海南黄牛IGF2R基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R)遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区(CDS)进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。海南黄牛群体中存在4种单倍型(F>0.01),分别是H1(ATG)、H2(GCA)、H3(ACA)和H4(GCG);各单倍型及SNP4突变型对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构及其最小自由能均有影响。海南黄牛IGF2R蛋白为亲水蛋白,存在跨膜结构和信号肽,其二级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成,α-螺旋和β-转角的占比较小。【结论】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。海南黄牛IGF2R基因SNP位点突变对其mRNA二级结构及稳定性均会造成影响,致使IGF2R蛋白二级结构肽链构象发生改变,进而对海南黄牛生长性状的调控造成影响。

小反刍兽疫流行状况及分子诊断技术研究现状

小反刍兽疫(PPR)是一种主要感染山羊和绵羊的传染病,病原为副黏病毒科麻疹病毒属的小反刍兽疫病毒(PPRV)。PPRV基因组由6个基因组成,依据N和F基因可将PPRV分为4个谱系或者基因群,我国流行的PPRV属于谱系Ⅳ。2007年我国首次报道发生PPR疫情,在2014年大流行后,农业农村部加强了PPR的防疫措施。目前,国内的PPR疫情基本得到了控制,主要风险来自于境外输入和野生动物。PPRV分子检测是防疫措施的重要一环,目前已经建立了多种针对PPRV不同基因的检测方法。将新型技术应用于PPRV分子检测,开发小型化、快速化、高通量的PPRV检测方法将是未来的发展方向。

羊源多杀性巴氏杆菌ExbD基因克隆、原核表达及生物信息学分析

旨在克隆和表达羊源多杀性巴氏杆菌的ExbD基因,并对其编码蛋白进行生物信息学分析。试验通过PCR成功扩增出目的基因片段,将所回收片段与pET-28a(+)载体进行连接,构建pET-28a(+)-ExbD重组质粒,将所得pET-28a(+)-ExbD重组质粒经双酶切鉴定后转至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,通过自诱导表达,SDS-PAGE和Western blot鉴定表达产物。结果显示:扩增出390 bp的目的基因,诱导表达得到约为19 ku的重组蛋白。经生物信息学分析,该蛋白为疏水性酸性蛋白,属于稳定蛋白,分子式为C656H1068N160O193S3,分子质量约为14.44 ku,消光系数(L·mol^-1·cm^-1=280 nm)为6990,理论等电点是5.16,不稳定系数为35.28(<40),总平均疏水性(GRAVY)为0.145,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。本试验通过对ExbD基因的克隆、表达和分析,为进一步探究该基因的功能提供了基础和参考依据。