烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类

[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征。并且对其进行聚类分析。[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异。[结果]8个三碱基组(CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG)的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类。[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供理论依据。

烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类(摘要)(英文)

[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征,并对其进行聚类分析。[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异;依照一定的规律,给三碱基组赋予数字代码;最后,对不同来源的烟草坏死病毒完整基因组按照L向量进行K-M聚类分析。[结果]8个三碱基组(CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG)的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类。[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供了理论依据。

TMGMV完整基因组的统计特征

提取TMGMV完整基因组的统计特征,并对它进行聚类分析。在TMGMV完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后二个碱基所构成的三碱基组,排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到6个三碱基组,它们的概率有明显地差异。6个三碱基组(AAG;AGA;TGA;GAC;GAG;GTT)的出现概率与TMGMV基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的TMGMV完整基因组,按其遗传变异结果,形成2个大类。