基于转录组测序构建食管腺癌预后相关的内源竞争RNA网络

目的挖掘食管腺癌中内源竞争RNA(ceRNAs)网络,探索预后影响机制。方法提取癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中正常食管组织和食管腺癌组织转录组数据,挖掘差异表达且与预后相关的长链非编码RNA(lncRNA)、短链非编码RNA(miRNA)及mRNA。采用权重基因共表达网络分析预后相关基因的关联性,构建ceRNA网络。采用基因集富集分析(GSEA)探索影响预后的可能机制。结果ACO87388.1、AC131009.3、miR-29c-3p、CDK1、TPX2是在正常组织和食管腺癌组织中预后相关的差异表达基因,并可构成ACO87388.1/miR-29c-3p/CDK1、ACO87388.1/miR-29c-3p/TPX2、AC131009.3/miR-29c-3p/CDK1、AC131009.3/miR-29c-3p/TPX2四种ceRNA调控网络。结论ACO87388.1、AC131009.3、miR-29c-3p、CDK1和TPX2是影响食管癌患者预后的重要分子。