基于RNA-seq不明原因复发性流产绒毛组织mRNA基因差异性表达研究

目的:构建不明原因复发性流产(unexplained recurrent spontaneous abortion,URSA)孕妇绒毛组织的mRNA差异性表达谱并进行功能分析,为阐明URSA的发生发展机制提供依据。方法:收集2022年3月于新疆医科大学第一附属医院妇科门诊收治的4例URSA(试验组)和4例选择性终止妊娠孕妇(对照组)的绒毛组织样本。应用转录组测序技术(RNA-seq)筛选2组差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,进一步研究差异表达mRNA的功能,并筛选出URSA的关键基因。结果:RNA-seq分析共筛选出3350个DEGs,其中上调基因2259个,下调基因1091个。通过PPI网络分析,筛选出与URSA有关的前10个关键基因:TYROBP、CD74、GH1、GH2、STAT5A、HLA-DRA、STAT5B、HLA-DRB1、CISH和HLA-A。通过GO和KEGG生物学功能分析,发现差异性表达的mRNA参与到多种白细胞分化相关免疫反应通路和同种异体免疫应答等生物学过程。结论:利用RNA-seq获得的URSA的mRNA差异性表达谱,筛选出可能与URSA有关的关键基因及生物学通路,为进一步研究URSA的发病机制和诊疗靶点提供了理论依据。

新疆地区新生儿遗传代谢病筛查早产儿与足月儿氨基酸参考区间的探讨

目的本研究旨在探索新疆地区新生儿遗传代谢病筛查早产儿与足月儿氨基酸含量的参考范围,以便为新生儿遗传代谢病筛查中氨基酸结果的解读提供科学依据。方法利用串联质谱非衍生化技术,对2022年5月至2023年12月新疆地区的6008例新生儿样本中氨基酸含量进行了测定。根据胎龄分为早产儿组和足月儿组,氨基酸参考区间采用百分位数法(P_(0.5)~P_(99.5))表示,两组间比较采用秩和检验。结果早产儿与足月儿11种氨基酸均呈非正态分布。除亮氨酸(LEU)和蛋氨酸(MET)早产儿与足月儿差异无统计学意义外,丙氨酸(ALA)、缬氨酸(VAL)、甘氨酸(GLY)、鸟氨酸(ORN)、精氨酸(ARG)、苯丙氨酸(PHE)、脯氨酸(PRO)、酪氨酸(TYR)、瓜氨酸(CIT)等指标差异均有统计学意义。结论新疆地区早产儿与足月儿氨基酸参考区间的建立可为新生儿遗传代谢病实验室筛查提供参考依据,减少误判风险,使疾病诊断趋于精准。

长链非编码核糖核苷酸HLA-DQA2与不明原因复发性流产的关联

目的通过对不明原因复发性流产(URSA)孕妇绒毛组织的lncRNA比对参考基因组进行注释,探究URSA中潜在的lncRNA生物学靶点。方法收集4例URSA(实验组)和4例选择性终止妊娠(ETP)孕妇(对照组)的绒毛组织样本,使用StringTie处理并预测各转录本,DESeq2获得差异表达lncRNA,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析对lncRNA反式调控及lncRNA顺式调控潜在通路进行探索。结果使用4种编码潜能分析方法对候选lncRNA进行进一步的筛选,共有474个共表达转录本,接着DESeq2获得差异表达lncRNA,有705个显著上调lncRNA数目和107个显著下调表达lncRNA数目,对差异表达的lncRNA和所有差异表达的基因进行共表达分析,其中lncRNA反式调控分子功能主要作用在蛋白结合,生物过程发生在细胞外基质组织,存在于细胞表面。KEGG结果显示其主要是作用于lncRNA HLA-DQA2进而富集在金黄色葡萄球菌感染通路。lncRNA顺式调控分子功能主要作用在蛋白结合,生物过程发生在RNA聚合酶对转录的调节,存在于核染色质。KEGG富集结果显示其主要是作用于lncRNA HLA-DQA2以及BIRCT进而富集在弓形体病感染通路。结论lncRNA HLA-DQA2可能通过调控炎症感染信号通路导致不明原因复发性流产,其可能成为潜在的治疗靶点。