光定量PCR结合突变阻滞形成系统(realtime-amplification refractory mutation system-quantitative PCR,RT-ARMS-qPCR)和焦磷酸测序技术检测mtDNA A3243G突变的异质水平;并以0~100%不同比例A3243G突变负荷的11个标准品为对照,3种方法同时分别检测,根据实际检测值与预期检测值的相关程度,对这三种检测方法做出可靠性比较分析。结果PCR-RFLP、RTARMS-qPCR和焦磷酸测序技术对A3243G定量标准品的检测结果中,PCR-RFLP相对定量分析结果与预期值之间呈直线相关,决定系数R2=0.828;RT-ARMS-qPCR检测11个标准对照的突变负荷结果与预期值之间呈直线相关,决定系数R2=0.998;焦磷酸测序技术检测结果与预期值之间呈直线相关,决定系数R2=0.997。定量检测A3243G异质水平结果PCR-RFLP介于10%~60%,RTARMS-qPCR为0到100%,焦磷酸测序技术为1%到95%;RTARMS-qPCR和焦磷酸测序技术的检测结果均接近预期值;针对MIDD家系17位成员的检测中A3243G突变携带者有13例,非A3243G突变携带者有4份,这三种方法定性检测结果一致。RT-ARMS-qPCR和焦磷酸测序技术两种方法定量检测结果差异无统计学意义(t=1.140,P〉0.05)。结论针对mtDNA 3243A→G异质性突变的定量检测方法,PCR-RFLP不适合定量检测,但可作为一种临床检测方法用于人群初步筛查。对于低异质水平的A3243G突变可用RT ARMS-qPCR和焦磷酸测序技术两种方法检测,但RT ARMS-qPCR相对于焦磷酸测序技术更简便、快速、可靠,成本低,是普通实验室和临床检测低异质负荷的最佳选择方案。
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关键词
线粒体DNA
PCR-限制性片段长度多态性技术
实时荧光定量PCR结合突变阻滞形成系统
焦磷酸测序技术
原文传递
题名
线粒体DNA 3243A→G异质水平定量检测方法的建立及应用
被引量:
3
1
作者
张小勤
陈琳
杨宇
郑超
颜景斌
路兆宁
吕建新
李伟
机构
浙江省
温州医科大学
检验
医学院
、生命
科
学
学院
浙江省温州医科大学检验医学院附属第二医院内分泌科
上海交通
大学
医学
遗传研究所
出处
《中华医学遗传学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期438-443,共6页
基金
国家自然科学基金(81271918)
浙江省医药卫生平台重点资助计划(2011ZDA016)
文摘
目的针对线粒体糖尿病致病位点mtDNA 3243A→G异质性突变,建立一种快速简便、低成本,但相对准确、敏感的定量检测方法,为不同条件下选择最佳检测方案提供参考。方法收集浙江省温州市一个母系遗传性线粒体糖尿病伴耳聋家系(maternally inherited diabetes and deafness MIDD)共17人,提取外周血全基因组DNA,同时分别应用PCR-限制性片段长度多态性技术(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism PCR-RLFP)、实时荧光定量PCR结合突变阻滞形成系统(realtime-amplification refractory mutation system-quantitative PCR,RT-ARMS-qPCR)和焦磷酸测序技术检测mtDNA A3243G突变的异质水平;并以0~100%不同比例A3243G突变负荷的11个标准品为对照,3种方法同时分别检测,根据实际检测值与预期检测值的相关程度,对这三种检测方法做出可靠性比较分析。结果PCR-RFLP、RTARMS-qPCR和焦磷酸测序技术对A3243G定量标准品的检测结果中,PCR-RFLP相对定量分析结果与预期值之间呈直线相关,决定系数R2=0.828;RT-ARMS-qPCR检测11个标准对照的突变负荷结果与预期值之间呈直线相关,决定系数R2=0.998;焦磷酸测序技术检测结果与预期值之间呈直线相关,决定系数R2=0.997。定量检测A3243G异质水平结果PCR-RFLP介于10%~60%,RTARMS-qPCR为0到100%,焦磷酸测序技术为1%到95%;RTARMS-qPCR和焦磷酸测序技术的检测结果均接近预期值;针对MIDD家系17位成员的检测中A3243G突变携带者有13例,非A3243G突变携带者有4份,这三种方法定性检测结果一致。RT-ARMS-qPCR和焦磷酸测序技术两种方法定量检测结果差异无统计学意义(t=1.140,P〉0.05)。结论针对mtDNA 3243A→G异质性突变的定量检测方法,PCR-RFLP不适合定量检测,但可作为一种临床检测方法用于人群初步筛查。对于低异质水平的A3243G突变可用RT ARMS-qPCR和焦磷酸测序技术两种方法检测,但RT ARMS-qPCR相对于焦磷酸测序技术更简便、快速、可靠,成本低,是普通实验室和临床检测低异质负荷的最佳选择方案。
关键词
线粒体DNA
PCR-限制性片段长度多态性技术
实时荧光定量PCR结合突变阻滞形成系统
焦磷酸测序技术
Keywords
Mitochondrial DNA
Polymerase chain reaction-restriction fragment lengthpotymorphism
Real time-amplification refractory mutation system-quantitative PCR
Pyrosquencing
分类号
R596 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
线粒体DNA 3243A→G异质水平定量检测方法的建立及应用
张小勤
陈琳
杨宇
郑超
颜景斌
路兆宁
吕建新
李伟
《中华医学遗传学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014
3
原文传递
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