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女贞叶中一条糖基转移酶的基因克隆、生物信息学分析及原核表达
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作者 周洛兵 申甲一 +4 位作者 曾碧容 袁希伟 谭朝阳 蒋情 徐德宏 《化学与生物工程》 CAS 北大核心 2024年第4期31-39,共9页
女贞叶化学成分复杂,糖苷类物质是其发挥药理活性的关键成分,糖苷的形成离不开糖基转移酶。利用cDNA末端快速扩增技术,对女贞叶中一条糖基转移酶编码基因LlUGT3进行了克隆;根据基因和蛋白质序列进行了生物信息学分析;通过基因工程技术使... 女贞叶化学成分复杂,糖苷类物质是其发挥药理活性的关键成分,糖苷的形成离不开糖基转移酶。利用cDNA末端快速扩增技术,对女贞叶中一条糖基转移酶编码基因LlUGT3进行了克隆;根据基因和蛋白质序列进行了生物信息学分析;通过基因工程技术使LlUGT3基因在大肠杆菌体内进行了异源表达。结果表明,LlUGT3基因cDNA全长1684 bp,由85 bp 5′-UTR、159 bp 3′-UTR、1440 bp ORF组成,其中ORF编码一条含479个氨基酸残基的酶蛋白,其相对分子质量、理论等电点和亲水性平均系数分别为54.8 kDa、5.86和-0.381;在LlUGT3酶蛋白一级结构中含有一段糖基转移酶高度保守的PSPG盒,但不含信号肽且无跨膜片段,在二级结构中含有α螺旋(42.59%)、β折叠(12.73%)和无规卷曲(44.68%),在三级结构中由肽链折叠形成α/β/α类Rossmann折叠区域,并且两者之间夹着一个底物结合腔;同源建模结果显示,LlUGT3酶蛋白与模板分子PaGT3序列相似度很高,而且系统发育树分析也表明两者亲缘关系最近;分子对接分析表明,LlUGT3酶蛋白的His17-Asp116对发挥催化功能,PSPG盒主要涉及结合UDPG,而LIUGT酶与辣椒素的结合方式与PaGT3相似;通过基因工程技术,实现了LlUGT3基因在大肠杆菌体内的异源表达。该研究为进一步深入研究LlUGT3酶蛋白的结构与功能奠定了基础。 展开更多
关键词 糖基转移酶 女贞叶 基因克隆 生物信息学分析 原核表达
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女贞糖基转移酶基因(LlUGT)的克隆、生物信息学分析及原核表达
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作者 申甲一 周洛兵 +2 位作者 吴文妹 谭朝阳 徐德宏 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期47-55,共9页
根据前期女贞(Ligustrum lucidum Ait.)转录组分析结果,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从叶片中克隆到1个编码糖基转移酶的基因,命名为LlUGT。该基因cDNA全长1621 bp,由47 bp的5′非翻译区、1473 bp的开放阅读框(ORF)和101 bp的3′非... 根据前期女贞(Ligustrum lucidum Ait.)转录组分析结果,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从叶片中克隆到1个编码糖基转移酶的基因,命名为LlUGT。该基因cDNA全长1621 bp,由47 bp的5′非翻译区、1473 bp的开放阅读框(ORF)和101 bp的3′非翻译区组成,其ORF编码1个含490个氨基酸残基的蛋白(LlUGT),该蛋白的理论相对分子质量和理论等电点分别为55365.68和pI 6.26。生物信息学分析结果表明:LlUGT的氨基酸序列中含有1段糖基转移酶高度保守的区域,即PSPG盒。LlUGT的二级结构含有α-螺旋(41.02%)、β-折叠(10.41%)和无规卷曲(48.57%),三级结构中由肽链折叠形成2个正对的α/β/α类Rossmann折叠区域,并且二者之间夹着1个底物结合口袋。氨基酸序列比对和系统发育分析结果显示:LlUGT与拟南芥(Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.)UGT74F2的亲缘关系最近,氨基酸序列一致性为47%,且二者具有相同功能的氨基酸残基,故推测LlUGT与UGT74F2功能相似。LlUGT与水杨酸的分子对接实验结果显示:LlUGT中的His51一方面与水杨酸羧基形成氢键,另一方面与Asp143形成氢键,这与UGT74F2的对接结果相同,故推测LlUGT与UGT74F2相同,也是专一催化水杨酸生成糖酯的酶。此外,通过基因工程技术成功在大肠杆菌体内获得LlUGT蛋白。综上所述,本研究首次从女贞叶片中克隆到1个编码糖基转移酶的基因,经理论预测其编码蛋白是1种催化水杨酸生成糖酯的酶。 展开更多
关键词 女贞 糖基转移酶 基因克隆 生物信息学分析 原核表达
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基于高通量测序的女贞果实转录组研究 被引量:4
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作者 徐德宏 罗月芳 +2 位作者 江灵敏 孟蕾 谭朝阳 《中国现代中药》 CAS 2018年第5期522-528,共7页
目的:利用Illumina/Solexa Hiseq2000测序平台对女贞果实进行转录组测序。方法:将测序得到的大量数据进行拼接与组装,并应用生物信息学方法对所得序列进行功能注释、功能分类、代谢途径分析和简单重复序列位点查找等研究。结果:共获得32... 目的:利用Illumina/Solexa Hiseq2000测序平台对女贞果实进行转录组测序。方法:将测序得到的大量数据进行拼接与组装,并应用生物信息学方法对所得序列进行功能注释、功能分类、代谢途径分析和简单重复序列位点查找等研究。结果:共获得32 856 614条clean reads,含4.93 Gb的有效数据。对clean reads应用Trinity软件进行组装,共获得163 092条unigene,总长度、平均长度和N50分别为108.57 Mb、665.68 bp和1345 bp。公共数据库(Nr,Nt和Swiss Prot数据库)的BLAST比对分析显示,有83 903条unigene获得基因注释,进一步的功能分类表明,在GO数据库中有16 876条unigene可被分别注释到细胞组分、分子功能和生物学过程三大类别中。将unigene与COG数据库进行比对,可获得25个功能类别,其中较多unigene涉及果实中物质的合成与转运相关的营养功能。KEGG数据库作为搜索对象,可将unigene定位到21类代谢途径中,涉及重要次生代谢产物黄酮类和萜类生成的unigene数目分别为258条和929条。SSR位点查询发现,在14 270条unigene中共可找到15 925个SSR位点。结论:本研究在转录组水平对女贞果实进行了系统研究,这为进一步开展女贞果实的分子标记开发和重要次级代谢产物的生物合成奠定了基础。 展开更多
关键词 女贞果实 转录组 高通量测序 基因注释 SSR分析
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益母草糖基转移酶基因的克隆及原核表达分析(英文) 被引量:4
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作者 徐德宏 谭朝阳 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期397-405,共9页
通过cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)从益母草(Leonurus heterophyllus Sweet)叶片中克隆获得了一个编码糖基转移酶的基因(LhsUGT)。该基因cDNA全长为1562 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)... 通过cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)从益母草(Leonurus heterophyllus Sweet)叶片中克隆获得了一个编码糖基转移酶的基因(LhsUGT)。该基因cDNA全长为1562 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)为1368 bp,编码455个氨基酸残基,其分子量和等电点分别为50.47 k D和5.52。生物信息学分析结果显示:LhsUGT编码的酶蛋白含有3种二级结构,其中α螺旋占43.1%,β折叠片占17.5%,无规卷曲占39.4%,其C端还发现了一段高度保守的PSPG结构域,说明LhsUGT编码的酶蛋白属于植物糖基转移酶超家族;对LhsUGT的氨基酸序列进行BLAST同源比对,发现益母草与其它植物的糖基转移酶序列相似性为26.4%-68.0%;系统进化树分析表明,LhsUGT蛋白属于拟南芥糖基转移酶超家族的L组,故推测它可能具有催化简单酚类发生糖基化的功能;SDS-PAGE电泳显示,原核表达系统成功表达出分子量约为69 k D的LhsUGT重组蛋白,其N端含有一段17.9 k D的His标签,且在IPTG诱导5 h后达到最高表达量。本研究结果为进一步开展体外酶促反应、阐明益母草糖基转移酶的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 益母草 糖基转移酶基因 CDNA克隆 生物信息学分析 原核表达
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大肠杆菌利用L-酪氨酸生物合成天麻苷元的代谢工程研究 被引量:1
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作者 徐德宏 保晓清 +2 位作者 吴细文 邢宇 谭朝阳 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期906-912,共7页
天麻苷元是我国名贵中药材天麻中的一种重要活性成分,也是天麻素生物合成的主要前体物质,具有抗炎、抗肿瘤以及保护脑缺血等多种药理活性,其作为主要成分的医药产品越来越受人们的青睐。当前天麻苷元的获取主要以天然提取和化学合成为主... 天麻苷元是我国名贵中药材天麻中的一种重要活性成分,也是天麻素生物合成的主要前体物质,具有抗炎、抗肿瘤以及保护脑缺血等多种药理活性,其作为主要成分的医药产品越来越受人们的青睐。当前天麻苷元的获取主要以天然提取和化学合成为主,但它们都存在一些限制其长远应用的不足,如野生和栽培天麻资源有限,化学合成需步骤多、时间长、条件苛刻的反应,且反应副产物多、反应三废不好处理等,因此如何人工制备产量大、纯度高的此类物质,已成为医药研究工作者一个亟待解决的问题。该研究以微生物代谢工程理论为指导,采用基因工程相关技术,将ThiH,pchF和pchC 3个基因导入大肠杆菌,使其成为利用L-酪氨酸合成天麻苷元的工程菌,并利用摇瓶发酵手段对该工程菌发酵生成天麻苷元的条件进行探讨。实验结果显示,该工程菌在IPTG浓度为0.5 mmol·L^(-1)、诱导温度为15℃、转化温度为40℃时,可将含200 mg·L^(-1)L-酪氨酸的M9Y培养基转化生成(69±5)mg·L^(-1)天麻苷元,这一结果为日后进一步扩大发酵规模,从而既经济又高效地生产天麻苷元奠定了基础。 展开更多
关键词 代谢工程 天麻苷元 L-酪氨酸 大肠杆菌
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对羟基苯甲醇对小白菜天麻素积累和生长的影响 被引量:2
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作者 易怀锟 江灵敏 +5 位作者 何彦 刘鹏 李笑 张玉蓉 谭朝阳 徐德宏 《浙江农业科学》 2018年第12期2302-2305,共4页
利用植物水培法,探讨营养液中添加对羟基苯甲醇,小白菜能否产生和积累天麻素,并进一步研究对羟基苯甲醇对小白菜生长的影响。结果显示,小白菜能以浓度依赖的方式将对羟基苯甲醇转化为天麻素,并在水培第6天达到最高值,但随着时间的推移,... 利用植物水培法,探讨营养液中添加对羟基苯甲醇,小白菜能否产生和积累天麻素,并进一步研究对羟基苯甲醇对小白菜生长的影响。结果显示,小白菜能以浓度依赖的方式将对羟基苯甲醇转化为天麻素,并在水培第6天达到最高值,但随着时间的推移,天麻素积累量逐渐降低。说明小白菜体内存在识别对羟基苯甲醇的糖基转移酶,由其催化生成的天麻素因进一步代谢而很难在小白菜中长期积累。水培营养液中添加对羟基苯甲醇,会抑制小白菜根的生长并延缓或阻滞株高的增大,但小白菜能在较短时间和一定浓度范围内抵抗对羟基苯甲醇的危害,而且这种抵抗能力与对羟基苯甲醇浓度和施加时间呈负相关。以上研究结果为以后大规模利用小白菜既经济又高效地水培生成天麻素,并进一步将其开发成为一种保健蔬菜奠定了基础。 展开更多
关键词 小白菜 对羟基苯甲醇 天麻素 植物水培法
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天麻素生物合成的研究进展 被引量:10
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作者 徐德宏 崔培梧 +3 位作者 罗怀浩 罗月芳 江灵敏 谭朝阳 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第22期5877-5883,共7页
天麻素是我国名贵中药材天麻中的一种主要活性成分,具有降血压、抗癫痫、抑制肿瘤、保护神经等多方面的药理活性。随着市场对天麻素需求的不断增长以及传统获取方法固有的问题,导致急需新的方法来解决天麻素生产实际中面临的各项困难。... 天麻素是我国名贵中药材天麻中的一种主要活性成分,具有降血压、抗癫痫、抑制肿瘤、保护神经等多方面的药理活性。随着市场对天麻素需求的不断增长以及传统获取方法固有的问题,导致急需新的方法来解决天麻素生产实际中面临的各项困难。生物合成法是一种有别于传统获取法的新方法,已在天麻素获取上取得了较大进展和成果,故现阶段有必要从天麻素生物合成途径、植物转化法和微生物转化法3个方面,对天麻素生物合成进行系统地阐述,从而为进一步改进和完善天麻素生产方法,以满足人们对其不断增长的需求提供有价值的参考。 展开更多
关键词 天麻素 生物合成 植物转化 微生物转化 野生菌转化法 工程菌转化法
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小叶女贞糖基转移酶基因的克隆和原核表达研究 被引量:5
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作者 王碧霞 徐德宏 +3 位作者 谭朝阳 江灵敏 罗月芳 孟蕾 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期704-711,共8页
根据前期小叶女贞转录组研究的结果,利用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDN Aends,RACE)从叶片中克隆到1条编码糖基转移酶的基因(xynzUGT)。该基因cDNA全长1598bp,由66bp5’-UTR,1440bpORF,92bp3,-UTR组成,其... 根据前期小叶女贞转录组研究的结果,利用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDN Aends,RACE)从叶片中克隆到1条编码糖基转移酶的基因(xynzUGT)。该基因cDNA全长1598bp,由66bp5’-UTR,1440bpORF,92bp3,-UTR组成,其中ORF编码1条含480个氨基酸残基的酶蛋白(xynzUGT),其相对分子质量和等电点分别为54826.67Da和5.82。利用生物信息学方法分析酶蛋白的结构,结果表明在一级结构中含有一段糖基转移酶高度保守的PSPG盒,在二级结构中含有理螺旋(38%)、届折叠片(12.1%)和无规蜷曲(49.9%),在三级结构中由肽链折叠形成2个正对的a//3/a类Rossmann折叠区域,并且两者之间夹着一个底物结合口袋。通过系统进化树分析发现,xynzUGT有可能催化酪醇等苯丙素类物质发生糖基化,进一步开展酶蛋白与酪醇的分子对接模拟实验,结果显示位于结合口袋的G1y138和Ser285通过氢键与酪醇发生相互作用。SDS-PAGE电泳分析表明,原核表达系统成功表达出相对分子质量为58370.57Da的xynzUGT重组蛋白,但它以非可溶性的包涵体形式存在。利用分子伴侣和酶蛋白共表达的方法,在一定程度上可促进酶蛋白的可溶性表达。以上研究结果为进一步开展体外酶促反应研究,并阐明酶的功能机制奠定了基础。 展开更多
关键词 糖基转移酶 小叶女贞 基因克隆 原核表达 生物信息学分析
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