足月妊娠宫腔和宫腔周围内环境菌群的特征对比分析

目的:探讨并对比分析足月妊娠宫腔及宫腔周围内环境菌群的特征。方法:选取2018年1月～2018年7月在北京大学深圳医院行足月剖宫产的26例孕妇。分别对孕妇宫颈管、盆腔、直肠、胎盘和羊水取样,提取总DNA,经16S rRNA V4区引物扩增、高通量测序及序列优化,通过生物信息分析比较不同部位菌群的特征。结果:(1)26例孕妇共收集114份样本,包括宫颈管、盆腔和胎盘样本各26份,羊水样本24例,直肠样本12例。所有样本经测序获得序列3019260条,经优化获得序列2544703条用于数据分析。(2)门分类水平上,宫颈管主要菌群为厚壁菌门(77.5%)和放线菌门(18.5%);盆腔主要菌群为变形菌门(65.7%)和厚壁菌门(16.4%);直肠主要菌群为厚壁菌门(52.1%)和拟杆菌门(39.1%);羊水主要菌群为变形菌门(67.5%)和厚壁菌门(12.3%);胎盘主要菌群为变形菌门(54.6%)和厚壁菌门(30.2%)。(3)属分类水平上,宫颈管主要菌群为乳杆菌属(75.9%)和加德纳菌属(14.8%);盆腔主要菌群为其他菌属(58.8%)和鞘氨醇单胞菌属(5.9%);直肠主要菌群为其他菌属(61.7%)和普氏菌属(28.9%);羊水主要菌群为其他菌属(54.0%)和窄食单胞菌属(7.6%);胎盘主要菌群为其他菌属(47.7%)和乳杆菌属(20.6%)。(4)宫颈管菌群的Shannon指数和OTU数均明显小于其他部位(P<0.05),羊水、胎盘及盆腔菌群的Shannon指数和OTU数两两对比无显著差异(P>0.05)。(5)主成分分析(PCA)能明显区分宫颈管菌群、直肠菌群,但未能显著区分羊水、盆腔和胎盘3个部位的菌群。结论:羊水和胎盘内有菌群定植,以变形菌门为主,其组成和多样性与盆腔菌群相近,与宫颈管和直肠菌群显著不同。

通过高通量全基因组测序技术精确判断平衡易位断点

目的精确判定猫叫综合征患儿及其父亲(携带染色体平衡易位)的染色体异常及断点。方法通过低深度高通量全基因组测序(WGLCS,Whole-Genome Low-Coverage Sequencing)技术对患儿及其父进行测序,分析染色体中存在的染色体变异及其断点候选区域(精确的±1kb),结合PCR扩增和一代测序技术,精确确定染色体断点。结果通过WGLCS技术,将染色体断点定位到5号染色体的23,314,205到23,314,785之间和12号染色体的14,779,615到14,780,233之间。结合PCR和一代测序技术,最终将染色体平衡易位的断点确定为5号染色体的23,314,435到23,314,436之间(5p14.2)和12号染色体的14,780,019到14,780,020之间(12p13.1)。结论 WGLCS适用于染色体复杂结构变异的检测,可以精确的将染色体断点精确的±1kb区域,满足常规分子生物学的实验要求,为改进、完善人工辅助生殖技术提供可能。