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进化与大数据导向生物信息学在天然产物研究中的发展及应用 被引量:2
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作者 张凡忠 相长君 张骊駻 《合成生物学》 CSCD 2023年第4期629-650,共22页
自然界亿万年的进化孕育出了丰富的天然产物资源,进而为药物研发提供了巨大的分子宝库。进化导向生物信息学方法在微生物天然产物研究中发挥着越来越重要的作用。微生物基因组数据的快速增长为生物合成基因簇的大数据分析以及进化分析... 自然界亿万年的进化孕育出了丰富的天然产物资源,进而为药物研发提供了巨大的分子宝库。进化导向生物信息学方法在微生物天然产物研究中发挥着越来越重要的作用。微生物基因组数据的快速增长为生物合成基因簇的大数据分析以及进化分析提供了新机遇,不仅让我们对天然产物全景图有了更清晰的认识,还能够揭示天然产物的进化规律,利用进化分析方法和大数据资源挖掘新型的药物先导天然产物,理解生物合成酶,甚至设计改造生物合成体系创造非天然分子。本文综述了近年来进化和大数据导向生物信息学应用于天然产物研究中的相关进展,强调了进化与大数据在生物合成酶的功能预测、进化机理、基因挖掘以及生物合成改造方面的应用,最后分析了目前面临的问题并对未来发展趋势进行了展望。 展开更多
关键词 天然产物 进化 基因挖掘 生物合成改造 生物信息学
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Cu single-atom electrocatalyst on nitrogen-containing graphdiyne for CO_(2) electroreduction to CH_(4)
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作者 Hao Dai Tao Song +8 位作者 Xian Yue Shuting Wei Fuzhi Li Yanchao Xu Siyan Shu Ziang Cui Cheng Wang Jun Gu Lele Duan 《Chinese Journal of Catalysis》 SCIE CAS CSCD 2024年第9期123-132,共10页
Developing Cu single-atom catalysts(SACs)with well-defined active sites is highly desirable for producing CH4 in the electrochemical CO_(2) reduction reaction and understanding the structure-property relationship.Here... Developing Cu single-atom catalysts(SACs)with well-defined active sites is highly desirable for producing CH4 in the electrochemical CO_(2) reduction reaction and understanding the structure-property relationship.Herein,a new graphdiyne analogue with uniformly distributed N_(2)-bidentate(note that N_(2)-bidentate site=N^N-bidentate site;N_(2)≠dinitrogen gas in this work)sites are synthesized.Due to the strong interaction between Cu and the N_(2)-bidentate site,a Cu SAC with isolated undercoordinated Cu-N_(2) sites(Cu1.0/N_(2)-GDY)is obtained,with the Cu loading of 1.0 wt%.Cu1.0/N_(2)-GDY exhibits the highest Faradaic efficiency(FE)of 80.6% for CH_(4) in electrocatalytic reduction of CO_(2) at-0.96 V vs.RHE,and the partial current density of CH_(4) is 160 mA cm^(-2).The selectivity for CH_(4) is maintained above 70% when the total current density is 100 to 300 mA cm^(-2).More remarkably,the Cu1.0/N_(2)-GDY achieves a mass activity of 53.2 A/mgCu toward CH4 under-1.18 V vs.RHE.In situ electrochemical spectroscopic studies reveal that undercoordinated Cu-N_(2) sites are more favorable in generating key ^(*)COOH and ^(*)CHO intermediate than Cu nanoparticle counterparts.This work provides an effective pathway to produce SACs with undercoordinated Metal-N_(2) sites toward efficient electrocatalysis. 展开更多
关键词 Carbon dioxide reduction ELECTROCATALYSIS Cu single-atom catalyst N-containing graphdiyne Methane
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高温超导体组合薄膜和相图表征高通量方法 被引量:3
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作者 金魁 吴颉 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第1期54-70,共17页
铜氧化物超导体和铁基高温超导体是已知的两类高温超导体,研究高温超导机理是如今超导领域最具有挑战性的前沿课题.构建高温超导的高维精确相图、寻找决定超导转变温度的关键物理量可以为高温超导机理做好实验铺垫.对于铜氧化物高温超导... 铜氧化物超导体和铁基高温超导体是已知的两类高温超导体,研究高温超导机理是如今超导领域最具有挑战性的前沿课题.构建高温超导的高维精确相图、寻找决定超导转变温度的关键物理量可以为高温超导机理做好实验铺垫.对于铜氧化物高温超导体,多种自由度的相互关联与耦合使其相图呈现出复杂性与多样性.现有的研究方法在构建高维“全息”相图及获取定量化物理规律等方面面临着难以克服的困难,而材料的高通量制备与表征技术可以在相图空间实现参量的线扫描甚至面扫描,有望快速建立可靠的高温超导高维相图和高温超导关键参量数据库,并从中提取重要的统计物理规律.本文从阳离子掺杂、母体氧掺杂、双电层晶体管(静电场/电化学)、磁场等几个调控维度,回顾了主要基于输运手段获得的铜氧化物电子态相图,介绍了基于脉冲激光沉积技术和分子束外延技术的组合薄膜生长方法以及与之匹配的跨尺度选区输运测量技术,展示了高通量技术在高温超导研究中的初步应用.高通量实验技术与超导研究结合,逐步形成了新兴的高通量超导研究范式,将在构建高维精确相图、突破高温超导机理、推进超导材料实用化等方面发挥不可替代的作用. 展开更多
关键词 高温超导体 铜氧化物超导体 高通量组合薄膜 电子态相图
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分子伴侣作用下的蛋白质稳定与进化 被引量:3
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作者 唐宇琦 叶松涛 +1 位作者 刘嘉 张鑫 《合成生物学》 CSCD 2022年第3期445-464,共20页
新生多肽链通常需要折叠成独特的三维结构来发挥其生物学功能。天然存在的蛋白质仅具有边缘稳定性,少量突变或轻微环境扰动就可能影响蛋白质的正确折叠。蛋白质组的稳定性,即蛋白质稳态,由蛋白质组中较不稳定的蛋白质决定,因而也具有边... 新生多肽链通常需要折叠成独特的三维结构来发挥其生物学功能。天然存在的蛋白质仅具有边缘稳定性,少量突变或轻微环境扰动就可能影响蛋白质的正确折叠。蛋白质组的稳定性,即蛋白质稳态,由蛋白质组中较不稳定的蛋白质决定,因而也具有边缘稳定性。蛋白质以及蛋白质组的边缘稳定性决定了细胞内存在着复杂的质量控制机制,用来帮助蛋白质正确折叠、修复或降解错误折叠的蛋白质。本文详细介绍了以热休克蛋白家族为代表的分子伴侣协助蛋白质折叠的内部机制,并回顾了通过过量表达分子伴侣、转录因子等手段提高蛋白质稳态的研究。蛋白质在保持稳定性的同时也在不断进化,本文介绍了蛋白质稳定性与可进化性关系的研究。实验证明,稳定性增强的蛋白质提高了对随机突变的包容度,有助于积累更多突变。相较于野生型蛋白质,这些蛋白质突变体在不同环境的选择下,会产生更多功能适应性突变体,即发生进化。因而蛋白质的稳定性是影响其进化的重要因素。分子伴侣作为蛋白质折叠的参与者,直接协助了蛋白质的定向进化。本文围绕蛋白质折叠的稳定性、蛋白质稳态和蛋白质进化的问题,讨论了以分子伴侣为主的分子机器帮助维持蛋白质稳定、促进蛋白质进化的相关研究。鉴于生物系统的复杂程度,我们对生物进化的理解仍然有限。希望关于影响蛋白质稳定性和可进化性的研究能够为理解蛋白质结构功能的构效关系提供独特见解,同时也为探究蛋白质相关疾病致病机理提供理论基础。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 边缘稳定性 定向进化 分子伴侣
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基于Yu-Shiba-Rusinov态的拓扑超导理论
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作者 李牮 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2020年第11期253-258,共6页
Yu-Shiba-Rusinov态是由磁性杂质原子在超导体中诱导出的超导能隙内的束缚态.它们可以作为构造拓扑超导态的基本单元.本文阐述了基于Yu-Shiba-Rusinov态的不同维度拓扑超导的统一理论框架,并通过简单的特例加以解释.这里的理论是理解多... Yu-Shiba-Rusinov态是由磁性杂质原子在超导体中诱导出的超导能隙内的束缚态.它们可以作为构造拓扑超导态的基本单元.本文阐述了基于Yu-Shiba-Rusinov态的不同维度拓扑超导的统一理论框架,并通过简单的特例加以解释.这里的理论是理解多个相关实验的基础. 展开更多
关键词 拓扑相 拓扑超导体 马约拉纳费米子 磁性杂质 Yu-Shiba-Rusinov态
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铱催化三级烯丙位碳氢键与炔烃的加成反应制备1,4-二烯
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作者 燕小标 石航 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1875-1877,共3页
1,4-二烯广泛存在于生物碱、脂肪酸、萜类、聚酮类等活性化合物中,其中有些分子已被确定为有效的抗生素、抗真菌剂和细胞毒剂(Scheme 1A)[1].近年来发展的过渡金属催化烯炔偶联、烯烃的氢烯基化反应及烯丙基取代反应等为1,4-二烯的制备... 1,4-二烯广泛存在于生物碱、脂肪酸、萜类、聚酮类等活性化合物中,其中有些分子已被确定为有效的抗生素、抗真菌剂和细胞毒剂(Scheme 1A)[1].近年来发展的过渡金属催化烯炔偶联、烯烃的氢烯基化反应及烯丙基取代反应等为1,4-二烯的制备提供了十分有效的合成方法[2-4].其中,由于形成季碳中心和控制1,4-二烯两侧烯烃立体构型难度较大,使得C-3位为季碳中心的1,4-二烯的催化合成方法相对较少[5-6],同时也面临着巨大的挑战.因此,发展新的策略获得空间结构相对拥挤、立体专一的1,4-二烯在这一研究领域中引起了广泛关注. 展开更多
关键词 立体构型 加成反应 季碳中心 立体专一 过渡金属催化 烯炔 活性化合物 抗真菌剂
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