欧地笋叶绿体全基因组序列特征及其系统发育分析

研究欧地笋Lycopus europaeus Linn.叶绿体基因组的结构特征,比较与欧地笋具有相近药理作用和临床功效的唇形科物种的系统进化关系。利用Illumina Hiseq 4000测序平台对欧地笋全基因组DNA进行测序、使用NOVOplasty组装了完整的叶绿体基因组,然后用CPGAVAS2软件对叶绿体基因组进行注释和特征分析。以瑞香狼毒(Stellera chamaejasme)和委陵菜(Potentilla chinensis)为外类群,构建系统进化树,分析唇形科中与欧地笋具有相近功效的物种之间的系统发育关系。结果表明,欧地笋叶绿体基因组全长152085 bp,注释得到132个基因,包括88个蛋白编码基因、8个rRNA基因和36个tRNA基因,其中8个蛋白质编码基因(ndhB、rps7、rps12、rps19、rpl2、rpl23、ycf2、ycf15)、7种tRNA编码基因(trnM-CAU、trnL-CAA、trnN-GUU、trnE-UUC、trnV-GAC、trnA-UGC、trnR-ACG)、4个rRNA编码基因(rrn16S、rrn23S、rrn4.5S、rrn5S)位于IR区。其中13个蛋白质编码基因[rps16、rps19(×2)、atpF、rpoC1、rpl2(×2)、petB、petD、rpl16、ndhB(×2)、ndhA]各含有1个内含子(intron),2个蛋白质编码基因(ycf3、clpP)各含有2个内含子,8个tRNA编码基因各含有1个内含子;共检测到34个SSR序列,其中A/T、AT/AT为重复单元的占91.18%,说明SSR偏好使用A和T碱基。系统发育分析显示欧地笋与硬毛地笋、青兰属的四个物种、活血丹、薄荷属的两个物种、夏枯草共计10个植物的亲缘关系最近。由此,研究中获得并分析了完整欧地笋叶绿体基因组的序列特征,明确了欧地笋与唇形科物种间的系统发育亲缘关系。