基于失巢凋亡相关lncRNA建立胶质母细胞瘤预后风险评估模型及验证

目的 探讨失巢凋亡相关长链非编码RNA(lncRNA)的表达量与胶质母细胞瘤(GBM)预后的关系,并构建GBM预后风险模型。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中检索GBM样本的RNA-seq与临床数据,从GeneCards与Harmonizome数据库中获取关于失巢凋亡的基因,应用差异分析及相关性分析筛选与失巢凋亡相关的lncRNA,进一步行单因素Cox分析、LASSO回归和多因素Cox分析筛选有与临床相关的lncRNA并构建预后模型,通过K-M分析与受试者操作特征(ROC)曲线验证该模型的准确性;通过公式计算该模型的风险评分,并与临床信息相关联,使用单因素及多因素Cox分析检验其是否为独立的预后因素;对高低风险组进行基因集富集分析(GSEA)与免疫细胞浸润分析。结果 分析出1790个失巢凋亡相关的lncRNA;通过分析共筛选得到11个lncRNA,并构建GBM预后模型;基于该风险模型进行K-M分析显示,三个集合中高风险组的总生存期均少于低风险组;其1年、2年、3年的曲线下面积值均大>0.8。结合临床信息分析表明,年龄与风险评分是独立预后因素;绘制Nomogram图,校准曲线表明预测生存率与实际生存率大致相同。在高风险组中,巨噬细胞M0、中性粒细胞明显增加(P<0.05),然而巨噬细胞M1在低风险组中明显增加(P<0.05)。高风险组肿瘤突变负荷水平明显升高。结论 通过生物信息学方法筛选出11个影响GBM预后的失巢凋亡相关lncRNA,可能为GBM的预后提供分子生物标志物和治疗靶点,且建立的预测模型预测效能好,准确性高。