【目的】通过转录组测序(RNAseq)筛选灯盏乙素生物合成相关基因,为筛选灯盏花优质种质资源提供理论基础。【方法】通过HPLC测定灯盏花叶片中灯盏乙素含量,筛选其中有显著差异的4份样品,以1份低灯盏乙素含量叶片样品作为对照(CK)与3份高...【目的】通过转录组测序(RNAseq)筛选灯盏乙素生物合成相关基因,为筛选灯盏花优质种质资源提供理论基础。【方法】通过HPLC测定灯盏花叶片中灯盏乙素含量,筛选其中有显著差异的4份样品,以1份低灯盏乙素含量叶片样品作为对照(CK)与3份高灯盏乙素含量样品同时进行RNAseq。测序完成后分析筛选差异表达基因(Differential expressed genes,DEGs),并对DEGs进行Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)功能富集分析。再选择表达量较高的参与类黄酮生物合成途径的DEGs进行qRT-PCR验证其表达模式。【结果】样品S3和S5灯盏乙素含量极显著高于样品S4(CK),样品S6灯盏乙素含量显著高于样品S4(CK)。高灯盏乙素样品S3、S5、S6与低灯盏乙素样品S4(CK),两两比较分别鉴定出2143个、1968个和1801个DEGs。3组差异比较组合的交集有490个共同基因,其中277个在高灯盏乙素含量样品中上调表达,另外213个在低灯盏乙素含量样品中上调表达,差异表达基因KEGG富集分析分别有13、14、14条基因在类黄酮生物合成途径。其中类黄酮代谢下游的基因查尔酮异构酶(CHI)、黄烷酮3-羟化酶(F3H)和类黄酮3’-羟化酶(F3’H)在高灯盏乙素样品中上调表达,参与咖啡酸酯途径的莽草酸/奎宁酸羟基肉桂酰转移酶(HCT)和咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAMT)基因在低灯盏乙素样品S4(CK)中上调表达。qRT-PCR对5个DEGs表达模式的检测结果与RNAseq结果一致,CHI(Eb_V2_03181)、F3H(Eb_V2_40771)、F3’H(Eb_V2_04241)在高灯盏乙素样品中上调表达,HCT(Eb_V2_4655)、CCoAMT(Eb_V2_20841)在低灯盏乙素样品中上调表达。【结论】灯盏乙素生物合成涉及多个基因,与花青素途径及咖啡酸酯途径密切相关。展开更多
随着高通量生物技术、各类组学与生物信息学的快速发展，个体化医疗与转化医学成为国际医学健康领域的重要概念。转化医学是沟通基础医学与临床医学之间的桥梁，使实验室研究成果能够快速转化为临床的诊疗方案（bench to bedside），让...随着高通量生物技术、各类组学与生物信息学的快速发展，个体化医疗与转化医学成为国际医学健康领域的重要概念。转化医学是沟通基础医学与临床医学之间的桥梁，使实验室研究成果能够快速转化为临床的诊疗方案（bench to bedside），让患者受益。生物样本作为生命科学基础研究与转化医学研究的宝贵资源，近年来备受欧美等发达国家的高度重视。展开更多
目的:利用中药网络药理学和分子对接技术探索小儿清热止咳口服液抗病毒性肺炎的作用机制。方法:结合中国药典(2020版)、中药系统药理学数据库和分析平台及中药分子机制生物信息学分析工具、DisGeNET数据库等在线数据库收集活性成分及对...目的:利用中药网络药理学和分子对接技术探索小儿清热止咳口服液抗病毒性肺炎的作用机制。方法:结合中国药典(2020版)、中药系统药理学数据库和分析平台及中药分子机制生物信息学分析工具、DisGeNET数据库等在线数据库收集活性成分及对应靶点,进行网络构建、核心靶点筛选以及信号通路富集分析,最后对重要化合物进行分子对接预测。结果:研究共发现化合物221个、相应靶点262个、核心靶点62个;KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析显示,55个靶标的疾病通路中,与病毒感染及肺部损伤相关的有12个;分子对接分析结果提示,麻黄碱和黄芩苷与抗病毒重要靶点对接活性良好。结论:小儿清热止咳口服液主要活性成分与核心作用靶点具有较为稳定的结合,可为临床合理应用提供一定的理论依据。展开更多
文摘【目的】通过转录组测序(RNAseq)筛选灯盏乙素生物合成相关基因,为筛选灯盏花优质种质资源提供理论基础。【方法】通过HPLC测定灯盏花叶片中灯盏乙素含量,筛选其中有显著差异的4份样品,以1份低灯盏乙素含量叶片样品作为对照(CK)与3份高灯盏乙素含量样品同时进行RNAseq。测序完成后分析筛选差异表达基因(Differential expressed genes,DEGs),并对DEGs进行Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)功能富集分析。再选择表达量较高的参与类黄酮生物合成途径的DEGs进行qRT-PCR验证其表达模式。【结果】样品S3和S5灯盏乙素含量极显著高于样品S4(CK),样品S6灯盏乙素含量显著高于样品S4(CK)。高灯盏乙素样品S3、S5、S6与低灯盏乙素样品S4(CK),两两比较分别鉴定出2143个、1968个和1801个DEGs。3组差异比较组合的交集有490个共同基因,其中277个在高灯盏乙素含量样品中上调表达,另外213个在低灯盏乙素含量样品中上调表达,差异表达基因KEGG富集分析分别有13、14、14条基因在类黄酮生物合成途径。其中类黄酮代谢下游的基因查尔酮异构酶(CHI)、黄烷酮3-羟化酶(F3H)和类黄酮3’-羟化酶(F3’H)在高灯盏乙素样品中上调表达,参与咖啡酸酯途径的莽草酸/奎宁酸羟基肉桂酰转移酶(HCT)和咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAMT)基因在低灯盏乙素样品S4(CK)中上调表达。qRT-PCR对5个DEGs表达模式的检测结果与RNAseq结果一致,CHI(Eb_V2_03181)、F3H(Eb_V2_40771)、F3’H(Eb_V2_04241)在高灯盏乙素样品中上调表达,HCT(Eb_V2_4655)、CCoAMT(Eb_V2_20841)在低灯盏乙素样品中上调表达。【结论】灯盏乙素生物合成涉及多个基因,与花青素途径及咖啡酸酯途径密切相关。
文摘随着高通量生物技术、各类组学与生物信息学的快速发展，个体化医疗与转化医学成为国际医学健康领域的重要概念。转化医学是沟通基础医学与临床医学之间的桥梁，使实验室研究成果能够快速转化为临床的诊疗方案（bench to bedside），让患者受益。生物样本作为生命科学基础研究与转化医学研究的宝贵资源，近年来备受欧美等发达国家的高度重视。
文摘目的:利用中药网络药理学和分子对接技术探索小儿清热止咳口服液抗病毒性肺炎的作用机制。方法:结合中国药典(2020版)、中药系统药理学数据库和分析平台及中药分子机制生物信息学分析工具、DisGeNET数据库等在线数据库收集活性成分及对应靶点,进行网络构建、核心靶点筛选以及信号通路富集分析,最后对重要化合物进行分子对接预测。结果:研究共发现化合物221个、相应靶点262个、核心靶点62个;KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析显示,55个靶标的疾病通路中,与病毒感染及肺部损伤相关的有12个;分子对接分析结果提示,麻黄碱和黄芩苷与抗病毒重要靶点对接活性良好。结论:小儿清热止咳口服液主要活性成分与核心作用靶点具有较为稳定的结合,可为临床合理应用提供一定的理论依据。
