旨在分析猪流产胎儿中猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的感染及其遗传进化情况。对2015—2017年采集的湖南省680份猪流产胎儿病料样品进行PCV3检测、扩增和测序,并利用生物信息学软件对获得的序列进行遗传进化分析。结...旨在分析猪流产胎儿中猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的感染及其遗传进化情况。对2015—2017年采集的湖南省680份猪流产胎儿病料样品进行PCV3检测、扩增和测序,并利用生物信息学软件对获得的序列进行遗传进化分析。结果显示,猪流产胎儿样品中PCV3阳性率为24.4%(166/680),其中,2015—2017年阳性率分别为18.2%(26/143)、22.7%(54/238)和28.8%(86/299)。从PCV3阳性样本中获得了1株PCV3基因组全长序列,命名为PCV3/CN/Hunan-57(GenBank序列登录号为MZ934695),与国内外毒株基因组序列相比,相似性为97.8%~99.2%;获得了5株PCV3 ORF2基因序列,它们的核苷酸和氨基酸相似性为97.5%~98.3%和96.7%~99.7%,与国内外参考毒株ORF2基因序列相比,其核苷酸和氨基酸相似性为96.3%~99.2%和96.8%~100%。基于ORF2基因序列构建遗传进化树和进行多重序列比对,发现获得的PCV3阳性序列分别属于PCV3a(1株)和PCV3c(4株),并鉴定出T100A、G113S和A184S突变位点。综上表明,猪流产胎儿中PCV3感染率较高,且存在不同类型的PCV3毒株感染,为后续深入研究PCV3遗传变异及其相关致病性提供了重要参考信息。展开更多
为了能够同时检测猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3),试验根据国内报道的PCV-2和PCV-3毒株全基因序列设计6对特异性引物(P3~P8),并构建标准质粒进行引物特异性试验,然...为了能够同时检测猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3),试验根据国内报道的PCV-2和PCV-3毒株全基因序列设计6对特异性引物(P3~P8),并构建标准质粒进行引物特异性试验,然后通过优化扩增条件建立检测PCV-2和PCV-3混合感染的双重PCR方法。最后用PCV-2和PCV-3的感染性克隆同时转染PK-15细胞,盲传5代后用建立的双重PCR方法检测细胞培养液中的病毒核酸。结果表明:构建的PCV-2和PCV-3标准质粒浓度分别为290 ng/μL和380 ng/μL,双重PCR方法的最佳引物组合为P3/P6和P4/P8,最佳DNA聚合酶浓度为0.02 U/μL。使用引物组合P3/P6时,扩增得到的目的片段大小分别为308 bp和608 bp,最佳退火温度为58℃,最佳循环次数为28个;使用引物组合P4/P8时,扩增得到的目的片段大小分别为291 bp和645 bp,最佳退火温度为60℃,最佳循环次数为26个。运用建立好的双重PCR方法评估感染细胞模型,能有效鉴别PCV-2和PCV-3的单一感染和混合感染。说明优化得到的双重PCR检测方法可用于PCV-2和PCV-3的同时检测。展开更多
文摘旨在分析猪流产胎儿中猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的感染及其遗传进化情况。对2015—2017年采集的湖南省680份猪流产胎儿病料样品进行PCV3检测、扩增和测序,并利用生物信息学软件对获得的序列进行遗传进化分析。结果显示,猪流产胎儿样品中PCV3阳性率为24.4%(166/680),其中,2015—2017年阳性率分别为18.2%(26/143)、22.7%(54/238)和28.8%(86/299)。从PCV3阳性样本中获得了1株PCV3基因组全长序列,命名为PCV3/CN/Hunan-57(GenBank序列登录号为MZ934695),与国内外毒株基因组序列相比,相似性为97.8%~99.2%;获得了5株PCV3 ORF2基因序列,它们的核苷酸和氨基酸相似性为97.5%~98.3%和96.7%~99.7%,与国内外参考毒株ORF2基因序列相比,其核苷酸和氨基酸相似性为96.3%~99.2%和96.8%~100%。基于ORF2基因序列构建遗传进化树和进行多重序列比对,发现获得的PCV3阳性序列分别属于PCV3a(1株)和PCV3c(4株),并鉴定出T100A、G113S和A184S突变位点。综上表明,猪流产胎儿中PCV3感染率较高,且存在不同类型的PCV3毒株感染,为后续深入研究PCV3遗传变异及其相关致病性提供了重要参考信息。