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人工智能在合成生物学的应用
1
作者
李敏
林子杰
+4 位作者
廖文斌
陈廷柏
李坚强
陈杰
肖敏凤
《集成技术》
2021年第5期43-56,共14页
生命系统极其复杂,难以精确描述和预测,这给高效设计合成生物系统提出了挑战,故在合成生物系统构建中往往须进行海量工程试错和优化。近年来,人工智能技术快速发展,其基于海量数据的持续学习能力和在未知空间的智能探索能力有效契合了...
生命系统极其复杂,难以精确描述和预测,这给高效设计合成生物系统提出了挑战,故在合成生物系统构建中往往须进行海量工程试错和优化。近年来,人工智能技术快速发展,其基于海量数据的持续学习能力和在未知空间的智能探索能力有效契合了当前合成生物学工程化试错平台的需求,在复杂生物特征的挖掘与生命系统的设计方面具备巨大潜力。该文回顾并总结人工智能在合成元件工程、线路工程、代谢工程及基因组工程领域的研究进展,并分析和讨论人工智能与合成生物学交叉研究在数据标准化、平台智能化、实验自动化、预测精准化方面存在的一系列挑战。人工智能和合成生物学的融合有望给"设计—构建—测试—学习"闭环的全流程带来变革,而孕育"类合成生物学家"也将反过来引起人工智能技术的飞跃。
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关键词
类合成生物学家
智能化试错
合成生物系统
生物铸造厂
海量工程平台
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职称材料
肠道微生物群落研究进展及合成微生物群落面临的挑战
2
作者
胡政
周茜
+1 位作者
张蒙蒙
肖敏凤
《集成技术》
2021年第4期102-114,共13页
近年来,虽然肠道微生物群落与人类健康方面的研究在快速发展,但肠道微生物群落的调控和应用仍处于起步阶段。这主要是因为对人类肠道微生物群落结构和功能的理解不够深入。合成微生物群落通过人工合成的多个物种建立新的微生物群落体系...
近年来,虽然肠道微生物群落与人类健康方面的研究在快速发展,但肠道微生物群落的调控和应用仍处于起步阶段。这主要是因为对人类肠道微生物群落结构和功能的理解不够深入。合成微生物群落通过人工合成的多个物种建立新的微生物群落体系,利用各种体内和体外实验模型及数学建模方法进行模拟、测试、优化,有助于深化对人类肠道复杂微生物群落的结构、稳定性和功能活性的了解。该文概述了肠道微生物群落的研究方法、影响微生物群落稳定性的因素及合成肠道微生物群落面临的挑战,以期为肠道微生物群落理论研究和临床应用的双向转化提供参考。
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关键词
肠道微生物
合成生物学
宏基因组
微生物相互作用
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职称材料
噬菌体应用标准化研究
被引量:
1
3
作者
刘文峰
邓佳程
+1 位作者
李俊桦
肖敏凤
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期165-182,共18页
在当前全球抗生素耐药性和公共卫生安全问题日益突出的背景下,噬菌体作为一种潜力巨大的替代性治疗和防控手段,逐渐引起广泛关注。尽管其应用前景广阔,但噬菌体在实际应用和产业化发展过程中仍面临诸多挑战和机遇。全面总结了国内外噬...
在当前全球抗生素耐药性和公共卫生安全问题日益突出的背景下,噬菌体作为一种潜力巨大的替代性治疗和防控手段,逐渐引起广泛关注。尽管其应用前景广阔,但噬菌体在实际应用和产业化发展过程中仍面临诸多挑战和机遇。全面总结了国内外噬菌体在农业、畜牧水产、食品工业和人类健康等领域的应用现状及标准化进程,系统梳理了当前面临的问题和实际需求,并提出了系统化的建设方案。此外,还深入分析了噬菌体应用标准化对相关产业发展的推动作用,强调了标准化在提高产品质量和安全性、促进技术创新、整合产业链、增强市场信任度及推动国际合作等方面的关键作用。希望能为噬菌体应用和产业化发展提供全面的指导和规范,助力解决抗生素耐药性危机和提升公共卫生安全水平。
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关键词
噬菌体
噬菌体应用
标准化
原文传递
人体肠道噬菌体的研究与应用
被引量:
2
4
作者
刘聪
邢博
+2 位作者
陈婉桐
李俊桦
肖敏凤
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期3314-3329,共16页
肠道是人体内微生物定殖最丰富的部位。近年来,随着肠道菌群与人体健康疾病关联研究的蓬勃发展,肠道噬菌体也逐渐引起关注。然而,相关信息技术和实验技术发展的滞后在一定程度上限制了肠道噬菌体的科学研究进程。因此,本文首先回顾了近...
肠道是人体内微生物定殖最丰富的部位。近年来,随着肠道菌群与人体健康疾病关联研究的蓬勃发展,肠道噬菌体也逐渐引起关注。然而,相关信息技术和实验技术发展的滞后在一定程度上限制了肠道噬菌体的科学研究进程。因此,本文首先回顾了近几年来肠道噬菌体研究领域所开发或采用的计算和实验方法,包括噬菌体的测序数据分析和噬菌体的分离纯化等。随后,本文就肠道噬菌体的分类、肠道内噬菌体与细菌的互作及肠道噬菌体在人体疾病干预中的应用展开了讨论。最后,本文展望了肠道噬菌体研究在数据和实体资源、信息和实验技术、与肠道菌群的互作、干预和治疗人体疾病各方面的一系列挑战和机遇。
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关键词
病毒组
噬菌体数据库
肠道噬菌体挖掘
噬菌体库
微生物疗法
肠道微生态
慢病干预
原文传递
题名
人工智能在合成生物学的应用
1
作者
李敏
林子杰
廖文斌
陈廷柏
李坚强
陈杰
肖敏凤
机构
深圳
华大生命科学研究院
中国科学院大学生命科学学院
深圳
大学计算机与软件学院
深圳市未知病原体应急检测重点实验室
出处
《集成技术》
2021年第5期43-56,共14页
基金
国家重点研发计划“合成生物学专项”项目(2020YFA0908700)
国家自然科学基金面上项目(62072315)
深圳市孔雀团队项目(KQTD2015033117210153)。
文摘
生命系统极其复杂,难以精确描述和预测,这给高效设计合成生物系统提出了挑战,故在合成生物系统构建中往往须进行海量工程试错和优化。近年来,人工智能技术快速发展,其基于海量数据的持续学习能力和在未知空间的智能探索能力有效契合了当前合成生物学工程化试错平台的需求,在复杂生物特征的挖掘与生命系统的设计方面具备巨大潜力。该文回顾并总结人工智能在合成元件工程、线路工程、代谢工程及基因组工程领域的研究进展,并分析和讨论人工智能与合成生物学交叉研究在数据标准化、平台智能化、实验自动化、预测精准化方面存在的一系列挑战。人工智能和合成生物学的融合有望给"设计—构建—测试—学习"闭环的全流程带来变革,而孕育"类合成生物学家"也将反过来引起人工智能技术的飞跃。
关键词
类合成生物学家
智能化试错
合成生物系统
生物铸造厂
海量工程平台
Keywords
AI synthetic biologist
intelligent trial-and-error
synthetic biological system
biofoundry
massively parallel engineering platform
分类号
Q-1 [生物学]
Q812 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
肠道微生物群落研究进展及合成微生物群落面临的挑战
2
作者
胡政
周茜
张蒙蒙
肖敏凤
机构
中国科学院
深圳
先进技术研究院
中国科学院大学
深圳
华大生命科学研究院
深圳市未知病原体应急检测重点实验室
出处
《集成技术》
2021年第4期102-114,共13页
基金
国家重点研发计划项目(2018YFA0902701)
中国科学院战略重点研究计划项目(XDB29050501,XDPB18)
+1 种基金
国家自然科学基金项目(32025022,3201101136)
深圳市科技创新委员会项目(KQTD2015033117210153,JCYJ20170818164139781)。
文摘
近年来,虽然肠道微生物群落与人类健康方面的研究在快速发展,但肠道微生物群落的调控和应用仍处于起步阶段。这主要是因为对人类肠道微生物群落结构和功能的理解不够深入。合成微生物群落通过人工合成的多个物种建立新的微生物群落体系,利用各种体内和体外实验模型及数学建模方法进行模拟、测试、优化,有助于深化对人类肠道复杂微生物群落的结构、稳定性和功能活性的了解。该文概述了肠道微生物群落的研究方法、影响微生物群落稳定性的因素及合成肠道微生物群落面临的挑战,以期为肠道微生物群落理论研究和临床应用的双向转化提供参考。
关键词
肠道微生物
合成生物学
宏基因组
微生物相互作用
Keywords
intestinal microbial community
synthetic biology
metagenome
microbial interaction
分类号
Q93 [生物学—微生物学]
下载PDF
职称材料
题名
噬菌体应用标准化研究
被引量:
1
3
作者
刘文峰
邓佳程
李俊桦
肖敏凤
机构
深圳
华大生命科学研究院
深圳市未知病原体应急检测重点实验室
出处
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期165-182,共18页
基金
国家重点研发计划(2023YFE0207300、2020YFA0908700)资助项目。
文摘
在当前全球抗生素耐药性和公共卫生安全问题日益突出的背景下,噬菌体作为一种潜力巨大的替代性治疗和防控手段,逐渐引起广泛关注。尽管其应用前景广阔,但噬菌体在实际应用和产业化发展过程中仍面临诸多挑战和机遇。全面总结了国内外噬菌体在农业、畜牧水产、食品工业和人类健康等领域的应用现状及标准化进程,系统梳理了当前面临的问题和实际需求,并提出了系统化的建设方案。此外,还深入分析了噬菌体应用标准化对相关产业发展的推动作用,强调了标准化在提高产品质量和安全性、促进技术创新、整合产业链、增强市场信任度及推动国际合作等方面的关键作用。希望能为噬菌体应用和产业化发展提供全面的指导和规范,助力解决抗生素耐药性危机和提升公共卫生安全水平。
关键词
噬菌体
噬菌体应用
标准化
Keywords
Bacteriophages
Phage applications
Standardization
分类号
Q939.48 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
人体肠道噬菌体的研究与应用
被引量:
2
4
作者
刘聪
邢博
陈婉桐
李俊桦
肖敏凤
机构
深圳
华大生命科学研究院
中国科学院大学生命科学学院
华南理工大学生物科学与工程学院
深圳市未知病原体应急检测重点实验室
出处
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期3314-3329,共16页
基金
国家自然科学基金(82050007)。
文摘
肠道是人体内微生物定殖最丰富的部位。近年来,随着肠道菌群与人体健康疾病关联研究的蓬勃发展,肠道噬菌体也逐渐引起关注。然而,相关信息技术和实验技术发展的滞后在一定程度上限制了肠道噬菌体的科学研究进程。因此,本文首先回顾了近几年来肠道噬菌体研究领域所开发或采用的计算和实验方法,包括噬菌体的测序数据分析和噬菌体的分离纯化等。随后,本文就肠道噬菌体的分类、肠道内噬菌体与细菌的互作及肠道噬菌体在人体疾病干预中的应用展开了讨论。最后,本文展望了肠道噬菌体研究在数据和实体资源、信息和实验技术、与肠道菌群的互作、干预和治疗人体疾病各方面的一系列挑战和机遇。
关键词
病毒组
噬菌体数据库
肠道噬菌体挖掘
噬菌体库
微生物疗法
肠道微生态
慢病干预
Keywords
virome
phage database
gut phage mining
phagebank
microbial therapy
gut microecology
chronic disease intervention
分类号
R37 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人工智能在合成生物学的应用
李敏
林子杰
廖文斌
陈廷柏
李坚强
陈杰
肖敏凤
《集成技术》
2021
0
下载PDF
职称材料
2
肠道微生物群落研究进展及合成微生物群落面临的挑战
胡政
周茜
张蒙蒙
肖敏凤
《集成技术》
2021
0
下载PDF
职称材料
3
噬菌体应用标准化研究
刘文峰
邓佳程
李俊桦
肖敏凤
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
原文传递
4
人体肠道噬菌体的研究与应用
刘聪
邢博
陈婉桐
李俊桦
肖敏凤
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
原文传递
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