基于IPA分析SF3B4作为胃癌潜在生物标志物的分子机制

目的基于IPA(Ingenuity Pathway Analysis)进行生物信息学分析,探讨剪接因子3b亚基4(SF3B4)作为胃癌潜在生物标志物对人胃癌细胞的分子调控机制。方法采用免疫组化法分析SF3B4蛋白在人胃癌组织和癌旁正常组织中的表达情况,荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测SF3B4 mRNA在人胃癌细胞系AGS、HGC-27、KATOⅢ、NCI-N87和MKN-74的表达水平。采用短发夹RNA(shRNA)技术沉默SF3B4基因,RNA测序(RNA-seq)检测SF3B4沉默后AGS细胞基因表达谱变化,输入IPA系统进行经典通路、疾病与功能、互作网络等分析,并筛选出关键基因进行RT-qPCR验证。结果SF3B4蛋白在胃癌组织中的表达显著高于癌旁正常组织(P<0.05),SF3B4 mRNA在人胃癌细胞系AGS、HGC-27、KATOⅢ和MKN-74中呈高表达,在NCI-N87中表达水平一般。RNA-seq显示,与对照组比较,SF3B4沉默组中105个基因为差异表达基因,其中上调基因64个,下调基因41个。IPA经典通路分析显示,SF3B4沉默后,坏死性凋亡信号通路、衰老途径显著抑制。疾病功能和互作网络分析显示,SF3B4在胃癌中发挥重要作用,主要影响自噬、细胞周期等功能。RT-qPCR验证发现,DNAJA3、PPP3CB、VDAC1、FOXO3、EI24和DRAM2基因在SF3B4沉默后表达下调。结论SF3B4在胃癌组织和胃癌细胞系中高表达,可能是潜在的胃癌生物标志物,可通过调控凋亡信号通路、衰老途径、自噬等通路参与胃癌的发生发展,并可能与DNAJA3、PPP3CB、VDAC1、FOXO3、EI24和DRAM2等基因相关。