2008-2015年深圳某医院金黄色葡萄球菌血流感染的临床特征和预后分析

目的分析深圳市南山区人民医院金黄色葡萄球菌血流感染的临床特征和起病后30 d内死亡相关的危险因素。方法回顾分析2008-2015年由金黄色葡萄球菌所致血流感染患者的临床和微生物学资料,分析30 d内死亡相关危险因素。结果共121例患者入组,其中MRSA血流感染检出率为17.4%(21/121)。相比较于MSSA血流感染,MRSA血流感染中年龄≥65岁老年患者更多、医院感染和呼吸道感染更为常见(P值分别为0.026、0.035和0.001);并且MRSA血流感染患者中复数菌感染更多和接受了更多的不恰当初始抗感染治疗(P值分别为0.005和0.001)。患者起病后30 d内的死亡率为18.2%(22/121)。通过单因素和多因素回归分析示仅实体肿瘤(OR,8.932,P=0.004)和感染性休克(OR,56.721,P<0.001)是患者起病后30 d内死亡的独立危险因素。结论实体肿瘤和感染性休克,比MRSA感染在金黄色葡萄球菌血流感染患者死亡中起了更重要的作用。

全基因测序分析耐甲氧西林金黄色葡萄球菌利奈唑胺耐药相关变异位点

目的通过全基因组测序研究利奈唑胺(LZD)敏感株和诱导耐药耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)之间基因变异位点差异,了解LZD耐药基因变异位点。方法采用不同浓度梯度的LZD对遗传背景清晰的MRSA-MS4母株进行诱导,获得LZD耐药菌株MRSA-MS4-LZD100,测定最低抑菌浓度(MIC),采用普通聚合酶链反应(PCR)扩增MRSA-MS4-LZD100 23S rRNA V区及核糖体蛋白L3/L4基因,测序后与野生株比较,获得相应的突变位点;采用Illumina HiSeq 2000测序技术对样品DNA进行paired-end(PE)测序,构建Illumina PE文库,利用生物信息学完成该菌株的全基因组测序。结果经过32代诱导,获得MRSA-MS4-LZD100菌株,其LZD MIC为96μg/mL。PCR测序分析提示其V区多拷贝基因均存在G2447T突变,L3蛋白存在Gly113Val突变;全基因组包含2 744 315 bp碱基对,注释后共有2 509个基因,11个tRNA编码基因,以及2个完整的rRNA基因编码操纵子,获得PubMed全基因序列号(JXMJ00000000);共找出101个SNP和6个Small indel突变,发生于外显子的SNP占16个,SNP后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括IstB ATP结合区域包含蛋白、凝集因子A及转座子IS1272等,而发生于外显子的Small indel占3个,Small indel突变后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括假设蛋白、30S核糖体蛋白S1、凝集因子A。结论经LZD诱导获得LZD耐药MRSA-MS4-LZD100菌株,测序分析提示该菌株存在除23S rRNA V区及L3蛋白基因以外的突变位点,为进一步研究隐性LZD耐药机制指明了方向。

一株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MS4的全基因组测序结果分析

目的:分析创口分离一株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的全基因组序列特点。方法:将深圳大学南山区人民医院一例创口脓液分离菌株采用BD Phoenix TM100自动细菌鉴定/药敏系统鉴定;用E-Test试验测定其利奈唑胺(LZD)最低抑菌浓度(MIC)值;扩增细菌提取细菌总DNA,应用多重PCR扩增及DNA测序方法行SCCmec-spaMLST分型;并采用Illumina Miseq结合第三代测序技术分别构建了Illumina Miseq PE文库(~500 bp)和Pac Bio文库(8~10 kb),普通PCR覆盖gap,对获得的测序数据进行质控后利用生物信息学分析手段完成该菌株的全基因组完成图绘制。结果:经鉴定此菌株为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(命名为MS4)。药敏结果显示该菌株对头孢西丁、氨苄西林、甲氧西林、青霉素P、阿莫西林/克拉维酸耐药,对利奈唑胺等其余抗菌素敏感。E-Test提示LZD MIC值为0.094 ug/m L。SCCmecspa-MLST分型结果显示该菌株属于III-t 3592-ST59型。MS4基因组包含2709797 bp,GC含量33.5%;通过注释后总共有2475个基因,11个t RNA编码基因,3个完整的r RNA基因编码操纵子,并包括mec A等耐药基因和γ-溶血素、溶血素III、烯醇酶、肠毒素等多种毒力因子,申请获得Genebank号CP009828。结论:完成了一株创口脓液来源MRSA的基因分型和全基因组完成图绘制,为MRSA基因组比对和系统进化发育分析提供了模板序列。

肠球菌属血流感染的临床特征和预后分析

目的分析肠球菌属血流感染的临床特征和入院后30 d死亡相关的危险因素。方法回顾分析本院2008—2015年由肠球菌属细菌所致血流感染患者的临床和微生物学资料。结果共59例肠球菌属血流感染患者,其中粪肠球菌33例,屎肠球菌24例,铅黄肠球菌和鹑鸡肠球菌各1例。屎肠球菌组Charlson合并症评分≥5、接受糖皮质激素治疗和静脉导管来源感染的患者多于粪肠球菌组,分别为(62.5%vs 30.3%、33.3%vs 9.1%、83.3%vs 45.5%,P<0.05)。未发现耐万古霉素肠球菌(VRE),屎肠球菌血流感染对氨苄西林、环丙沙星和高浓度庆大霉素的耐药率明显高于粪肠球菌血流感染患者,分别为(79.2%vs 3.0%、75.0%vs 42.4%、54.2%vs 21.2%,P<0.05)。通过单因素和多因素回归分析示仅糖皮质激素治疗(OR=7.644,P<0.05),静脉导管感染(OR=9.727,P<0.05)和环丙沙星耐药(OR=15.060,P<0.05)是患者入院后30 d死亡的独立危险因素。结论粪肠球菌和屎肠球菌是两种差别较大的病原体,所导致的血流感染有其不同特征,应更加积极的进行经验性抗感染治疗以改善预后。