一株红霉素耐药百日咳鲍特菌的完整基因组分析

目的明确国内一株红霉素耐药百日咳鲍特菌P2013109的全基因组序列,了解其基因特征。方法对一株抗原基因型为ptxA1/ptxC1/ptxP1/prn1/fim2⁃1/fim3⁃1/tcfA2的临床分离红霉素耐药百日咳鲍特菌P2013109采用了二代和三代高通量测序技术进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释,并与包含我国疫苗株CS、国外疫苗株Tohama I,以及国外发表临床分离的共15株菌的完整基因组序列进行全基因组比较分析。结果P2013109的完整基因组序列总长度4126010 bp,GC含量为67.72%,预测基因有4085个。该基因组的所有拷贝23s rRNA基因均显示A2047G突变。相比P2013109,其他15株菌主要存在3个比较大的缺失区域。另外,将P2013109与其他16株进行系统发育树分析,显示全部菌株分成3个遗传分支。Tohama I和CS这两个疫苗株归类为Ⅰ型,它们与其他2个型别相比较呈现76个SNPs。P2013109独立为Ⅱ型,与其他菌株的进化关系相对较远,相比较其他菌株呈现25个SNPs。国外菌株为Ⅲ型,与其他菌株相比呈现21个SNPs。结论国内当前流行的红霉素耐药百日咳鲍特菌具有独特的系统发育分支,其遗传进化与疫苗株和国外流行菌株不同。

72例住院小婴儿咳嗽患者鼻咽部菌群组成研究

目的探索小婴儿咳嗽患者鼻咽部菌群状况,以及百日咳鲍特菌感染等临床特征与菌群组成的关系。方法以2015—2017年北京儿童医院新生儿中心收治的患有咳嗽的小婴儿为研究对象,包括百日咳鲍特菌培养确诊百日咳患者24例,以及按1∶2比例选择同期收治的有咳嗽症状但百日咳鲍特菌培养阴性者48例。收集患儿性别、年龄、分娩方式、喂养方式等临床资料,并对其进行呼吸道合胞病毒(RSV)及百日咳鲍特菌检测。提取患儿鼻咽拭子中基因组DNA,扩增16SrDNA的V3~V4区并测序。结果72例小婴儿咳嗽患者共鉴定出5种菌群分布谱型(C1~C5)。24例百日咳鲍特菌培养阳性病例标本有22例检到鲍特菌属的16SrDNA片段。48例鲍特菌培养阴性的病例标本有34例检出鲍特菌片段,丰度为0.003%~0.280%。百日咳鲍特菌培养阳性组鲍特菌属平均相对丰度(28.38%)明显高于阴性组(0.03%)。RSV阳性组鼻咽部标本中葡萄球菌属和鲍特菌属平均相对丰度显著低于RSV阴性组。结论除以鲍特菌属为优势的谱型外,本组小婴儿咳嗽患者鼻咽部菌群分布的其他4种型与已知小婴儿期菌群构成相似。有些百日咳患儿可能因鲍特菌属丰度极低,培养方法难以发现。是否RSV感染与小婴儿咳嗽患者鼻咽部菌群组成特征明显相关。

儿童迁延性细菌性支气管炎的呼吸道菌群特征及临床意义

目的探讨儿童迁延性细菌性支气管炎（protracted bacterial bronchitis，PBB）的呼吸道菌群特征及临床意义。方法纳入年龄5个月～2岁，于2015年1月至2016年5月在深圳市儿童医院呼吸科住院的PBB患儿12例，匹配同年龄段的气管软化（tracheomalacia，TM）患儿12例作为对照。留取PBB和TM患儿的支气管肺泡灌洗液样本，进行细菌DNA提取。通过Illumina MiSeq TMII高通量测序平台对细菌DNA 16S rRNA V3－V4区进行高通量测序，对测序结果进行生物信息学分析。结果主成分分析提示，PBB组与TM组的呼吸道菌群组成有明显差异。PBB组和TM组的Shannon指数分别为1.683±0.703、2.324±0.142，Simpson指数分别为0.416±0.216、0.191±0.025，差异均有统计学意义（均P〈0.05），提示PBB组的菌群多样性低于TM组。在门水平，PBB组的放线菌门比例明显低于TM组[（0.215±0.228）%比（3.028±0.592）%，P〈0.01]；在属水平，PBB组乳球菌属[（13.464±7.319）%比（44.784±5.020）%，P＝0.000]、乳酸杆菌属[（0.153±0.076）%比（0.313±0.060）%，P〈0.01]、节细菌属[（0.024±0.018）%比（2.970±0.584）%，P〈0.01]等有益菌属比例下降，而流感嗜血杆菌属[（14.319±29.532）%比（0.047±0.127）%，P〈0.01]、假单胞菌属[（10.406±25.439）%比（7.228±0.948）%，P〈0.01]、埃希菌属[（0.432±0.441）%比（0.055±0.035）%，P＝0.000]等条件致病菌属比例明显上升。结论PBB患儿存在呼吸道菌群紊乱，菌群多样性下降，可能是PBB的发病机制之一。