2021年8月珠海一起食源性疾病暴发事件中金黄色葡萄球菌病原学特征分析

目的研究一起食源性疾病事件金黄色葡萄球菌(金葡菌)病原学特征和同源性。方法采用国标方法分离鉴定病原菌,微量肉汤稀释法检测菌株对16种药物的敏感性,全基因组测序和生物信息学分析病原菌分子遗传特征和同源性。结果该事件分离得到16株金黄色葡萄球菌,包括8株患者分离株,1株厨工分离株和7株食品分离株。MLST和Spa分型结果为ST7-t91、ST5-t548、ST398-t588和ST965-t62,患者株分为ST7-t91型和ST5-t548型;ST7分离株均对四环素和青霉素耐药,携带耐药基因aadD、te(t K)、blaZ和lnu(A),ST5株对16种抗生素均敏感;cgMLST分析发现ST7型菌株间等位基因差异≤3;毒力基因注释发现ST7株携带sea、chp、scn和sak毒力基因,ST5株携带chp、scn、sak、seg、selk、selm、selo和seln毒力基因。结论该事件由多个ST型金葡菌混合感染引起,以ST7-t91型为主,该克隆株致病力强,但对头孢类抗生素和喹诺酮类等临床一线抗生素敏感。

广东珠海市2007年登革病毒分子流行病学分析

目的了解2007年珠海市登革热暴发期间登革Ⅰ型(ZH1067/07)及Ⅱ型(ZH1340/07)病毒序列特征和可能的传播来源。方法以GenBank公布的病毒AB178 040和M29 095为参考,分别设计PCR引物,扩增病毒ZH1067/07和ZH1340/07全基因组的不同片段并测序,通过末端重叠序列进行拼接组成病毒全基因组序列。序列GenBank登录号分别为Eu359 008和Eu359 009。参考已公布的登革Ⅰ/Ⅱ型病毒全基因组序列进行进化分析。结果拼接后的登革Ⅰ型病毒基因组全长10 735个核苷酸,经序列进化分析,属登革Ⅰ型中的第1群(基因Ⅰ型),与2004年分离自日本的登革Ⅰ型毒株AB178 040及分离自福建的登革Ⅰ型毒株Fj231/04核苷酸同源性最高,达99%(10 638/10735),经流行病学证据支持福建输入病例导致珠海本地暴发;拼接后的登革Ⅱ型病毒基因组全长10 723个核苷酸,经序列的进化分析,属登革Ⅱ型病毒中的第4群(基因Ⅳ型),与2005年分离自文莱的登革Ⅱ型EU179 857和EU179858两毒株距离最近,核酸同源性99%,(10 609/10 705)。流行病学调查证明2例均为澳门输入病例。结论2007年珠海登革Ⅰ型病毒ZH1 067/07可能来源于福建登革Ⅰ型毒株Fj231/04,与来源于密克罗尼西亚的AB178 040有很近的亲缘关系;珠海登革Ⅱ型病毒ZH1340/07可能由澳门输入,与文莱EU179 857有很近的亲缘关系,未导致珠海本地暴发。

2017年珠海市暴发流行麻疹病毒遗传进化研究

目的分析2017年广东省珠海市麻疹暴发流行期间麻疹病毒基因组序列和可能的传播来源。方法分段扩增2017年珠海市的第1株和最后1株麻疹病毒毒株全基因组并测序，通过末端重叠序列拼接组成病毒全基因组序列并上传至GenBank。参考已公布的麻疹病毒全基因组序列，对病毒进行进化分析。结合流行病学调查，推测病毒的可能来源及传播途径。通过核苷酸序列推导病毒氨基酸序列，比对疫苗株Shanghai191，分析病毒氨基酸变异的意义。结果拼接后的麻疹病毒MVs／Zhuhai．CHN／10．17／2[H11（GenBank序列号：MG972194）基因组全长15894个核苷酸，编码6个结构蛋白和2个非结构蛋白。序列进化分析表明，病毒属麻疹病毒H1型。遗传距离上，与2007年分离自浙江的KJ755987．1的核苷酸同源性最高，达99％（15783／15894）。病毒N、P、V、C、M、F、H、L蛋白氨基酸序列与疫苗株Shanghai191的一致性分别为96．6％（507／525）、98．2％（498／507）、97．7％（292／299）、96．8％（180／186）、99．1％（332／335）、96．6％（534／553）、98．5％（08／617）和99．3％（2168／2183）。结论2017年珠海市麻疹病毒可能由浙江省的感染者传播并导致珠海本地暴发流行。病毒N、P、L和V蛋白的氨基酸变异可能使其在复制和转录功能、致病力、诱导宿主T细胞免疫功能及细胞体液免疫平衡方面与疫苗株Shanghai191出现差异。

珠海市男男性行为人群HIV-1感染者中HPgV-1基因特征分析及其基因型差异对艾滋病病程影响研究

目的分析珠海市男男性行为(MSM)人群HIV-1感染者中人pegivirus-1(HPgV-1)流行及基因亚型分布情况,研究临床指标,揭示HPgV-1对艾滋病病程影响。方法采集珠海市2012—2020年MSM人群HIV-1抗体阳性血清标本934份,提取病毒RNA,采用套氏PCR方法扩增HPgV-15′UTR,阳性标本再扩增E基因并测序,通过系统进化树获得基因亚型传播情况;通过统计分析病例在艾滋病早期及未接受抗病毒治疗时的病毒载量及CD4+细胞数,分析HPgV-1感染对艾滋病病程影响。结果珠海市MSM人群HIV-1感染者中HPgV-1阳性率为31.05%,获得有效序列273份,G3型252例(占92.31%)占主要地位,与中国、日本等地近年流行株进化关系上高度同源;其次是G2型21例(占7.69%),与法国及美国等地流行株高度同源,本研究未发现G1、G4、G5、G6、G7基因亚型病例。通过对临床指标进行数据分析发现:HPgV-1 G3、G2基因型合并HIV-1感染与HIV-1单独感染,在HIV-1病毒载量和CD4+细胞数上差异无统计学意义,数据分散情况差异也无统计学意义。结论艾滋病早期及未接受抗病毒治疗MSM人群HIV-1感染者中,HPgV-1的感染未能延缓艾滋病病程,在中国广泛流行的HPgV-1 G3型并不能对艾滋病病程产生显著的积极影响,因此若需判断不同基因亚型HPgV-1与HIV-1相互作用机制,还需跟踪大量其他基因亚型HPgV-1病例进行系统深入研究,加强对HPgV-1致病机制,特别是该病毒与HIV在宿主体内相互作用的机制研究。

环介导等温扩增技术快速检测副溶血性弧菌

目的建立一种检测副溶血性弧菌(Vp)快速且特异的环介导等温扩增(LAMP)检测方法。方法针对副溶血性弧菌不耐热溶血素(tlh)基因特异性序列的6个位点设计4条LAMP引物,65℃保温约60 min,完成对副溶血性弧菌的扩增,扩增产物经肉眼、SYBRGreen I染色、电泳和酶切鉴定。利用LAMP和普通PCR方法同时检测1株副溶血性弧菌和12株非副溶血性弧菌来验证LAMP方法的特异性;将副溶血性弧菌菌液作一系列10倍稀释后用LAMP和PCR方法进行检测,比较两者敏感性。结果 1株副溶血性弧菌出现LAMP扩增反应:通过肉眼、SYBR Green I染色和电泳均能观察到LAMP扩增产物的出现,酶切证实了LAMP产物的特异性;12株非副溶血性弧菌未出现LAMP扩增。LAMP检测tlh基因的特异性和敏感性与普通PCR相同,LAMP检测tlh基因的检测下限为15 cfu/mL。结论建立了一种快速、敏感、特异的副溶血性弧菌检测方法,适合日常监测及快速检测的需要。

1例Y群ST167型脑膜炎奈瑟菌输入病例的流行病学和病原学分析

目的对1例疑似脑膜炎奈瑟菌阳性病例进行病原学鉴定诊断,评估疫情传播风险。方法采集患者血液进行脑膜炎奈瑟菌分离培养,通过菌落形态学和菌体革兰染色观察、生化鉴定、乳胶凝集试验、血清玻片凝集试验、核酸检测进行病原鉴定和血清群分群,检测菌株对12种抗生素的敏感性;对病例开展现场流行病学调查并采取疫情防制措施。结果经多种实验室方法鉴定,该疑似病例确诊为脑膜炎奈瑟菌感染,菌株血清群为Y群,多位点序列分型(MLST)为767,属ST167克隆群,对青霉素、氨苄西林、美罗培南等9种抗生素敏感,对环丙沙星和左氧氟沙星中介,对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑耐药。病例的密切接触者和环境检测结果为阴性。结论本病例经检测明确病因为脑膜炎奈瑟菌侵袭性感染,菌株为Y群ST167型。流行病学调查显示该病例引发疫情传播流行的风险较低,后续需要持续关注和监测。

咽拭子和鼻拭子标本新型冠状病毒核酸检测效果分析

目的分析COVID-19病例咽拭子与鼻拭子标本新型冠状病毒(novel coronavirus 2019,2019-nCoV)核酸检测效果。方法对541例珠海市疑似病例和密切接触者,同时采集咽拭子和鼻拭子标本,用实时荧光PCR技术检测2019-nCoV核酸,分析两类标本核酸检出阳性率和靶标ORF1ab和N基因Ct值。结果共43例核酸确诊阳性,咽拭子共检测出35例阳性,阳性率6.47%,鼻拭子共检出33例阳性,阳性率6.10%,阳性率差异无统计学意义(χ^(2)=0.06,P=0.80),诊断一致性较好(Kappa=0.72)。两类标本ORF1ab和N基因的Ct值无差异。结论COVID-19病例鼻拭子和咽拭子标本采用实时荧光PCR技术检测2019-nCoV病毒核酸效果无差别。

广东省2株白喉棒状杆菌的鉴定与分析

目的对广东省2株C.diphtheriae白喉棒状杆菌进行精准鉴定与分析。方法通过API Coryne棒状杆菌生化卡对2010年广州和2020年珠海分离的C.diphtheriae进行生化及质谱鉴定;利用Illumina平台进行测序,CLC软件拼接,JSpeciesWS线上工具进行平均核苷酸同源性识别;BLASTN进行narKGHIJ和tox基因检测,使用MEGA-X构建wgSNP系统发育进化树。结果GD-Guangzhou-2010为Belfanti型,GD-Zhuhai-2020为Gravis型。棒状杆菌种间ANI值计算结果显示,GD-Guangzhou-2010与C.belfantii间ANIb=99.61%,GD-Zhuhai-2020与C.diphtheriae间ANIb=97.64%。BLASTN结果显示,GD-Guangzhou-2010硝酸盐还原基因narKGHIJ均为阴性且未携带tox基因,GD-Zhuhai-2020硝酸盐还原基因narKGHIJ均为阳性,未携带tox基因。C.diphtheriae的wgSNP进化树显示两个主要进化分支,第一个分支包含所有Mitis型和Gravis型以及GD-Zhuhai-2020,第二个分支包含所有的C.belfantii、C.diphtheriae subsp.lausannense分离株及GD-Guangzhou-2010。结论广东省成功分离鉴定出两株非产毒性C.diphtheriae,系统发生树提示GD-Guangzhou-2010和GD-Zhuhai-2020位于两个不同的进化分支。