基于诱导多能干细胞的Alport综合征差异性表达小核糖核酸的生物信息学分析

目的寻找Alport综合征患者(AS)与健康对照者(NC)差异性表达小核糖核酸(micro RNAs)。分析差异性表达micro RNAs的生物信息学特点。方法收集AS与NC组的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,将尿肾脏管细胞诱导分化成多能干细胞(i PSCs)。运用高通量测序找出2组之间差异性表达的micro RNAs,用于预测特异性靶基因。靶基因可进行gene ontology(GO)富集与Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)通路信号分析。确定差异性表达的micro RNAs靶基因的主要富集位点与通路信号条目。结果在2组样本中发现30个micro RNAs具有差异性表达,包括19个上调与11个下调。差异性表达micro RNAs靶基因GO富集主要聚集在细胞分子、细胞组成与细胞生物学过程。嘌呤代谢通路与丝裂原激活的蛋白激酶是主要的KEGG信号传导通路。结论差异性表达micro RNAs靶基因的生物信息学可能在AS发病机制中起重要作用,可作为潜在靶点用于AS病因的深入研究。

高通量测序筛查特发性膜性肾病患者外周血细胞microRNA的差异性表达

目的 :寻找特发性膜性肾病(idiopathic membranous nephropathy,IMN)患者外周血单个核细胞小核糖核苷酸(micro RNA)的差异性表达以及发生碱基突变的难易度。方法:运用高通量测序技术分别对IMN患者和健康对照者(NC)的micro RNA进行测序,构建IMN与NC组之间micro RNA差异性表达谱。并对两组的micro RNA进行碱基编辑分析,寻找发生了碱基突变的micro RNA,比较IMN与NC组micro RNA碱基突变的难易程度。结果:通过构建表达谱,找到了has-mi R-208b、has-mi R-195-3p、has-mi R-23b-5p、has-mi R-95、has-mi R-503、has-mi R-449a、has-mi R-486-3p与has-mi R-27 8个micro RNAs最具有差异性表达。2组共同表达的41个micro RNA中,IMN比NC更容易发生碱基编辑而引起碱基突变。结论:IMN患者与健康对照者的micro RNA存在着差异性表达,差异性表达的micro RNA特异性很高,可以作为深入研究IMN发病机制的靶点。IMN患者相比健康对照者更容易发生micro RNA碱基编辑引起碱基突变,这些发生碱基突变的micro RNA可能用于解释IMN的病因基础。

Alport综合征患者尿肾状杆细胞诱导成多能干细胞系的建立

目的:将Alport综合征(AS)患者尿肾状杆细胞诱导成多能干细胞(iPSCs)。掌握建立iPSCs细胞系的技术与方法。方法:利用慢性病毒介导4种转录因子(OCT4,Sox2,KLF4,c-myc)诱导从尿液中分离出的尿肾状杆细胞,建立诱导成干细胞样的克隆。挑选成功诱导的iPSCs克隆进行扩大培养,并对克隆进行免疫荧光检测,克隆形态观察,RT-PCR分析iPSCs细胞相关基因,体外三胚层分析及核型鉴定。结果:成功地从尿肾状杆细胞诱导成iPSCs,所获得的iPSCs可以表达人胚胎干细胞多能性分子标记,具有体外分化3个胚层的能力。在培养过程中能始终保持核型的稳定,并且能自我增殖、更新、分化。结论:从Alport综合征患者尿液中的尿肾状杆细胞成功诱导成iPSCs,为今后研究AS提供了良好的细胞模型。

基于诱导多潜能干细胞的Alport综合征蛋白质组学的生物信息

目的:探讨Alport综合征(AS)差异性表达蛋白质主要参与的GO富集分析和KEGG通路,为AS的进一步机制研究奠定基础.方法:10例AS患者与10例健康对照者(NC)作为实验对象.分别收集实验参与者尿液200 m L,并从尿液中分离尿肾脏管细胞,将尿肾脏管细胞诱导分化成多潜能干细胞(i PSCs),运用i TRAQ技术找出2组之间差异性表达蛋白质,对其进行生物信息学分析.结果:在2组样本中发现35种蛋白质具有差异性表达,包括18种上调与17种下调.差异性表达蛋白质GO富集主要聚集在细胞分子、细胞组成与细胞生物学过程.嘌呤代谢通路与丝裂原激活的蛋白激酶是主要的KEGG信号传导通路.结论:差异性表达蛋白质的生物信息学有助于AS发病机制研究,可作为机制研究参考和补充.

基于诱导多潜能干细胞Alport综合征的蛋白质组学研究

目的筛选并鉴定Alport综合征(AS)患者与健康对照者(NC)差异性表达蛋白质,寻找AS的生物标记物。方法收集AS组与NC组的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,将尿肾脏管细胞诱导分化成多潜能干细胞(i PSCs)。运用i TRAQ技术找出两组之间差异性表达蛋白质。采用Western blot检测差异蛋白质。结果共鉴定出12 600条特有肽段序列,对应3 470种非冗余蛋白质。在两组样本中发现383种蛋白质具有差异性表达,其中差异2倍以上的蛋白质有35种,包括18种上调蛋白质和17种下调蛋白质。Western blot检测KRT14、TUBA1A、PAPSS1、UTF1、SF3B14、MTHFD2等6种差异蛋白质在各组中的表达结果与i TRAQ检测结果一致。结论筛选得到与AS发病相关的差异蛋白质,可以作为AS早期诊断和治疗的生物标记物。