上海交通大学医学院附属瑞金医院大肠杆菌耐药率与抗菌药物使用强度8年的相关性分析

目的:通过对上海交通大学医学院附属瑞金医院2004-2011年住院患者抗菌药物的使用强度与大肠杆菌对各类抗菌药物的耐药率进行相关性分析,为临床合理用药提供依据。方法:采用回顾性调查方法,对本院2004-2011年住院患者常用抗菌药物的使用强度及大肠杆菌对各类抗菌药物的耐药率进行统计和排序,应用SPSS10.0统计软件包进行数据分析,用Spearman相关法进行相关性分析。结果:大肠杆菌对环丙沙星的耐药率与氟喹诺酮类药物的使用强度呈显著正相关(r=0.814 4,P<0.05);大肠杆菌对头孢呋辛的耐药率与第二代头孢菌素的使用强度呈显著正相关(r=0.904 8,P<0.05),对头孢他啶的耐药率与头孢类药物的用量呈显著正相关(r=0.857 1,P<0.05);大肠杆菌对碳青霉烯类药物、氨基糖苷类药物及β-内酰胺酶抑制剂的耐药率与这些药物的使用强度无关。结论:氟喹诺酮类与第三代头孢菌素不适用于对大肠杆菌感染的经验治疗;对碳青霉烯类药物的使用应严格掌握适应证,碳青霉烯类药物仅适用于大肠杆菌所致的严重感染;β-内酰胺酶抑制剂和氨基糖苷类药物是治疗大肠杆菌感染可供的选择。

2005年上海瑞金医院细菌耐药性监测

目的了解2005年我院临床分离菌的分布和耐药特征,指导临床合理使用抗菌药物。方法采用纸片扩散法(K-B法)对我院临床分离的菌株进行药敏试验并对肠杆菌科细菌进行ESBL检测,按CLSI2005年标准判定药敏结果,用WHO-NET5.3软件进行数据分析。结果2005年我院共分离细菌3960株,其中革兰阴性杆菌2448株,占61.8%,革兰阳性球菌1512株,占38.2%。大肠埃希菌和金葡菌分别占革兰阴性杆菌和革兰阳性球菌的首位。大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌中ESBLs的检出率分别为39.5%、35.8%和6.6%。32.2%鲍曼不动杆菌和10.1%铜绿假单胞菌为泛耐药株(只对多黏菌素敏感);葡萄球菌属中MRSA和MRCNS的检出率分别为69.0%和80.4%;从肠球菌属中检出1株耐万古霉素的屎肠球菌。结论从我院住院患者分离的细菌耐药性比较严重,应该加强监测,指导临床合理使用抗菌药物。

2005-2014年上海交通大学医学院附属瑞金医院细菌耐药性监测

目的了解上海端金医院最近10年临床分离菌对常用抗菌药物的敏感性和耐药性。方法采用纸片扩散法按统ー方案进行药物敏感性试验。按CLSI 2014年版标准判断結果。结果10年共收集临床分离菌44 744株,其中革兰阳性菌14 066株,占31.4%,革兰阴性菌30 678株,占68.6%。金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌中甲氧西林耐药株(MRSA和MRCNS)的平均检出率分别为62.9%和74.7%。MRSA和MRCNS对β内酰胺类抗生素和其他测试药物的耐药率均显著高于甲氧西林敏感株(MSSA和MSCNS)。MRSA中有70.3%的菌株对甲氧苄啶-磺胺甲噁唑敏感;MRCNS中有90.8%的菌株对利福平敏感。肠球菌属中粪肠球菌对绝大多数所测试抗菌药物(替考拉宁除外)的耐药率均显著低于屎肠球菌。肠杆菌科细菌对碳青霉烯类抗生素仍高度敏感,总耐药率≤6.5%。鲍曼不动杆菌对亚胺培南和美罗培南的耐药率分别为52.0%和52.3%。结论细菌耐药率仍呈局部增长趋势,多重耐药和广泛耐药菌株对临床构成严重威胁,应进行流行病学调查并采取有效的感控措施。

关注分子技术在临床微生物检验中的应用

本期"微生物分子诊断专题"精心组织了6篇文章,包括1篇综述和5篇专著。内容主要围绕临床常见的细菌、真菌和分枝杆菌感染等的诊断、治疗(耐药)、预防和控制问题,重点介绍了分子生物学技术在临床微生物标本的直接检测、基因分型、耐药基因研究、抗原制备及血清学诊断等方面的应用研究。血流感染是一种严重的全身感染性疾病,但血培养存在检验周期长、阳性率低等问题,应用分子生物学技术能够对血流感染中的常见或少见病原菌、分枝杆菌、苛养菌等进行快速鉴定及耐药分析,可以缩短检验周期。艰难梭菌是一种重要的医院感染病原菌,引起抗菌药物相关性腹泻,GeneXpert实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)能够直接检测粪便标本中的艰难梭菌,具有快速、操作简便等优点。光滑念珠菌可引起血流感染等多种感染,且耐药性强,是医院感染中常见的侵袭性真菌,微卫星多态性分析法简便快速,分辨力高于多位点序列分析(MLST),可作为临床实验室光滑念珠菌基因分型方法。近年来白念珠菌对唑类抗真菌药的耐药性有增高趋势。"白念珠菌对唑类耐药的机制和生物膜相关基因的表达"一文提示ERG11基因的过度表达为白念珠菌对唑类耐药的重要机制。菌丝细胞壁蛋白HWP1基因的高表达与白念珠菌生物膜形成相关。肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类耐药的主要机制是产生质粒介导的2型肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC-2),"同源重组敲除临床肺炎克雷伯菌质粒blaKPC-2基因"一文建立的λred同源重组法能可靠敲除其质粒上的blaKPC-2,为进一步研究blaKPC-2在肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类药物耐药中所起的作用奠定基础。"结核分枝杆菌rdESA7-6抗原在耻垢分枝杆菌中的制备及其血清学诊断研究"一文研究制备的结核分枝杆菌融合蛋白-6用于结核病血清学检测具有较好的敏感性和特异性,可用于结核病患者的血清学诊断。

针对不发酵糖菌感染,临床微生物实验室需主动出击

不发酵糖菌是指一大群不发酵葡萄糖或仅以氧化形式利用葡萄糖的需氧或兼性厌氧、无芽胞的革兰阴性杆菌,广泛存在于自然界的土壤、水、物体表面和空气中,大多为条件致病菌,常引起机会性感染。近年来,随着介入性诊疗技术的开展和新型抗菌药物的广泛应用。

临床微生物检验的数字化和自动化

传统的病原微生物鉴定方法首先是进行革兰染色,以区分革兰阴性菌还是阳性菌.革兰阴性杆菌进一步做氧化酶试验,革兰阳性球菌做触酶试验和凝固酶试验,再按不同类型进行生化学和血清学鉴定.

医院内高黏液性肺炎克雷伯菌的流行分布、毒力基因及临床特征分析

目的·了解上海交通大学医学院附属瑞金医院高黏液性肺炎克雷伯杆菌(hv KP)的流行分布、耐药性、毒力基因特点及检出患者的临床特征。方法·收集该院2014年9月—2016年3月由住院患者各种标本分离的肺炎克雷伯菌作为实验菌株。拉丝试验阳性的菌株确定为hv KP,用聚合酶链反应(PCR)检测相关荚膜血清型及毒力基因。回顾性分析检出hv KP患者的临床资料。结果·①研究期间临床标本分离的不重复肺炎克雷伯菌共872株,其中hv KP 128株,检出率为14.7%。脓肿液标本检出率最高,为44.1%(15/34)。hv KP中呼吸道标本构成比最高,达70.3%(90/128)。②hv KP整体耐药性不高,但是出现2株对亚胺培南耐药的菌株。③hv KP荚膜血清型以K1型和K2型为主,其中K1型占31.3%(40/128),K2型占32.0%(41/128)。95.2%(20/21)的K57型hv KP来自呼吸道标本。所有hv KP均含fi m H、wab G和ure A基因,p-Rmp A和p-Rmp A2基因的检出率分别为91.4%(117/128)和82.8%(106/128)。kfu BC和all S基因的检出率分别为41.4%(53/128)和27.3%(35/128),与K1型相关。不同标本类型间荚膜血清型及毒力基因检出率比较,差异无统计学意义。④检出hv KP的患者中28.9%(37/128)合并糖尿病,44.5%(57/128)合并肿瘤或者使用过长时间的免疫抑制剂。引起明确临床感染者占60.9%(78/128),其中社区获得性感染占47.4%(37/78)。感染组与非感染组、医院获得性感染组和社区获得性感染组菌株的荚膜分型及毒力基因检出率比较,差异无统计学意义。结论·瑞金医院hv KP检出率不高,主要为呼吸道标本,存在一定比例的呼吸道定植。荚膜血清型以K1型和K2型为主,K57型主要见于呼吸道标本。荚膜血清型和毒力基因与标本类型、是否感染及感染来源无明显相关性。hv KP感染逐步由社区获得向医院获得转变,值得临床医师关注。

肠杆菌科细菌产碳青霉烯酶的主要类型和流行病学分析

目的了解对碳青霉烯类抗生素耐药的肠杆菌科细菌(CRE)中碳青霉烯酶的主要类型及流行情况。方法收集上海瑞金医院2011年5月至2013年6月对亚胺培南或美罗培南药敏纸片抑菌圈直径≤22 mm的CRE共114株,采用PCR方法扩增常见的碳青霉烯酶基因(blaKPC、blaIMP、blaOXA-48、blaVIM、blaNDM)并对PCR扩增产物进行测序;所有菌株均进行了质粒接合试验;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对KPC-2检测阳性的肺炎克雷伯菌进行同源性分析。结果 114株CRE以肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌和肠杆菌属细菌为主,其中98株产碳青霉烯酶,以KPC-2酶为主要类型(78/98)、其次为IMP-4酶(15/98),IMP-8酶(2/98),1株肺炎克雷伯菌同时携带有blaKPC-2和blaIMP-4基因,还发现4株产NDM-1酶的菌株,未见OXA-48酶及VIM酶阳性菌株。21株(21.4%,21/98)CRE菌株转移接合试验成功。PFGE结果显示49株blaKPC-2阳性肺炎克雷伯菌共分为12个型,其中34株属于同一谱型(type A)。CRE菌株主要分离自ICU,共39株,其次为普外科14株,血液科11株,呼吸科9株,其余科室共41株。结论本次分离的肠杆菌科细菌所产碳青霉烯酶的基因型以blaKPC-2为主,其次为blaIMP-4,并发现4株blaNDM-1阳性CRE菌株,产KPC-2酶的肺炎克雷伯菌在外科ICU、呼吸科及胸外科等科室间存在克隆株的流行传播,应采取及时有效的防控措施。

氨基糖苷类耐药的肠杆菌科细菌16S rRNA甲基化酶基因研究

目的探讨临床分离的对氨基糖苷类耐药的肠杆菌科细菌产16S rRNA甲基化酶状况,分析其分子流行趋势及其耐药性形成和传播的机制。方法采用纸片扩散法筛选庆大霉素和/或阿米卡星耐药的肠杆菌科细菌;采用聚合酶链反应(PCR)扩增16S rRNA甲基化酶基因、氨基糖苷修饰酶基因、β-内酰胺酶基因;采用质粒接合试验验证16S rRNA甲基化酶的转移性;应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对16S rRNA甲基化酶基因阳性菌株进行分型。结果 201株对庆大霉素和/或阿米卡星耐药的肠杆菌科细菌中共检出38株16S rRNA甲基化酶阳性株(armA基因16株,rmtB基因22株)。其中30株可通过接合试验将耐药质粒转移至受体菌。blaCTX-M-14、blaTEM-1和blaSHV-12可连同armA或rmtB分别转移到11、20和7个接合子中。肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌和阴沟肠杆菌分别被PFGE分为4、21和1个型别。结论本研究分离的肠杆菌科细菌16S rRNA甲基化酶以armA和rmtB为主要流行型别,且后者分离率较高。该甲基化酶可导致氨基糖苷类高水平耐药,而且酶编码基因位于质粒上,具有转移性,β-内酰胺酶基因和氟喹诺酮耐药决定因子可随之一同转移。

上海地区四家医院鲍曼不动杆菌产β-内酰胺酶研究

目的了解上海地区4家医院2010年鲍曼不动杆菌对13种抗菌药物耐药性及β-内酰胺酶基因携带情况,研究该菌的流行型别,为临床合理用药及控制医院感染提供依据。方法收集上海4家医院临床分离的鲍曼不动杆菌共204株。采用琼脂稀释法检测上述细菌对13种抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC),三维试验检测AmpC酶,乙二胺四乙酸(EDTA)纸片协同试验检测金属酶表型。聚合酶链反应(PCR)检测OXA-23、OXA-24、OXA-51、OXA-58、ampC、IMP-1、IMP-4、VIM-2编码基因。结果 4家医院鲍曼不动杆菌对环丙沙星、哌拉西林-他唑巴坦、头孢西丁、复方磺胺甲口恶唑、头孢哌酮耐药率均较高,达到90%以上;对左氧氟沙星、多黏菌素B耐药率均相对较低。研究发现浦东地区医院对美罗培南、左氧氟沙星、多黏菌素B的耐药率均高于浦西地区医院。AmpC酶表型检测以公利医院表型阳性率最高(84.6%),瑞金医院表型阳性率最低(42.3%);金属酶表型检测,公利医院和仁济医院西院未检测到金属酶表型阳性菌株,另外3家医院中以东方医院检出率最高(27.3%),瑞金医院检出率最低(7.7%)。基因检测,浦东地区医院的OXA-23和ampC阳性率要比浦西地区医院的阳性率高。204株菌株OXA-51均为阳性,均未检测到OXA-24、OXA-58、IMP-1基因。在仁济医院东院和东方医院标本中检测到IMP-4和VIM-2基因,其他医院标本未检测到IMP-4和VIM-2基因。结论本地区分离到的鲍曼不动杆菌均检测出OXA-51,上海地区不同医院之间鲍曼不动杆菌产β-内酰胺酶情况略有不同。

医院感染的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药基因分析

目的探讨医院感染的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)耐药基因的存在情况。方法对2006年6至7月临床分离的20株医院感染MRSA进行m ecA、tetM、aac(6′)/aph(2″)、aph(3′)Ⅲ、ant(4′4″)耐药基因检测。结果20株MRSA检出m ecA阳性率为100%,aac(6)′/aph(2″)阳性率75%,tetM阳性率70%,aph(3′)Ⅲ阳性率40%、ant(4′4″)阳性率为20%。结论多数MRSA菌株存在耐β-内酰胺类、四环素类、氨基糖苷类等多种抗生素耐药基因,与表型一致,表型与遗传学均支持MRSA具有耐多药特征。

万古霉素对医院获得性肺炎中甲氧西林耐药金葡菌的最低抑菌浓度及其与预后的关系

目的研究耐甲氧西林金葡菌(MRSA)医院获得性肺炎(HAP)中万古霉素对MRSA的最低抑菌浓度(MIC)分布、MIC值与预后的关系以及高MIC值MRSA菌株感染的危险因素。方法选择应用万古霉素治疗的MRSA HAP,采用E试验法测定MRSA菌株的MIC值,分析比较不同MIC值菌株感染患者的临床资料。结果本研究共纳入患者82例,43例(52.4%)MRSA菌株具有较高的MIC值;在基础疾病状态无明显统计学差异情况下,低MIC值和高MIC值患者万古霉素应用7 d后病原菌未清除率分别为15.4%和37.2%(P=0.026);万古霉素应用3 d后临床治疗无效率分别为25.6%和44.2%(P=0.079);28 d内肺炎复发率分别为5.7%和20.5%(P=0.129);万古霉素治疗前90 d内MRSA感染史与高MIC值MRSA感染发生明显相关(P=0.033)。结论高MIC值MRSA HAP患者万古霉素应用3 d后临床治疗无效率、7 d后病原菌未清除率及28 d内肺炎复发率高于低MIC值患者,万古霉素治疗前90 d内有MRSA感染史是HAP中高MIC值MRSA菌株感染的独立危险因素。

上海地区部分医院临床分离肺炎链球菌耐药性研究

目的 :了解上海地区肺炎链球菌耐药情况 ,以指导合理应用抗菌药物。方法 :用微量肉汤稀释法测定 9种抗菌药物对 79株肺炎球链菌的最低抑菌浓度。结果 :79株肺炎链球菌对青霉素总耐药率为 4 4 .3% ,其中高水平耐药率为 17.7% ,低水平耐药率为 2 6 .6 %。对头孢噻肟、头孢曲松、氯霉素、氧氟沙星的耐药率较低 ,分别为 12 .6 %、7.6 %、8.9%、3.8% ,对红霉素、四环素、复方磺胺甲唑有较高的耐药率 ,分别为 72 .2 %、83.5 %、83.6 % ,未检出对万古霉素耐药的菌株。结论 :肺炎链球菌对除万古霉素以外抗菌药有不同程度的耐药性 ,同时存在交叉耐药现象。

外科重症监护病房多重耐药鲍曼不动杆菌交叉感染的防控效果和临床特征分析

目的评估降阶梯防控策略在外科重症监护病房控制多重耐药鲍曼不动杆菌(MDRAB)交叉感染的效果,分析菌株特点和定植/感染的临床特征。方法对上海交通大学医学院附属瑞金医院外科重症监护病房2013年8月—2014年7月收治的所有患者实施动态细菌学监测和降阶梯防控措施,分析防控效果、菌株特点和临床参数。结果共检出49株MDRAB,对各类抗菌药物均高度耐药,其中定植菌32株(占65.3%),感染菌17株(占34.7%);MDRAB整体检出率与重症监护病房内获得率均呈显著下降趋势(P<0.001);MDRAB定植/感染患者的入科前碳青霉烯类抗生素使用率、入科APACHEⅡ评分与休克、急性呼吸功能衰竭、急性肾损伤及机械通气的发生率显著高于无MDRAB定植/感染患者(P<0.05),但MDRAB定植与感染患者的临床特征比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论临床上难以通过高危因素分析预测MDRAB的感染,但通过高危因素分级,在外科重症监护病房内开展降阶梯防控策略,仍可以有效地控制耐药菌的播散,降低重症监护病房内MDRAB的交叉感染率。

老年住院患者临床分离真菌的分布特点与药敏分析

目的探讨老年住院患者临床分离的真菌菌种分布特点及其耐药特征,为老年抗真菌感染的防控与诊疗提供参考。方法收集2022年1月至12月上海某三甲医院年龄≥60岁、且真菌培养阳性的住院患者的临床样本、以及患者性别、年龄等临床信息,采用念珠菌筛选培养基进行分离培养,MALDI-TOF MS进行菌种鉴定,ATB FUNGUS 3进行两性霉素B(AMB)、氟康唑(FCA)、伊曲康唑(ITR)、伏立康唑(VRC)、5-氟胞嘧啶(5FC)的体外药敏试验。结果本研究在60~104岁住院患者中检出1632株真菌,男性(997/1632,61.09%)多于女性,70~79岁患者最多(569/1632,34.87%),科室来源最多为ICU(720/1632,44.12%)。检出前4位均为念珠菌(1596/1632,96.38%),白念珠菌分离率最高(906/1632,55.51%),其次为光滑念珠菌(350/1632,21.45%)、热带念珠菌(194/1632,11.89%)和近平滑念珠菌(123/1632,7.54%)。主要念珠菌对AMB与5FC的耐药率在0~2.86%;白念珠菌对另外3种唑类药物的耐药率低于15%;光滑念珠菌对ITR耐药率高达42.86%;热带念珠菌对ITR耐药率最高(61.34%),对VRC和5FC耐药率均>50%;4种主要念珠菌的患者以男性居多,不同性别的耐药率均无统计学差异(P>0.05)。另外有247株念珠菌对3种唑类药物全耐药,检出比例以热带念珠菌最高(99/194,51.03%)。结论ICU应更加重视老年住院患者院内真菌感染的发生与预防。白念珠菌仍是主要分离菌种,但光滑和热带念珠菌的检出比例升高,以及对唑类药物较高的耐药率也应引起临床注意。定期的真菌药敏监测仍然是必要举措。

高水平莫匹罗星耐药MRSA体外生物膜形成能力及相关基因检测

目的了解高水平莫匹罗星耐药甲氧西林耐药金葡菌(MuH MRSA)体外生物膜形成能力及介导生物膜形成相关基因的分布。方法对分离自上海和浙江省温州地区5所教学医院的803株临床分离MRSA进行莫匹罗星纸片扩散法检测最低抑菌浓度(MIC),mupA基因PCR扩增筛选MuH MRSA,分光光度计检测MuH MRSA菌株体外生物膜的形成能力,PCR扩增生物膜形成相关基因(icaA、icaD、agr、sarA、sasG、bap和ccpA)。结果共筛选出53株MuH MRSA,其中仅5株(9.4%,5/53)具有体外形成生物膜的能力;基因检测显示,icaD和agr基因存在于全部MuH MRSA菌株中,而icaA、sarA、sasG和ccpA基因则分别存在于83.0%、86.8%、84.9%和92.5%的菌株中,仅有1株细菌携带bap基因。结论大部分生物膜形成相关基因广泛分布于MuH MRSA菌株中,但仅agr基因可能是该类菌株体外生物膜形成能力的主要影响因素。

外科监护病房非发酵菌及其耐药性分析

目的:观察外科重症监护病房(ICU)非发酵菌感染的发生情况及其耐药情况。方法:对我科2001年1月-2002年12月临床分离到的非发酵菌357株作体外药敏试验并分析结果。药敏试验采用K-B琼脂扩散法,按美国国家临床实验室标准委员会2000年版判断标准。结果:非发酵菌占革兰阴性杆菌的70.4％(357/507),其中铜绿假单胞菌190株,占革兰阴性杆菌的37.5％,居首位;其次为嗜麦芽窄食单胞菌74株(14.6％)、鲍曼不动杆菌45株(8.9％)及木糖氧化产碱杆菌20株(3.9％)和脑膜脓毒黄杆菌12株(2.4％)等。铜绿假单胞菌对头孢哌酮-舒巴坦的敏感率为60.5％,对亚胺培南的敏感率仅为17.4％;嗜麦芽窄食单胞菌对头孢哌酮-舒巴坦和替卡西林-克拉维酸最敏感,敏感率均为87.8％;鲍曼不动杆菌对亚胺培南敏感率为95.6％;脑膜脓毒黄杆菌对头孢吡肟、哌拉西林-三唑巴坦、头孢哌酮-舒巴坦均敏感(100％),对亚胺培南都不敏感。结论:非发酵菌已成为ICU中感染的最常见病原菌,对碳青霉烯类药物的耐药情况严重。

科玛嘉弧菌显色培养基对弧菌的分离培养

目的:比较弧菌在科玛嘉弧菌显色培养基与常规弧菌培养基上的生长情况及菌落特征。方法:用科玛嘉弧菌显色培养基与常规弧菌培养基分离弧菌。结果:弧菌在科玛嘉弧菌显色培养基上与硫代硫酸盐鄄柠檬酸盐鄄胆盐鄄蔗糖琼脂培养基(TCBS)及双洗平板上所获的菌落数显示有较好的相似性,差异无显著性(P>0.05,χ2检验),但科玛嘉弧菌显色培养基的灵敏度(95.6%)和特异度(94.3%)较高。结论:科玛嘉弧菌显色培养基用于临床对弧菌的分离培养既迅速,又简便,值得推广。

无绿藻分子生物学鉴定与分型研究新进展

以基因序列为鉴定基础的分子生物学方法以其客观、可重复性好等优点,被认为是分子鉴定无绿藻的"金标准"。该文对近年来应用在无绿藻鉴定和分型方面的实时定量PCR(Real-Time Quantitative PCR,RT-PCR)技术、单链构象多态性(Single Stranded Conformation Polymophism,SSCP)分析、限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析、高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)分析、质谱(Mass Spectrometry,MS)分析等分子生物学新技术和新方法进行综述。